数据上传到NCBI

（不过上传数据真的网要好）

https://www.jianshu.com/p/ea2cbf68a3ce

https://www.jianshu.com/p/ea2cbf68a3ce

https://www.jianshu.com/p/6d5f735dafcc

学习链接

第一步，先注册账号 https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/

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新建NCBI上传

• 在NCBI的首页点Submit

[图片上传失败...(image-fbc7ca-1580613602040)]

然后选择上面的SRA，千万别选错了，选成下面的SRA会很麻烦很麻烦的

[图片上传失败...(image-1fc623-1580613602040)]

然后点New submission

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完成认证

然后会提示你完成认证，至少有一个科研单位/大学的email

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完善信息

这两个都选NO，为了省事。

image.png

填写相关项目信息

image.png

然后选数据类型，这里我选的是plant sample

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• 接下来就是最关键的部分了：填写数据相关表格 填写Attributes

[图片上传失败...(image-86aa8d-1580613602040)]

• 具体方法可以参考我的例子或NCBI的例子，从[这里如果不确定可以先参考下面的图片试着填一下，但是一定要注意：拉丁名一定要写对，否则可能需要至少2天才能改过来（需要NCBI人工修改）。

  然后是完成metadata的表格填写

[图片上传失败...(image-1edbf7-1580613602040)]

开始上传数据。

如果数据较多就选第一个，较少就用http网页上传就可以了：

[图片上传失败...(image-339e9f-1580613602040)]

下面介绍如何用aspera批量上传大量数据。选中preload之后，会在下面出现相关的aspera命令和key。下载key到本地。

[图片上传失败...(image-7a206a-1580613602040)]

最好是是有自己的服务器，在服务器上进行下载

下载Aspera Connect

wget  https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.6/ibm-aspera-connect-3.9.6.173386-linux-g2.12-64.tar.gz

注意下载的版本，不同版本可能命令不一样，所以要多查看帮助文档
安装Aspera Connect

bash ibm-aspera-connect-3.9.6.173386-linux-g2.12-64.sh

添加并激活环境变量

echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

调用帮助文档

ascp --help

• 安装aspera之后，输入以下代码，将aspera加入到环境变量，方便使用：

• 使用网页上给出的命令，上传数据（注意，-i后面是之前下载的key的绝对路径）：

  
  
  image.png
  
  
  image.png

(说数据上传快的都是骗人的，不知道是我电脑还是我网的问题)，

注意，如果少上传了数据，NCBI会提示你继续上传；但是如果上传多了，直接点下一步就可以了，NCBI会自动忽略多余的文件：

完成上传：

上传之后- 大概1-2天之后，NCBI会给你回信：然后上传好了

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