iTOL的使用（上）

1.Color ranges

-点想要涂色的那个分支出现菜单-colored ranges-creat a new range(创建名称、颜色）

（新建之后后续若想使用同色可直接选用，不必重建新颜色）

颜色可涂label,clade,full

涂色

boder（框）有无，线条粗细及颜色

保存：可将此框拖到中间保存

colored range legend(标签）：点左边两个可出现右边效果(可在小框框改title和range名，若想重新排序图标位置，可直接拖拽。点右边的设置可改颜色和名称，然后保存)

2.Branch styles

点分支出现菜单-Branches-this node或whole clade       功能：可改线条颜色、粗细(width factor)、实虚线（line)

此处改的粗细是在整个线条粗细的基础上的。刚刚标签的设置按钮-basic-Branch options框里的line style可改整个线条粗细

3、Label

功能：设置单个标签（基因名称的位置）字体颜色、背景颜色、字体大小（字体大小是在所有字体的大小基础之上的，也就是说单个可以设的比所有字体大）、加粗、斜体

可whole clade或this node

this node 只在非collapse状态下可编辑

collapse clade：

collapse（封闭） clade后的样子

若点菜单-collapse clade之后：可编辑this node 新建新的node(this node-edit node)

整个设置里的collapse clade选项可编辑所有collapse clade的lable的粗细大小等mamual 

annotation tools:

注意：必须在快结束才能使用这个功能，因为它不会随着树的放大缩小移动位置

功能：可画圈等等

点fill 中的右边那个可改成empty(无填充）

annotation tools

4、Using annotation templates

来自生信小王子的例子（https://zhuanlan.zhihu.com/p/42438544）

批量操作

本文以修改进化树的颜色为例：

# 修改类型TREE_COLORS

#分隔符类型（此处为逗号分隔，也可以使用TAB或者空格分隔，具体查看官方文档）SEPARATOR COMMADATA

# 修改标签颜色

NODE_ID,label,COLOR,label_style(normal为普通，bold为加粗，italic为斜体，bold-italic为加粗并且斜体),label_size

# 例如，我想修改标签NU_1008为蓝色，且加粗字体，字体大小为2NU_1008,label,#0000ff,bold,

2# 为标签添加背景色

NODE_ID,range,COLOR

# 例如，我想为标签NU_1008添加淡紫色背景

NU_1008,range,rgba(200,200,255,0.8)

# 例如，我想为NU_1008至NU_1018之间的标签添加淡紫色背景NU_1008|NU_1018,range,rgba(200,200,255,0.8)

# 修改分支颜色

NODE_ID,branch,COLOR,branch_style(normal为实线，dashed为虚线),branch_size

# 例如，我想修改标签为NU_1008的分支为蓝色，且把分支设置成宽为2的虚线NU_1008,branch,#0000ff,dashed,2

查看颜色代码