批量对文件进行操作

从miRNA网站ftp网址批量下载数据，整站抓取：

wget -r -p -np -k http://www.pmiren.com/ftp-download/

对下载的数据进行批量操作

• 数据的格式

1. 每个物种为一个文件夹，每个文件夹下包括此物种所有类型的数据：

   
   
   image.png
2. 对各物种的成熟序列的fasta文件进行操作，即对每个文件夹下的某一个文件进行操作；
   （1）首先，对所有的文件夹批量重命名（例Amborella_trichopoda_Atr），改为物种名：

for i in `ls ./ |cut -d "_" -f 3 --complement`; do echo $i; done > 1

列出当前目录下所有文件名，并利用名称特征，将其用“_”进行分割，“-f 3”表示取第三列，“--complement”表示取除了第三列以外的几列；然后使用for循环对所有文件夹进行循环；返回文件夹的名称；循环结束；将文件夹名称输出到文件1中。此时文件夹的名称为Amborella_trichopoda。

ls ./ > 2

列出所有的文件夹名称，输出到文件2，此时2中名称为Amborella_trichopoda_Atr；

paste 2 1 > 3

将2、1两个文件夹的内容合到一个文件3，此时3的内容为每行两个名称，
Amborella_trichopoda_Atr Amborella_trichopoda

sed -i "s/^/mv /g" 3

对文件3进行操作，使用sed命令，“^”定位到开头，将开头替换（实际效果是在每行开头增加）为“mv ”，使得每行都成为一行命令：mv Amborella_trichopoda_Atr Amborella_trichopoda，即现在文件3每行都是一个重命名的命令，当成一个shell脚本运行即可：

sh 3

此时，将所有文件夹的名字都进行了修改。
（2）将接下来要操作的文件取出来

mkdir mature
for i in `cat 1`; do cp $i/${i}_mature.fa mature/; done

打开1文件，对其每行的内容进行循环，每行为一个物种名，也是修改后的文件夹的名称。将此文件夹下，以文件夹名加上“_mature.fa”为名称的文件拷贝到mature文件夹下。
以上操作是基于文件夹和文件名称的规律进行的，有个别不符合的，单独操作补上。

• 接下来，mature文件夹下为所有物种的成熟序列的数据，可以使用glob命令对其进行批量操作。