GEO数据挖掘入门---使用pheatmap绘制分组聚类热图

1. 我们经常看到的CNS热图都是这样的。

就是聚类是按照分组分开的。

image.png

图2：引自Cell 182, 245–261, July 9, 2020 247
全世界的科学界都公认两组样品之间对比绘制热图应该是这样的。几百篇CNS论文都是这样的。

2.然而我们自己绘制出来有时候却是下面这样的。

也就是分组没有聚在一起，被聚类分开了。

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图2 图片引自生信技能树2020热图推文这样画热图，涉嫌操纵数据了吗

3.那该怎么解决这个问题呢？

经过摸索，我发现我们取消列聚类，即参数中 cluster_cols = T改成 cluster_cols = F。就可以实现按照分组的天然聚类了。代码和结果如下：

pheatmap(n2,
               annotation_col = annotation_col,
               annotation_legend = T,
               border_color = 'black',#设定每个格子边框的颜色，border=F则无边框
               cluster_rows = T, #对行聚类
               cluster_cols = F, #队列聚类
               show_colnames = F, #是否显示列名
               show_rownames = F #是否显示行名
)

image.png

图3