Li‘s 影像组学视频学习笔记(28)-ROI/病灶体积的计算

本笔记来源于B站Up主: 有Li 的影像组学的系列教学视频
本节(28)主要讲解: 用SimpleITK包进行ROI/病灶体积的计算

1、加载包

import SimpleITK as sitk
import numpy as np

2、将文件读入程序中

maskFilePath = "C:/Users/RONG/Desktop/ROI_calculation/lung1_label.nrrd"

reader = sitk.ImageFileReader()  
reader.SetFileName(maskFilePath)
mask = reader.Execute()

3、计算ROI体积

maskArr = sitk.GetArrayFromImage(mask)  # order:z, y, x
counts = np.sum(maskArr == 1)
print(counts)

spacing = mask.GetSpacing()  #order: x, y, z
print(spacing)

unitVol = np.prod(spacing)
print(unitVol)

roiVol = unitVol * counts
print(roiVol)

4、本例结果

# 837
# (0.5703125, 0.5703125, 5.0)
# 1.62628173828125
# 1361.1978149414062

作者：北欧森林
链接：https://www.jianshu.com/p/978bd396b926
来源：简书，已获授权转载

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