科学的尽头是哲学，哲学的尽头是神学，是院士朱清时先生提出来的，学界有很多人批评他，但在民间，他却有很大的影响力。
这些年来，我见过很多引用这句话的佛教徒、道教徒、基督教徒以及其他宗教信仰的人——其实这句话说得很奇怪，但是，别忙着批评他们迷信，或者反过来，这些支持者们急着去批评科学。我想，我们不妨先来看看，一些人相信的古代神学-哲学-科学的关系究竟是怎样的。
科学、哲学、神学究竟谁在前？
说佛教是宗教，大家恐怕没什么疑问，但说佛教是神学，恐怕会有一些反对者。因为这几年里，我见过一些基督教徒坚称佛教不是神学，还有一些佛教徒坚称佛教不是基督教那样的神学。那么，我们似乎可以看看基督教和古希腊哲学，以及古希腊科学的关系了。
从神话来看，神话早于哲学，但从基督教神学在古希腊的影响看，神学晚于哲学
如果说起神话，恐怕无人会怀疑诸多民族的久远神话在四者者中都排首位。但是，如果把古希腊一直到古罗马的中世纪教会作为神学历史来看，那么它是晚于古希腊哲学的。
神学和哲学的兵戎相见
圣徒保罗来到古希腊，他提出的基本观点是：灭绝智慧人的智慧。他的意思，主要是因为古希腊晚期哲学家并不欣赏东方的基督教，而相信“智慧”。既然古希腊人的“智慧”反对上帝，那么和“智慧”相反的，即愚人的道理，就成了保罗所坚守的东西，所以，保罗说上帝用愚人的道理来显出奇迹。但保罗为了传教，又不能完全否定古希腊人的哲学，所以，他指出古希腊人所谓的“神”，其实就是基督教的“上帝”。但古希腊的“神”，其实是指经过亚里士多德等人哲学思辨化后的理性神，不可能是保罗所说的上帝。不过，宗教总是能吸引到更多的信徒，尤其是新的宗教，如佛教传入中国后对后来道教的碾压趋势。并且，宗教也确实能够带来一些稳定和幸福，因此，我个人并不排斥宗教的独立性地位。但我不会和宗教徒去争辩一些东西，因为那是没有意义的。
保罗的传教，吸收了古希腊人赫拉克利特的逻各斯，逻各斯现在被翻译成我们汉语的“道”或“言”，因为古希腊语中的逻各斯，本意是尺度、言说等等。正是基于保罗的努力，东方的基督教开始在西方广为流传，但同哲学之间的战争，一如我们古代的道教借助统治者们实施的灭佛运动，也就是著名的三武一宗法难——悲剧仍旧延续了下去。
这才出现了后世极端的护教士们的不满。
哲学是神学的婢女——达米安的辩护；把哲学家拿去喂野兽——德尔图良
哲学当如婢女服侍主人那样为神圣的经典服务，这是达米安的原话。早先的护教士德尔图良则愤愤不平的说，应该把哲学家而不是基督教徒拿去喂野兽。
德尔图良攻击亚里士多德的逻辑学说，并敌视一切哲学，而不仅仅是古希腊哲学。他声称“惟其不可能，我才相信”，可惜，后世只有很少的神学家附和他的观点，圣奥古斯丁选择了柏拉图，圣托马斯则选择了亚里士多德，阿伯拉尔同样选择了哲学。
哲学和科学谁是起源？
这个问题，恐怕很多人都非常迷糊，其实，科学早于哲学，而非一些人所说的相反情况。
古巴比伦和古代埃及是古希腊科学的源头，已经早于了古希腊哲学。其次，我们现在所说的古希腊哲学，其实主要指亚里士多德的“形而上学”，而亚里士多德坚信，自己之前并无形而上学这门科学。但是，后人愈加不满亚里士多德的独断，进而将早期的物理学家和数学家也包括进去哲学家的行列。毕竟，没有早期哲学的帮助，亚里士多德自己未必能发展出形而上学。
因此，说哲学早于科学的人，那是并不熟悉古希腊的情况。因为早期的哲学家，伊奥尼亚和爱菲斯等地，包括毕达哥拉斯学派，他们是物理学家和数学家，而非后来柏拉图、亚里士多德那样的哲学家。近代原子论学说的复兴，也是立即于古希腊哲学初期的物理学，本身反对的就是亚里士多德的观点。
到了近代，科学本身是在“古代哲学”这个大杂烩里继承了物理学和数学等学科发展起来的。而在古代被称为哲学（广义上）的物理学、数学、形而上学中，形而上学打败物理学、数学的局面，又被改变了过来，形而上学成了三者中最底层的不可靠知识，到了英国经验论时期，专门指代形而上学的哲学（狭义）又完全被排斥在知识的范围外。
可见，那些说哲学在前，科学在后的人，需要醒醒了。物理学和数学最早出现，其次哲学才出现，后世意义上的宗教神学最后形成。后来哲学先否定了科学的地位，并以为自己是一门科学，还是最高的科学——哲学才开始高于科学，再到东方基督教于西方立足后，又学哲学压倒科学，把哲学压在了身下。
因此，就三者关系来说，科学-哲学-神学的次序才对。只不过，这是就此三者而言，如果单纯谈起古代科学和近代科学的关系，那么，近代科学远非古代科学能比拟，它们的研究方式有极大的不同。