义熙三年十二月，扬州刺史，录尚书事王謐病逝，中枢之位虚悬。
刘毅与朝中亲近大臣商议，不欲令刘裕入朝辅政，议以中领军谢混（谢琰子）为扬州刺史，或欲令刘裕于京口领扬州，以内事付孟昶（首义二十七人），刘毅于后遥控朝政。
刘毅先遣尚书右丞皮沈以二议前往京口咨询刘裕意见，皮沈先拜见记室录事参军刘穆之，具道朝议。
刘穆之一听便心下雪亮，然情势紧急，皮沈立刻就要前去拜见刘裕，刘穆之遂伪起如厕，密疏于刘裕道：“皮沈之言万不可从。”
刘裕见疏后，不动声色，面色如常接见皮沈，皮沈将朝议一一道来，且请示下，刘裕道：“兹事体大，容我思索数日。”
皮沈道：“然则刘公，我如何回朝复命呢？”
刘裕道：“三日之后，必有定论。”
皮沈拜谢而出。
刘裕急呼刘穆之来，拿出手书问道：“道和，此为何意？”
刘穆之缓缓道来：“晋朝失政日久，天命已移。公兴复皇祚，勋高位重，今日形势，岂得居谦，遂为守藩之将耶！刘、孟诸公，与公俱起布衣，共立大义以取富贵，事有前后，故一时相推，非为诚心拜服，确定臣主之分也。公与刘孟势均力敌，终相吞噬。扬州根本所系，不可假人。前者以授王谧，事出从权。今若复以他授，便应受制于人。一失权柄，无由可得，将来必有不测之危。今朝议如此，宜相酬答，必云在我，措辞又难，唯应云：神州治本，宰辅崇要，此事既大，非可悬论，便暂入朝，共尽同异。公至建康，彼等必不敢越公而更授他人矣。”
刘裕恍然大悟，离座拜谢刘穆之道：“非卿，今堕入彀中矣。”
于是三日后，刘裕入京，再开朝会，议论此事。
朝堂之上，刘裕环顾众人，众臣皆默不作声，刘裕道：“文恭（王謐谥号）仙逝，中枢虚悬，朝中一日不可无人，诸位有谁不胜烦剧，愿接此任？”
刘毅看了一眼谢混，道：“此前朝议，叔源（谢混字）可为侍中，录尚书事，前日皮沈已赴京口转达此议，不知今日德舆可有定论？”
刘裕盯着谢混道：“二十余年如白驹过隙，尤忆乃父淝水大战之风采。”
谢混闻听，躬身施礼道：“小侄谢混，何德何能敢接司徒之位？”
刘毅又看了一眼孟昶，道：“彦达（孟昶字）恭谨忠节，可任侍中守内，德舆可任扬州守外，如此内外相安，国家之福。”
刘裕看了看孟昶，摸着胡须，感叹道：“京口首义二十七人，今朝半数凋零，檀凭之战死建康，魏咏之病没荆州，如今只剩你我数人了。”
孟昶眼圈一红，也躬身施礼道：“愿唯德舆马首是瞻。”
刘毅再无话说。
司马德文道：“陛下自江陵回京之时，便欲以朝政托付刘公，奈何刘公执意归藩，今既入京，当领内外，不可推脱。”
刘裕拜谢道：“臣起自寒微，久历戎行，不通文墨，恐不胜案牍。”
刘毅轻笑了一声道：“德舆府中参军刘穆之为当世之才，你自可高枕无忧。”
刘裕推脱再三，司马德文不许，遂从之。朝廷乃征刘裕为侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，徐、兖二州刺史如故。刘裕上表请辞兖州刺史，以诸葛长民为青州刺史，镇丹徒（即京口），刘道怜为并州刺史，戍石头城（即建康），从而控制内外大政。
谢混退朝后，回到家中，其堂兄谢澹前来拜访，谢混迎入堂内，寒暄已毕，谢澹道：“叔源，今日朝议，你可知否，已从鬼门关走了一遭也。”
谢混闻言一惊道：“景恒（谢澹字）此言作何解？”
谢澹道：“刘公赴京，显是中枢权柄不欲旁落他人，你若接任，立有刀兵之祸。”
谢混哦了一声，显然不以为意。
谢澹道：“二刘并立，终有一搏，你我当远离是非，城门失火，殃及池鱼啊。”
