GEO、SRA和Bioproject这几个是什么关系呢？以及数据下载方法

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Bioproject一般是这个数据的一个大的集合，或者说是一个上层的概念，你可以认为就是项目。
使用ebi下载geo数据？使用bioproject编号下载即可。
网址：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/

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GEO ID一般指代的是NCBI基因数据上传后的ID代号，一般都是一个页面，这个页面一般提供的都是中间文件，比如转录组数据的表达矩阵，芯片数据的中间注释文件，单细胞测序的细胞注释，突变的vcf突变文件等等。SRA则是这些中间数据的来源分析的原始数据，但是这个原始数据单指测序，芯片的原始数据其实很小，一般都丢在GEO里面。一般是.sra格式，可以通过NCBI官方的SRAtools转码形成fq文件。因此他们的关系是Bioproject 项目 - GEO（项目结果中间数据） - SRA（项目原始数据），其实bioproject中还有别的，比如样本信息，实验信息，平台信息等等。基本上就是一个从属关系，另外注意GEO的部分可以跳过，部分文章只提供SRA

GEO下载方法
https://www.jianshu.com/p/30f921d4bc8e