本周最新文献速递20211205
一、精细解读文献 一
文献题目： Large-scale integration of the plasma proteome with genetics and disease
不想看英文题目： 血浆蛋白质组、基因组、疾病的大规模整合分析
杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
研究意义： 全基因组关联研究 (GWAS) 发现多个变异与疾病相关，但变异如何影响疾病一直未被很好的解释，利用血浆蛋白质组数据有助于解释变异与疾病之间的致病机制；
结论：
- 数据总共包括 35,559 名冰岛人，4,719 种蛋白质， 2720 万个变异位点；
- 通过对蛋白质水平和变异位点进行关联分析，发现 18,084 个 pQTL 与4,631 种蛋白质显著相关（P< 1.8 × 10-9），其中 1,881 个为顺式(±1 Mb)，16,203 个为反式，顺式和反式 pQTL 分别有 67% 和 96% 未被报告过；
- 在 1,881 个顺式 pQTL 中，632 个 pQTL 与 eQTL 位点存在高度连锁不平衡（LD）， 72% 的 eQTL 与 pQTL的方向一致。在 16,203 个为反式 pQTL 中，38 个 pQTL 与 50 多种蛋白质相关，这类反式 pQTL 主要与老年黄斑性病变、低密度脂蛋白胆固醇水平等相关；
- 整合 pQTL 和 GWAS Catalog 的 45,334 个变异-表型关联结果，发现 5,458 (12%) 个变异与 pQTL 存在高 LD, 其中 1,223 为顺式 pQTL。在 1,223 个顺式 pQTL中，有 632 个 pQTL 为非编码/剪接的变异位点（这里简称为PAV，表示改变蛋白质的变异位点），说明 pQTL 位点有助于疾病的解释。以 pQTL 位点 rs6059655 为例，该位点在 ASIP 基因的上游，与色素沉着和皮肤癌风险相关，且同时为 ASIP 的 eQTL 位点，说明该位点支持 ASIP 基因为皮肤癌潜在的因果基因；
- 对具有组织和细胞特异性的基因 pQTL 进行研究，发现这类 pQTL 主要影响胆结石（CYP7A1、FGF19）、阿尔茨海默病（TREM2）等疾病；
- 利用双向孟德尔随机化分析，进一步探究蛋白质水平的改变是疾病的结果还是病因。发现蛋白质水平与多种疾病具有因果关系。以银屑病的结果为例，双向孟德尔随机化分析的结果表明 DEFB4A 不直接参与银屑病的发病机制，其蛋白质水平的改变是银屑病的结果；
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41588-021-00978-w
公开的资料：
- pQTL summary 数据：https://www.decode.com/summarydata/
二、精细解读文献 二
文献题目： Atlas of RNA editing events affecting protein expression in aged and Alzheimer’s disease human brain tissue
不想看英文题目： 影响老年人和阿尔茨海默病人脑组织蛋白质水平的 RNA 编辑事件图谱
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
研究意义： RNA 编辑是 RNA 成熟的一个特征，最常见的 RNA 编辑是 A-to-I 编辑（腺苷到肌苷）。这些 RNA 编辑可在阿尔茨海默病 (AD)中发生，尽管发现了很多脑 RNA 编辑位点，但还没有系统地分析哪些 RNA 编辑位点与 AD 相关或参与 AD 的病理过程；
结论：
- 总共纳入了 1074 名受试者、9 个大脑区域、 1865 个样本进行 RNA 编辑事件的分析；
- 分析结果发现大多数 RNA 编辑为 A-to-I：90% 为 A-to-G 和 T-to-C，5% 为 C-to-T 和 G- to-A。在 112,779 个 A-to-I RNA 编辑事件中，58,761 (52%) 个以前没有被报告过；
- 对 RNA 编辑事件在大脑不同区域的分布进行比较，发现大多数 RNA 编辑事件存在于≥2 个大脑区域中，且 RNA 编辑水平在大脑区域存在差异：后扣带皮层 (PCC) RNA 编辑水平高于前扣带皮层 (AC) 和背外侧前额叶皮层 (DLPFC)；BM10、22 和 44 高于 BM36；小脑 (CBE) 高于皮层 (TCX)；
RNA 编辑水平=编辑的等位基因数/总等位基因数（参考 + 编辑的等位基因）
- UTR 上的 RNA 编辑被报道影响 RNA 转录和蛋白质水平，为此，作者研究了两类 RNA 编辑事件的功能特性：（1）非编码 RNA 编辑事件（non-coding）： 主要为 UTR 上影响转录和蛋白质水平的 RNA 编辑事件；（2）重编码 RNA 编辑事件（re-coding）：改变氨基酸编码的 RNA 编辑事件。
- 与非编码 RNA 编辑事件相比，重编码的 RNA 编辑事件对基因和转录本的影响较弱。
- 与位于 5'UTR、外显子和 3'UTR 中的事件相比，内含子非编码编辑事件对表达水平影响较小；
- 对 RNA 编辑事件 和 AD 进行关联分析 ，发现有六个基因座上的 RNA 编辑与 AD 显著相关：SYT11（chr1：155851645，P = 2.94 × 10-10），MCUR1（chr6：13788361，P = 1.66×10-9），SOD2（chr6：160100882，P = 1.96×10-11），ORAI2（chr7：102096952，P = 4.8 × 10-7）、HSDL2（chr9:115237504，P = 5.49 × 10-7）和 PFKP（chr10:3168677，P = 1.08 × 10-7）。
- 在性别分层分析中，仅 GPRC5B （chr16:19876365，P = 2.79 × 10-7）的编辑事件在女性中与 AD 显著相关。
- 以上基因中，除了 SOD2 ，其余基因在大脑中的基因表达均与 RNA 编辑事件显着相关。另外，SYT11、MCUR1 和 GPRC5B 的编辑事件与蛋白质水平显著相关。值得注意的是，ADAR 基因的表达水平与以上基因多个 RNA 编辑事件显著相关，说明 ADAR 可能通过 RNA 编辑事件参与 AD 过程；
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-27204-9
公开的资料：
- code: https://zenodo.org/badge/latestdoi/420196208
三、其他文献推荐
下面的文献也挺精彩的，但由于下不到原文，或博主时间有限，没法精细解读，故列出来供各位参阅；
当然，你们有精彩的文献想让我解读的（前提是一周内刚出炉的文献），可给我发pdf（然而可能种种原因，我不一定有时间解读，不要对我抱太高期待）；
文献题目： Genetic and functional evidence links a missense variant in B4GALT1 to lower LDL and fibrinogen
不想看英文题目： 遗传和功能实验证明 B4GALT1 中的错义变异与低 LDL 和纤维蛋白原相关
杂志和影响因子： Science (IF: 41.845; Q1)
文章链接：
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abe0348
文献题目： Subclone-specific microenvironmental impact and drug response in refractory multiple myeloma revealed by single‐cell transcriptomics
不想看英文题目： 单细胞转录组学揭示难治性多发性骨髓瘤的亚克隆特异性微环境影响和药物反应
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-26951-z
文献题目： Heterochromatin is a quantitative trait associated with spontaneous epiallele formation
不想看英文题目： 异染色质为自发表观等位基因相关的数量性状
