小鹿HIT
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123

本文旨在介绍基于automatic installer的PALM model system (后面简称PALM) 在Linux 系统上的安装过程，PALM的详细信息参考[PALM官网](https://palm.muk.uni-hannover.de/trac/wiki) 。如下所示：

#一. 安装方法：

PALM提供了三种安装方法：

1. [An automatic installer](https://palm.muk.uni-hannover.de/trac/wiki/doc/install/automatic) ，下载 [palm_ installer](https://palm.muk.uni-hannover.de/trac/raw-attachment/wiki/doc/install/automatic/palm_installer "Attachment 'palm_installer' in doc/install/automatic")，在终端输入```bash palm_installer```执行命令即可，功能全面，需要安装其他数据库。

2. [A simple manual installation method](https://palm.muk.uni-hannover.de/trac/wiki/doc/install/simple) 需要手动输入多条命令，虽然不需要安装其他数据库，但simple 不需要安装netcdf库，而netcdf库主要就是美国大气协会研究开发的网络通用数据格式，后期处理的时候netcdf库能够处理复杂的数据, simple installation 是无法处理的，因此对于需要模拟复杂条件下的大气边界层流动，不建议采用此方法安装。

3. [An advanced manual installation method](https://palm.muk.uni-hannover.de/trac/wiki/doc/install/advanced) 高级版本安装，可以支持远程服务器的连接。

本文主要介绍automatic installer安装方法。

# 二. Automatic installer所需安装条件：

1 The Bash-shell. 本文采用系统为Ubuntu 16.04

2 NetCDF 库，版本不低于3.6.4。该库的信息详见官网[http://www.unidata.ucar.edu](http://www.unidata.ucar.edu/)

3 FORTRAN 2003 编译器。本文采用Internet complier 2018 (for gfortran, 官方网站要求版本不低于 6.2.1, 之后会讲到，版本低于 6.2.1 仍能成功安装PALM）

4 Subversion, 在大部分Linux系统上已经集成

由于Ubuntu系统满足第1、3、4条件，所以仅需要安装Netcdf库，下面详细介绍该数据库的安装

#三. 基于GNU Fortran compiler的 PALM  automatic installer 安装

采用编译器即为GNU Fortran compiler 安装PALM，gfortran, netcdf库可以在Ubuntu 系统上使用APT工具安装，输入如下代码即可完成PALM安装的配置工作 (https://palm.muk.uni-hannover.de/trac/ticket/565#no1)：

```

sudo apt-get install subversion cmake gfortran mpich libmpich-dev libnetcdff-dev netcdf-bin libfftw3-dev  libnetcdf-dev

```

然后输入

```

bash palm_installer

```

即可安装成功, 运行一个案例，输入

```

source /home/annie/.bashrc      #配置环境变量#

cd /home/annie/palm/current_version  # 回到palm工作文件夹#

palmrun -d example_cbl -a "d3#" -h "default" -X "4" -T "4"

