单个vcf文件转maf文件，单样本maf合并成多样本maf文件

在网上偶然看见了maftools，想用自己的vcf文件尝试，因此在网上找了教程来进行这一转换。

本文章旨在解决两个问题，一，vcf 转maf过程；二，单样本maf如何合并成多样本maf，并输入maftools进行作图。

在网上看教程，提到细节的很少。所以我写一个粗糙版本的教程，有些细节我也没有深究，欢迎指正。

一，vcf转maf的过程。

1，参考网址：

转换命令：https://blog.csdn.net/viancheng/article/details/106330338

软件网址：https://github.com/mskcc/vcf2maf/releases

2，软件准备：

需要准备：某版本的参考基因组; 需要提前安装VEP；需要下载maftools的压缩包; 使用的vcf来自mutect2产生的vcf ; 在Linux环境下进行处理。下面是vcf格式截图：

3，转换命令：

（1）命令：

perl vcf2maf.pl --input-vcf T668077.oncefiltered.vcf --output-maf T668077.maf --tumor-id T668077 --normal-id N668077 --vcf-tumor-id T668077 --vcf-normal-id N668077 --vep-path ensembl-vep-93.4-0 --vep-data ~/.vep --ref-fasta ucsc.hg19.fasta --filter-vcf 0

参数参考自上面的转换网址：

#T668077.oncefiltered.vcf 需要转换的vcf文件。

#T668077.maf 转换后的结果

（2）需要注意的地方：

--vep-data 需要制定的是VEP的cache页面，否则会报错，找不到cache.

解决这个问题，其实是参考biostar上的 这个网址的最后一段，https://www.biostars.org/p/375080/

（3）命令报错：

虽然上述命令有报错，但是因为输出结果出来了，这个报错我也没有深究下去。

至此，形成了一个maf文件。导入maftools进行操作即可，具体操作过程不写。单样本maf作出的图。

二，单样本maf如何合并成多样本maf。

我在参考下面这个网址的时候，发现有人提问，如何把许多个单样本maf合并在一起，形成一个maf，并使用maftools进行处理。

网址：https://www.jianshu.com/p/54552f9a017d

我的做法很简单，

1，使用上面的方法，对多个vcf进行处理，形成多个maf。

2，将maf 全部合并在一起，cat即可。

    当然，重复的标题行去掉。我是用同一个maf，复制了一遍，然后修改了下面2列的样本编号，模拟2个样本形成了一个maf。

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3，模拟的2样本maf，使用maftools作图。