表观等位基因: 指仅由DNA甲基化差异引起的表达量不同的等位基因。
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-27320-6
文献题目： Dynamic prostate cancer transcriptome analysis delineates the trajectory to disease progression
不想看英文题目： 动态前列腺癌转录组分析揭示疾病进展轨迹
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-26840-5
文献题目： Mapping the serum proteome to neurological diseases using whole genome sequencing
不想看英文题目： 血清蛋白质组的遗传景观及其与神经系统疾病的联系
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-27387-1
文献题目： Spatial Transcriptomics to define transcriptional patterns of zonation and structural components in the mouse liver
不想看英文题目： 空间转录组学定义小鼠肝脏分区和结构成分的转录模式
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-27354-w
文献题目： Dissecting the Shared Genetic Architecture of Suicide Attempt, Psychiatric Disorders, and Known Risk Factors
不想看英文题目： 剖析自杀未遂、精神疾病和已知危险因素的共同遗传结构
杂志和影响因子： Biol Psychiatry (IF: 13.38; Q1)
文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34861974/
文献题目： Genetic variation in YIGE1 contributes to ear length and grain yield in maize
不想看英文题目： YIGE1 的遗传变异对玉米穗长和籽粒产量的影响
杂志和影响因子： New Phytol (IF: 10.15; Q1)
文章链接：
https://doi.org/10.1111/nph.17882
文献题目： Epigenome-wide association study of alcohol consumption in N = 8161 individuals and relevance to alcohol use disorder pathophysiology: identification of the cystine/glutamate transporter SLC7A11 as a top target
不想看英文题目： 饮酒的表观基因组关联研究及其与酒精使用障碍的相关性
杂志和影响因子： Mol Psychiatry (IF: 15.99; Q1)
文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34857913/
四、工具或资源类介绍
文献题目： msRepDB: a comprehensive repetitive sequence database of over 80 000 species
不想看英文题目： msRepDB：超过 80000 个物种的综合重复序列数据库
杂志和影响因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章链接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab1089/6447247
文献题目： MarkovHC: Markov hierarchical clustering for the topological structure of high-dimensional single-cell omics data with transition pathway and critical point detection
不想看英文题目： MarkovHC：用于检测高维单细胞组学数据细胞分层、细胞群识别、细胞轨迹和临界点的马尔可夫层次聚类模型
杂志和影响因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章链接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab1132/6447264
文献题目： HDMC: a novel deep learning based framework for removing batch effects in single-cell RNA-seq data
不想看英文题目： HDMC：用于消除单细胞 RNA-seq 数据中批次效应的深度学习框架
杂志和影响因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章链接：
https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article-abstract/doi/10.1093/bioinformatics/btab821/6449435?redirectedFrom=fulltext
文献题目： TreeAndLeaf: an R/Bioconductor package for graphs and trees with focus on the leaves
不想看英文题目： TreeAndLeaf：用于图形和树叶的 R/Bioconductor 包
杂志和影响因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章链接：
https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article-abstract/doi/10.1093/bioinformatics/btab819/6448224?redirectedFrom=fulltext
文献题目： Isoform-level Quantification for Single-Cell RNA Sequencing
不想看英文题目： 单细胞 RNA 测序的 Isoform 定量方法
杂志和影响因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章链接：
https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btab807/6448218
文献题目： Make Interactive Complex Heatmaps in R
不想看英文题目： 在 R 中制作交互式复杂热图
杂志和影响因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章链接：
https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btab806/6448211
文献题目： recount3: summaries and queries for large-scale RNA-seq expression and splicing
不想看英文题目： recount3：大规模 RNA-seq 表达和剪接的总结和查询
杂志和影响因子： Genome Biol (IF: 10.81; Q1)
文章链接：
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-021-02533-6
致谢橙子牛奶糖（陈文燕），请用参考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX
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