小明的数据分析笔记本
小明的数据分析笔记本

samtools统计fasta文件序列长度，根据序列名提取序列

参考

https://www.cnblogs.com/xudongliang/p/5200655.html

使用命令

samtools faidx input.fasta

会生成一个input.fasta.fai的文件，文件的内容总共有5列
第一列是序列名，第二列是序列长度，第四列是每行多少个碱基

根据序列名提取序列
这里好像只能提取单条序列

samtools faidx input.fasta TCONS_00000018 > TCONS_00000018.fa

还可以加上指定的位置

samtools faidx input.fasta TCONS_00000018:1-10
>TCONS_00000018:1-10
TGGGCGAACG

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