三十六策 第 13 策 阴阳两仪
低分 SCI 常见的灌水流程：选个分子进行一正一反操作，细胞动物组织标本数据组合起来，发一篇 SCI，然后换个分子同样步骤再来一篇。
研究分子机制，有一个最最基本的核心问题：它调控了谁，以及它被谁调控?
它调控了谁是指下游的效应环节，一般是明星分子或通路。
它被谁调控是指上游的驱动因素，可以是分子、药物，不会是通路。
二元变量组合理论上有 4 种：药物+分子，药物+通路，分子+ 通路以及分子+分子。
药物+通路
常见于中药或者天然产物的课题中
在加药之后检测一下明星通路分子表达的变化，通过一组具有代表性的通路关键蛋白的表达变化来提示药物对通路的调节作用。
药物作为主变量本身没有过表达和 RNAi 沉默一正一反的操作，只有加药和不加药进行比较，最多多摸一个药物剂量梯度然后就是加药观察细胞、动物模型上表型的改变，确定有没效果。
把通路作为下游机制检测一堆通路蛋白 Western。药物+通路属于典型的间接作用机制，知道通路里面关键的 marker 表达被调节了， 但到底是药物作用在哪个分子上调节的不确定。
药物+分子
为了有力说明一个 药物发挥作用的过程中某一个已知功能的分子是其效应靶点，Rescue 实验不可或缺。
有个药是促进细胞发生凋亡的，加了药，发现有个已知跟凋亡表型相关的分子上调了，
那么 Rescue 实验的设计就是在加药的同时，再转一个靶分子的 siRNA 进去，把药物对这个分子上调的动作阻断掉，然后看药物介导的表型。如果表型没有了，那就说明药物发挥作用需要依赖于这个靶点。
（药→促凋亡，加药→凋亡表型相关分子上调， 加药+转靶分子 siRNA →表型没有了）
4 条关键的证据链:
第一，药物介导表型;
第二，药物调控分子;
第三，分子跟表型相关，一般是选已知明星分子;
第四，阻断了药物对分子的调节，则药物对表型的作用会无效化，也就是被回复。
得出科学假设：药物经由分子介导了表型。
分子+通路
单变量的 5 步法：表达差异，正反回复，细胞动物。提高：靠通路，找几个通路明星蛋白 Western 检测一下，再 Rescue 验证一遍。
通路机制筛、猜：
第一种是大量的做Western检测通路明星蛋白表达变化，走猜分子+验证的路子
第二种是通路芯片， 尤其是蛋白芯片 Pathway Array。留同一批的样品来做芯片和后续的 Western 验证
第三种是用通路的抑制剂和激活剂来筛。主要是抑制剂，一般做功能都是激活了某个通路导致表型，加了通路抑制剂阻断发现表型变化了就能建立逻辑关联。接下来还是做 Western 验证。
分子+分子
上游的分子改变肯定比下游的环节更重要一些，有因才有果。两个分子变量进行嵌套最根本的问题是探讨分子相互作用的模式。蛋白怎么调蛋白，蛋白怎么调 RNA，RNA 怎么调蛋白，RNA 又怎么调 RNA。
总结
多元变量体系，最简单的是二元变量组合，一共有 4 种二元变量搭配模式，药物+通路，药物+分子，分子+通路，以及分子+分子，后面两个是重中之重。
药物加药物， 通路+通路是没有的，因为药物不做因变量，通路不做主变量。
刚接触分子机制研究的时候， 通路是最好的研究对象。关于药物或者分子搭配通路的组合，介绍了三种高效做通路间接机制的方法。单变量的五步法前面四步不用动，表达差异检测，制备操作工具，细胞表型加上动物表型，做完之后再筛通路。可以用蛋白芯片筛一下，把有变化的通路明星分子做 Western 验证，然后 Rescue。