TCGA数据库中癌症名称缩写

TCGA（The Cancer Genome Atlas, 癌症基因组图谱，https://portal.gdc.cancer.gov/）是美国国家癌症研究所(National Cancer Institute)和美国人类基因组研究所(National Human Genome Research Institute)共同监督的一个项目，旨在应用高通量的基因组分析技术，以帮助人们对癌症有个更好的认知，从而提高对于癌症的预防、诊断和治疗能力。

截止2020年1月13日，TCGA里面一共收录了63个癌症相关项目，那么有人不禁要问了，如何获取这63个癌症项目的具体项目编号和名称。今天我们就来聊一聊。

上图就是从TCGA官网截取的，显示目前一共有63个项目。可以点击箭头所指的Projects，获取具体63个癌症项目的名称，如下图所示。

除了从官网直接下载以外，我们也可以用R代码来获取。用到的还是我们前面用来获取临床信息的那个R包，TCGAbiolinks。TCGAbiolinks获取癌症临床信息

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)){
    install.packages("BiocManager")
}
BiocManager::install("TCGAbiolinks")
library(TCGAbiolinks)
projects=getGDCprojects()
write.csv(file="projects.csv",cbind(projects[8:9]),row.names=F)

通过这段代码，我们可以将获取到63个项目的信息，保存到本地的projects.csv这个文件中，然后用Excel打开查看。具体信息如下：

TCGA数据库中癌症名称缩写