我的生信之路--linux安装和基本配置

        计算机和人工智能的快速发展，加之新的测序技术的革新和成本的下降，生命科学和计算机科学的交融也越来越密切。谷歌的alphafold已经揭示了蛋白质的折叠密码，被称之为解密了上帝的最后一层面纱。从DNA序列，到RNA序列，到密码子的发现和蛋白质结构的解析。生命科学领域里，人工智能和计算机科学的应用不断加强。生信这门功课，做生物这块的不学，似乎有点举步维艰了。

        按照自己的学习路径，用把学习的过程和体会记录下来，一方面方便自己回头看，另一方面也是为后来人留点不用走弯路的点子，我的生信之路，前面都会是非常基础的内容，也希望自己以后不要犯这些简单的错误。

        学习生信，第一步就是安装linux系统。

        linux在国内用的最多的有两个版本，一个是源自红帽（Red hat）centos，一个是可视化比较好的ubuntu。生信小白基本用的都是ubuntu。下载地址可以直接去linux的官网下载（https://www.linux.org/pages/download/），或者上国内的镜像下载（清华镜像：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/），我是在官网下载的ubuntu桌面版18.04.2（https://ubuntu.com/download/desktop）。不用国内镜像是因为不会用，哈哈。

       windows下安装可以参考链接：https://tutorials.ubuntu.com/tutorial/tutorial-create-a-usb-stick-on-windows?_ga=2.181842407.1996168906.1561620142-889606199.1561620142#0

下载后准备一个空的U盘，建议4G以上，下载U盘系统建立工具Rufus（https://rufus.ie/）下载后打开就能直接用，这个软件小巧方便。用Rufus制作好安装U盘后，就可以准备安装ubuntu了。

如果是安装双系统，则需要在电脑的硬盘分出一个额外的区域（Win10的磁盘管理可以直接分区），或者买一个新的硬盘（推荐固态硬盘）。然后重启电脑，再开机的时候狂按F12，然后选择U盘启动，如果不行就自己百度看要怎么去进入选择开机进入系统的页面了，有的电脑还需要在bios里面做一些更改，进入bios则是在电脑启动时狂按F2（不同的电脑可能不一样）。进入之后选择第一个是进入U盘的ubuntu系统，第二个则是直接进行安装，具体的安装唯一要注意的就是选择安装盘，不要把自己windows下的数据给删除了。另外建议安装时候选择最小安装，这样安装起来比较快且不会装一些用不到的软件（比如办公软件等，因为这些可以换到windows下去做）。【安装过程中如果选择自己的硬盘分区，我的是一共50G固态，分区详细为：1G efi（主分区，起始），8G交换空间（我的内存是8G，交换空间一般和内存一样大），/ 分区10G（逻辑，起始，ext4），/urs 分区15G(逻辑，起始，ext4,用于安装软甲），/home 剩下的全给了（逻辑，起始，ext4,用于存放数据）】

安装完之后第一件事，就是选择更新源，更新源的方法比较简单。打开电脑的livepatch，选择ubuntu软件，点击下面的下载自的下箭头，选择其他站点（截图是我已经选择了清华的镜像）。

点进去后在中国的下拉栏里面选择清华源。

点击选择服务器，然后点击关闭，系统会自动更新下载。更新完之后打开终端，输入sudo apt-get update。等待更新后就OK了。如果有软件需要更新，再输入 sudo apt-get upgrade就好了，一路Yes下去。

至此，生信入门第一步，安装linux系统已经结束，后续开始配置环境和安装软件了。