2019-10-25 sga安装

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1. SGA 简介

SGA (String Graph Assembler), 采用 String Grapher 的方法来进行基因组的组装。软件通过创建 FM-index/Burrows-Wheeler 索引来进行查找 short reads 之间的 overlaps， 从而进行基因组组装。
使用 SGA 的注意事项：

1 SGA 的输入文件为 fastq 文件，序列长度推荐为 100bp 及以上。较短的序列长度，则使用 De Bruijn 的方法进行组装能或得更好的基因组序列。

2. 使用 SGA 进行基因组组装需要最少 40X

按照github文档安装不成功，后来想到了万能的conda，结果的确，直接安就可以了

conda install -c bioconda sga

但有时缺脚本，还是需要把附属/bin/的下来
bin下的python脚本大多为 python 2.7