唐贞观三年，一名法号玄奘的僧人出玉门关西行，要到天竺取经。
玄奘祖籍河南洛州缑氏县，家族本是儒学世家，父亲陈惠辞官隐居潜心研究儒学。他的西行求法未获朝廷批准，不过，玄奘决心已定，而且在他的理想中，他应该受到皇帝的接见并为自己送行，甚至被封为“御弟”。理想与现实的矛盾，在他的内心深处激荡，只是自己没有注意到。
玄奘带着简单的行李一个人上路，对他来说，外在的困难都不是问题，他只希望保持坚定的意志以战胜畏缩、懈怠、贪恋等心魔。魔由心生，亦由心灭，他的心中不知不觉间产生了一个降魔除妖之神：心猿。在心猿之后，玄装的心又出现了白龙马（意马）、猪八戒（人欲）、沙僧（践行）三个形象。不仅如此，在取经路上产生的心魔都外化成妖魔鬼怪或盗贼、神仙等形象出现。
在玄奘心中，心猿从大石中爆出来。爆出心猿之前，这块石头吸收了日月精华。“日月”为“易”，是生化万物的力量——“生生”之理。生生之理就是石头能爆出心猿的原因。心猿出生的国家名为“傲来”，这是说，作为人的骄傲是来自本心。失去本心，人便失去作为人的骄傲。
心猿为“死亡”这个人类永恒的问题所困扰，他毅然离开王位去寻找能帮他解决问题的神仙。远涉重洋，心猿才找到了一个叫“灵台方寸山”、“斜月三星洞”的地方。“灵台方寸”、“斜月三星”指的都是“心”，生命、宇宙的奥秘不在远处，就在自己心中。心猿找到的神仙叫菩提祖师，菩提即觉悟的意思。心猿学于菩提，比喻的是人觉悟自己的心。玄奘有着儒、释、道的学问，菩提祖师是个糅合儒、释、道三家的人物，“孙悟空”菩提祖师帮心猿起的名字也集合三家的精髓。
一开始，菩提祖师只是教心猿洒水扫地，酬答宾客的礼节，出入招呼的礼仪，这是儒家教育、学习的基本内容之一。在儒家看来，三岁以前的小朋友，虽然说赤子之心是善的、纯的，但是这个心还未能显发，小朋友的行动大都还是受身体需求、外界环境控制，所以需要引导、教育。不然，到三岁以后，性格就定型了，所谓三岁定八十。三岁到八岁，孩子比较“生野”，要用礼仪约束。
后来，心猿认为学习筋斗云很难，菩提祖师说了一句传诵千古的话：“世上无难事，只怕有心人。”这句话是通俗的心学宗旨。
一个筋斗云可以去十万八千里，玄奘取经的路程也是十万八千里。108000，这是一个值得注意的数字。一个正常成年人的心跳平均是每分钟75次，那么一天下来，心跳次数就是75X60X24=108000（次）。生活每天，也是修行；行万里路，无非修心。
在玄奘的潜意识中，心猿既然学成归来，应该试试本事，这样才能对他日后降服心魔才有信心。于是，心猿遇到了他第一个对手：混世魔王。混世魔王比喻人性中吃喝玩乐之心，这无疑是修心养性的要面对的基本问题。
心猿应该用什么武器呢？有猴子建议他去东海龙宫向龙王要。心猿在东海用心学弟子的口吻说了一句石破天惊的话：“吾乃花果山天生圣人孙悟空！”在心学看来，人的天性是善的、人天生就有成为圣人的潜能，所以说“满大街都是圣人”、“人皆可以为尧舜”。
龙王让他拿大禹治水时，定江海深浅的一个定子，它代表人对大自然的改造，心猿用它作为武器合乎全书对人的能动性的赞扬。心猿把定海神铁变细几圈，见上面写着一行字：如意金箍棒重一万三千五百斤。意由心而来，是心的声音。
玉帝封心猿弼马温一职，即地位最低的养马官。所谓心猿意马，意由心出，心猿被封弼马温一职不是偶然的。心猿得知弼马温是个什么档次的职位后才大怒打出天门回花果山。不久，心猿自封“齐天大圣”。心即理，所以说“齐天”，人皆可以为尧舜，所以说“大圣”。
心猿寡不敌众被神仙们捉住，之后在八卦炉锻炼了七七四十九天，不仅没有死去，还练就一双火眼金睛。火眼金睛，比喻人身上能够知善知恶的良知。心猿在取经路上用火眼金睛分辨好人和妖怪，正如人用良知去分辨善恶。
佛祖得知心猿会筋斗云，于是与之打赌，如果心猿一个筋斗能飞出他的手掌就算赢，让玉帝把天宫相让；如果不能飞出，心猿继续下界为妖，不要惹事。大家都知道心猿飞不出佛祖的掌心，那为什么飞不出呢？所谓“宇宙便是吾心，吾心便是宇宙”，佛祖的修心比心猿高，所以后者不能飞出佛祖的“宇宙”。
心猿见势不对急忙要走，被佛祖翻掌一扑打到下界。佛祖五指化作“五行山”把心猿压住。五行是构成大自然的五种元素，心猿被五行山压着暗喻本心被物质欲望所压抑。心猿被五指山压住，为什么不能变小出来？这是因为五行山压住的是精神，不是肉体，用现在通俗的说法就是“压力山大”。同理，紧箍儿箍住的是精神而不是肉体。
玄奘为心猿起“行者”之名。心固然有知，然而知而不行不是真知，知是行之始，行是知之成，心猿冠以行者之名，比喻的正是“知行合一”。