谢混道：“我谢家对刘裕有知遇之恩，恐不至于此。”
谢澹见他不听劝解，只好摇着头离开了，此后为避祸，与谢混日渐疏远。
殷仲文护送两位皇后回到建康后，朝廷任其为尚书。殷仲文知刘裕实际掌握朝政，以朝廷音乐未备，言于刘裕，请治备之。
自古礼乐征伐自天子出，殷仲文此言富有深意，既是试探，也是奉承，然不知刘裕是不通文墨，还是不解风情，对此议一口回绝道：“今日万事纷纭，不暇于此，且我性所不解。”
殷仲文还不死心，道：“公好之自解。”
刘裕冷冷道：“正以解之，则好之，故不习耳。”
殷仲文大感失望，心情郁闷，有次月初与众臣至大司马府议事，府中有棵老槐树，枝如虬龙，盘根错节，不知凡几百年，殷仲文顾之良久而长叹道：“此树也曾婆娑，如今无复生意！”
及义熙元年（公元405年）安帝自江陵回到建康，殷仲文惶恐不安，上表自请解职道：“臣闻洪波振壑，川无恬鳞；惊飚拂野，林无静柯。何者？势弱则受制于巨力，质微则无以自保。于理虽可得而言，于臣实非所敢譬。昔桓玄之代，诚复驱逼者众。至如微臣，罪实深矣，进不能见危授命，亡身殉国；退不能辞粟首阳，拂衣高谢。遂乃宴安昏宠，叨昧伪封，锡文篡事，曾无独固。名义以之俱沦，情节自兹兼挠，宜其极法，以判忠邪。会镇军将军刘裕匡复社稷，大弘善贷，伫一戮于微命，申三驱于大信，既惠之以首领，又申之以絷维。于时皇舆否隔，天人未泰，用忘进退，是以僶（mǐn短暂）俯从事，自同令人。今宸极反正，唯新告始，宪章既明，品物思旧，臣亦胡颜之厚，可以显居荣次！乞解所职，待罪私门。违离阙庭，乃心慕恋。”
安帝念其护送皇后有功，下诏不许。
殷仲文素有名望，自谓必当朝秉政，然事与愿违，久处闲职，无人问津。而谢混之流，往昔为其所轻者，竟得比肩，故其常怏怏不得志。后忽外迁为东阳太守，其意更不平。
刘毅爱才好士，慕殷仲文才名，深相礼接，待其经过辖地之时，陪同游宴数日，殷仲文见沿途山水，对刘毅慨然而叹道：“看此山川形势，当复出一伯符（孙策）。”刘毅闻言，笑而不答。
何无忌对殷仲文也甚慕之。何无忌时任会稽内史，东阳郡，正为其所辖，殷仲文提前派人告知何无忌，必顺道拜谒。
何无忌大喜，大集宾客，又命府中文人殷阐、孔宁子等人撰义构文，以待其至，来一次文学雅集。谁知殷仲文因被贬失意，神情恍惚，竟把此事忘却，遂不过府。
何无忌在府中等了一日，不见殷仲文来，命人打听，已过府而去，何无忌疑其轻视自己，大怒，便怀恨在心。
时恰逢南燕慕容超南侵，何无忌入京议事，秘言于刘裕道：“北虏不足为忧，而恐祸起萧墙。”
刘裕脸色一变，问道：“君何出此言？”
何无忌道：“德舆不见苻坚之败乎？若君前与南燕战，而姚苌之徒袭之后，君当如何处之？”
刘裕脸色凝重道：“今建康城内，谁为姚苌？”
何无忌道：“桓胤、殷仲文之徒。”
刘裕深然之，拍了拍何无忌肩膀道：“君真乃老成谋国。”
义熙三年（公元407年）闰二月，刘裕府将骆冰谋作乱，即将被执，单骑走脱，被刘裕派兵追斩之。受其牵连，骆冰父永嘉太守骆球也被诛杀。
骆球与东阳太守殷仲文素相善，于是殷仲文也被牵连进此案，廷尉判殷仲文与骆冰潜相连结，欲以桓胤为主谋反，乃诛殷仲文及其弟南蛮校尉殷叔文。凡桓玄余党在建康者桓胤、桓石松、曹靖之、卞承之、刘延祖等一并诛戮，至是桓氏一族尽皆诛夷殆尽。
殷仲文在死前数日曾揽镜自顾，忽不见其面，大惊失色，自言自语道：“绝世姿容，因何竟去？”语毕不数日而遇祸。