IGV-基因组浏览器-改造记录（六）

写在前面

经过了前面的五次IGV改造，我以为这个系列可能就到此为止了。
然而在近期的数据分析过程中，我们仍然发现了一个新的需求：

在展示sRNA reads的时候，只看某个长度的reads，比如植物的miRNA大多是21nt，常见的phasiRNAs，或者全都是21nt，或者全都是24nt

在IGV中，一个不错的选项是Group Alignment。使用整个选项，可以做很多事情，如下：

从选项中，我们可以看到，可以基于读段方向，读段文库等进行分组，甚至也可以基于自定义的tag进行分组。
这里存在一个简单的方法可以实现，按照sRNA reads的长度进行分组，即直接在BAM文件操作，对每一个记录增加一个tag，记录其对应的read长度信息。这个做法事实上比较OK的，但是也是比较ugly的。一者是低效，二者是增加硬盘存储。
那么解决这个问题最好的做法就是，继续改造IGV

改造结果

昨天晚上，在与博导讨论到某个位点的分析是，我们觉得有必要单独查看21nt的sRNA reads。我当然不会选择去对BAM做修改。于是拿起IGV，改之。
效果如下：
修改之前，我们可以看到存在不同长度的reads在AlignmentTrack

在改造中的IGV，为了更快地看到不同长度的reads，我们在之前已经提供了Color Alignments的参数

可以看到，这个位点是个很不错的21-nt PHAS位点，从readLen Track或者是real-time phasing score track都不错。下面的Alignment Track中存在一些24 nt 和 22 nt的reads，当然还有其他长度的。于是我们使用Group Alignment by sRNA Len

上图增加了一个Option，使用后效果如下

此时，我们当然也可以不用Color By ReadLen

对比起一开始的Reads Alignment Track，Phas的情况看起来清晰很多。
当然，这个功能或许只有在相对混杂的位点，会更加明显。

写在最后

有时候，或许很多事情，跟sRNA位点是一样的。
需要拨开云雾，才能看到真相。

修改版IGV的获取方式

近日有多个朋友联系过来，想要使用这个改造后的IGV。嗯...
我个人的想法是：

1. 付费，如资助XiaLab课题组出游一次，大体价格是3K，那么将获得本年度（如果还有更细的话）的我经手的IGV更新功能。
2. 直接联系课题组PI即RX获取，课题组主页为 http://xialab.scau.edu.cn/