老饕_Ljw
老饕_Ljw

什么？！听说你还在用viroBlast搭建本地Blast网站？快换成美美哒SequenceServer！

写在前面

  • 刚开始整数据库的时候，用过viroBlast搭建Blast服务，详见用viroblast搭建本地blast网站 - (jianshu.com)
  • 最近之前的数据库课题准备收收尾整出去，完善相关功能的时候，越发的觉得viroBlast的界面是真的略丑。。。
  • 两个解法：1.直接修改viroBlast的源代码，使其风格与自己网站一致，比较繁琐，涉及到前端布局与风格调整，HTML、CSS、PHP（viroblast基于PHP开发）都要略懂才能整，不推荐。 2.使用更为美观的SequenceServer！

一、安装SequenceServer依赖

  • 安装ruby（SequenceServer是基于ruby开发的工具）
  • 直接在官网上（https://cache.ruby-china.com/pub/ruby/）下载需要的ruby版本，SequenceServer要求ruby>2.3，最好ruby>2.5。

  • 这里下载2.6.4


  • 下载并解压
wget https://cache.ruby-china.com/pub/ruby/ruby-2.6.4.tar.gz
tar xzvf ruby-2.6.4.tar.gz
  • 编译安装
cd ruby-2.6.4
./configure
make
make install
ruby -v  #查看是否安装成功
#ruby 2.6.4p104 (2019-08-28 revision 67798) [x86_64-linux]
  • 安装RubyGems，RubyGems 是 Ruby 的一个包管理器，这里用于直接安装SequenceServer
  • 下载地址https://rubygems.org/pages/download 
wget https://rubygems.org/rubygems/rubygems-3.3.7.zip
unzip rubygems-3.3.7.zip
cd rubygems-3.3.7
ruby setup.rb
  • 使用gem安装SequenceServer
gem install sequenceserver
  • fine

二、提供Blast库

  • 创建SequenceServer的db文件夹（可以指定任意路径），并将需要建blast库的核酸或者蛋白序列放到该文件夹
mkdir db
  • 建立blast库，可以用SequenceServer自带命令建立，也可以自己用makeblastdb建立核酸库或者蛋白库
#建立核酸库
makeblastdb -input_type fasta -dbtype nucl -title Litchi.CDS.databases -in Lchinesis_genome.sim.cds.fa -parse_seqids 2>/dev/null
#建立蛋白库
makeblastdb -input_type fasta -dbtype prot -title Litchi.Protein.databases -in Lchinesis_genome.pep.sim.fa -parse_seqids 2>/dev/null

三、启动SequenceServer

#示例直接在db目录下运行，因此-d 参数直接给了./   也可以给db文件夹的绝对路径
sequenceserver -d ./
  • 提示blast+版本过低，SequenceServer需要 BLAST+ version 2.12.0+
  • 下载并安装最新版blasthttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.12.0+-x64-linux.tar.gz
tar xzvf ncbi-blast-2.12.0+-x64-linux.tar.gz
cd ncbi-blast-2.12.0+
cd bin/
  • 获取blast绝对路径
pwd
#/tools/ncbi-blast-2.12.0+/bin
  • 再次启动SequenceServer，并且按照提示输入刚刚安装好的blast+2.12的路径
sequenceserver -d ./

  • 提示成功启动SequenceServer


有两点需要注意：

  1. 给出的IP是一般是内网IP，一般要共享需要使用公网IP，替换即可。
  2. SequenceServer默认的端口在服务器中是否有开通，否则无法访问。如使用的是租借的云服务器，则需要进入服务器后台，手动在安全组中开放端口。
  • 直接在浏览器上访问IP:端口，即可看到SequenceServer界面啦
    主页

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    结果页面

    结果页面2

四、 将SequenceServer嵌入自己的网站

  • 最简单粗暴的方法当然是使用