Autodock vina 对接教程

Autodock 对接网上有很多教程可以用，官方的也写的非常好，这里贴下下载的地址
MGLtool
http://mgltools.scripps.edu/downloads
Autodock vina
http://vina.scripps.edu/download.html
下载好后开始学习吧

Autodock vina中受体要删除配体原子
file-read molecule
加氢原子:edit-hydrogen-Add 参数为Polar only,nobondorder,yes
加电荷处理 :edit-charges-Add Kollman Charge(这里有不同的加电荷方法）

蛋白经过去水、加氢原子、
加电荷处理，Grid-macromolecule-choose
存为pdbqt格式
gridbox-调整参数，使盒子包括活性口袋
这里可以把一些与配体有相互作用的残基选择出来，这样方便查看盒子是否就是你要确定的。

file-save, 把盒子的参数保存为grid.txt (这里后面的对接需要用到）

小分子（这里必须是3D分子结构）点击ligand-Input-open(软件自动进行加氢、计算电荷、合并非极性氢)
output-存为pdbqt格式。
配体需要的是三维构象，如何产生三维构象呢？
自己处理方法：若pubchem 或Zinc库中有可直接下载三维构象。若没有的话，chemdraw画完结构后，打开chem 3d模式，然后用minimum energy处理进行能量最小化，然后保存成pdb格式文件。

打开命令行，进入到上述文件保存的路径下，输入vina的运行文件路径（如本台自己的电脑为"G:\software_install\Vina\vina.exe"）

输入以下命令：
“G:\software_install\Vina\vina.exe” --config config.txt --out complex3.pdbqt --log log.txt

config.txt 包含的内容如下：
receptor = receptor.pdbqt
ligand = ligand.pdbqt

center_x = 139.222
center_y = 26.726
center_z = 77.648

size_x = 50
size_y = 46
size_z = 54

exhaustiveness = 8

然后使用pymol 查看上述对接完的文件。
自己试着做了几个体系的对接，发现autodock vina相较于其他软件 准确度还是有差别，尤其是在选择口袋这里。

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这里写下一个注意事项
一定要注意config文件不要再自己加文件类型格式txt,直接命名为config, 要不然在运行会报错：

Error:could not open “config.txt” for reading