```

显示如下

```

annie@ubuntu1:~/palm/current_version$ palmrun -d example_cbl -a "d3#" -h "default" -X "4" -T 4

*** palmrun  1.0 Rev: 3043 $

    will be executed.    Please wait ...

    Reading the configuration file...

    Reading the I/O files...

  *** INFORMATIVE: additional source code directory

      "/home/annie/palm/current_version/JOBS/example_cbl/USER_CODE"

      does not exist or is not a directory.

      No source code will be used from this directory!

#------------------------------------------------------------------------#

| palmrun  1.0 Rev: 3043 $          2018年 06月 29日 星期五 10:07:17 CST |

|                                                                        |

| called on:              ubuntu1                                      |

| host identifier:        default (execute on IP: 127.0.0.1)            |

| running in:              interactive run mode                          |

| number of cores:        4                                            |

| tasks per node:          4 (number of nodes: 1)                        |

|                                                                        |

| cpp directives:          -cpp -D__fftw -D__gfortran -D__parallel -DMPI |

|                          _REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION -DMPI_2REAL=MPI_2D |

|                          OUBLE_PRECISION -D__netcdf                    |

| compiler options:        -Ofast -ffree-line-length-none -I /usr/includ |

|                          e -I /usr/include                            |

| linker options:          -Ofast -ffree-line-length-none /usr/lib/x86_6 |

|                          4-linux-gnu/libnetcdff.so /usr/lib/x86_64-lin |

|                          ux-gnu/libfftw3.so                            |

|                                                                        |

| run identifier:          example_cbl                                  |

| activation string list:  d3#                                          |

#------------------------------------------------------------------------#

>>> everything o.k. (y/n) ?  y

***  PALMRUN will now continue to execute on this machine

  *** creating executable and other sources for the local host

  *** nothing to compile for this run

  *** executable and other sources created

  *** changed to temporary directory: /home/annie/palm/current_version/tmp/example_cbl.23896

  *** providing INPUT-files:

  ----------------------------------------------------------------------------

  >>> INPUT: /home/annie/palm/current_version/JOBS/example_cbl/INPUT/example_cbl_p3d  to  PARIN

  *** INFORMATIVE: some optional INPUT-files are not present

  ----------------------------------------------------------------------------

  *** all INPUT-files provided

  *** execution of INPUT-commands:

  ----------------------------------------------------------------------------

  >>> export ATP_ENABLED=1

  >>> export MPICH_GNI_BTE_MULTI_CHANNEL=disabled

  >>> ulimit -s unlimited

  ----------------------------------------------------------------------------

  *** execution starts in directory

      "/home/annie/palm/current_version/tmp/example_cbl.23896"

  ----------------------------------------------------------------------------

  *** execute command:

      "mpirun -n 4 ./palm"

      ... reading environment parameters from ENVPAR      --- finished

      ... reading NAMELIST parameters from PARIN      --- finished

      ... creating virtual PE grids + MPI derived data types      --- finished

      ... checking parameters      --- finished

      ... allocating arrays      --- finished

      ... initializing with constant profiles      --- finished

      ... initializing statistics, boundary conditions, etc.      --- finished

      ... creating initial disturbances      --- finished

      ... calling pressure solver      --- finished

      ... initializing surface layer      --- finished

      --- leaving init_3d_model

      --- starting timestep-sequence

      [XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX]  0.0 left

      --- finished time-stepping

      ... calculating cpu statistics      --- finished

  ----------------------------------------------------------------------------

  *** execution finished

*** post-processing: now executing "mpirun -n 1 ./combine_plot_fields.x" ...

*** combine_plot_fields ***

    uncoupled run

    NetCDF output enabled

    no XY-section data available

    NetCDF output enabled

    no XZ-section data available

    no YZ-section data available

 

    no 3D-data file available

  *** execution of OUTPUT-commands:

  ----------------------------------------------------------------------------

  >>> [[ -f LIST_PROFIL_1D ]] && cat LIST_PROFIL_1D >> LIST_PROFILE

  >>> [[ -f LIST_PROFIL ]] && cat LIST_PROFIL >> LIST_PROFILE

  >>> [[ -f PARTICLE_INFOS/_0000 ]] && cat PARTICLE_INFOS/* >> PARTICLE_INFO

  ----------------------------------------------------------------------------

  *** saving OUTPUT-files:

  ----------------------------------------------------------------------------

  >>> OUTPUT: RUN_CONTROL  to

              /home/annie/palm/current_version/JOBS/example_cbl/MONITORING/example_cbl_rc.002

  >>> OUTPUT: HEADER  to

              /home/annie/palm/current_version/JOBS/example_cbl/MONITORING/example_cbl_header.002

  >>> OUTPUT: CPU_MEASURES  to

              /home/annie/palm/current_version/JOBS/example_cbl/MONITORING/example_cbl_cpu.002

  >>> OUTPUT: DATA_1D_PR_NETCDF  to

              /home/annie/palm/current_version/JOBS/example_cbl/OUTPUT/example_cbl_pr.002.nc

  >>> OUTPUT: DATA_1D_TS_NETCDF  to

              /home/annie/palm/current_version/JOBS/example_cbl/OUTPUT/example_cbl_ts.002.nc

  >>> OUTPUT: DATA_2D_XY_NETCDF  to

              /home/annie/palm/current_version/JOBS/example_cbl/OUTPUT/example_cbl_xy.002.nc

  >>> OUTPUT: DATA_2D_XZ_NETCDF  to

              /home/annie/palm/current_version/JOBS/example_cbl/OUTPUT/example_cbl_xz.002.nc

  >>> OUTPUT: DATA_2D_XZ_AV_NETCDF  to

              /home/annie/palm/current_version/JOBS/example_cbl/OUTPUT/example_cbl_av_xz.002.nc

  ----------------------------------------------------------------------------

  *** all OUTPUT-files saved

```

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