沙僧本是天上的卷帘大将，因失手打碎了玻璃盏，被贬到下界接受七日一次用飞剑穿胸百余的惩罚。卷帘喻意见不得光，打碎玻璃盏喻意违背良心，卷帘大将失手打碎玻璃盏即喻意人暗中做了违背良心的事。飞剑穿胸百余下才喻意暗中做了违背良心的事的人受到良心的谴责，非常痛苦。
猪八戒本是天河的天蓬元帅，因为解酒戏弄了嫦娥，被玉帝贬下凡间，却不幸投了猪胎，后在山中吃人度日。猪怪代表了人欲，人欲即过度的物质欲求，其中色欲是人特别是男人的一大人欲滥。
前边说过，白龙马是意马。之所用龙来象征意，是因为人的意如龙一样变幻莫测，能潜能显、能大能小、能收能放。白龙犯的罪是不能尽孝、不能向善。
玄奘曾到过一座“观音禅院”。禅院钟声，让他想到很多，直到深夜才睡。他做了一个梦：自己向佛像叩头，心猿就去撞钟。有一和尚问：“拜已毕了，还撞钟么？”心猿说：“我这是‘做一日和尚撞一日钟’。”“拜”是“知”，“撞钟”是“行”，“做一日和尚撞一日钟”表示每日坚持做道德涵养的功夫，这个梦的喻意是知行合一、做功夫坚持不懈。不过“做一日和尚撞一日钟”这句话后来却成了贬义，指得过且过、敷衍行事，与原意相反了。
取西经路上，心猿经常“欺负”八戒，八戒亦经常向师傅说心猿坏话，然而，心猿却多次耐心对八戒讲道理，说得八戒点头称是，这是比喻本心与人欲虽有矛盾，也能够克服人欲。
八戒曾问心猿：“师兄，你筋斗云能飞十万八千里，这条河你背着师父飞过去就是了。”心猿反问：“你不是也会驾云，你怎么不把师父驮过去？”八戒说：“师父的骨肉凡胎，重似泰山，我这驾云，怎称得起？你的筋斗云才可以。”心猿说：“我的筋斗云也是驾云，只不过去得远些，你驮不动，我又如何驮得动？自古道：‘遣泰山轻如芥子，携凡夫难脱红尘。’……我和你只做得个拥护，保得他身在命在，替不得这些苦恼，也取不是经来；就是有能先去见了佛，那佛也不肯把经传与你我：正叫做‘若将容易得，便作等闲看。’”八戒闻言，对心猿非常佩服，连忙点头称是。
为什么说“遣泰山轻如芥子，携凡夫难脱红尘”呢？这是因为泰山虽然重，但它是无生命之物，没有欲望与执着，所以轻；而人有各种欲望与执着而不能超脱，所以“重”。因此，人不能超脱物欲的局限，不能放飞心灵。心学的涵养功夫也正如玄奘取经，别人可以指点，可以传授相关的学问，却不能代替自己。人必需切切实实经过种种事上磨练，才能取得“真经”。天生圣人悟空一个筋斗云就能到天竺，而凡夫俗子玄奘要一步一脚印地走去，前者比喻顿悟，后者比喻渐悟。
玄装有时会自言自语“是不是雷音寺快到了”。当然，理智告诉他，距离天竺还很远，至于究竟有多远，他也不知道。在梦中，心猿告诉他：只要你见性志诚，念念回首处，即是灵山。
灵山（天理）不在远处，它其实在心中。然而，很多人却难以找到它。要找到它，唯有见性、志诚，念念回首处，即是灵山。人不能认为只有歪念不去实行就没什么问题，因为歪念会影响人的行动，歪念是歪行的开始甚至可以说，歪念就是歪行，正念就是正行。因此，人正行才能行至灵山。
人有惰性，因而在玄奘梦中，心猿会被赶走，不过很快会有后悔。话说八戒与悟净不是奎星的对手，又不愿意提孙悟空是自己的大师兄，悟净被奎星捉住后，八戒更趁机想散伙，幸得白龙马要他去找心猿出生山。这比喻人不能践行的时候，必需用诚意来压制人欲，找回本心。玄装还梦见自己被奎星变做一只老虎，喻意缺乏道德涵养，人会混同于禽兽。心猿回归后毫无悬念地打败了奎星，取经团队又恢复完整了。
心猿有一次出走后，出现了假心猿。真假心猿不仅武功不分高下，连菩萨、天上地下众神也不能分辨谁真谁假，无奈地，大家只有去找如来佛祖。如来说：“汝等俱是一心，且看二心竞斗而来也。”原来，两个心猿只是“二心”，所谓“人有二心生祸灾，天涯海角致猜疑”，人有二心，是不能致良知的，只会致猜疑。
如来说假心猿乃六耳弥猴，能“知千里外之事，能察理，知前后，万物皆明”。“知千里外之事，能察理，知前后，万物皆明”不就是“心”吗？二心裂变于一心，六耳弥猴其实就是心猿的裂变而产生的，是心猿的另一面，因而能够与心猿打得难解难分。用棍打玄奘，不是心猿曾经想做的恶念吗？六耳弥猴之所以假扮心猿又不杀玄奘，其实是想代替心猿，玄奘还是赶他走，他才弄个假玄奘出来。以人格分裂为例，分裂的人格有取代原来的人格的可能。假心猿也想求得正果，可见，心猿即使裂变，其追求也是不变的。
人有两种禀性，因而或许天生有善也有恶的一面，人心可贵的不是它不能动摇，而是经受考验也不动摇。
有个心魔是一个蜈蚣精，其绝招是身上的千只眼放出的金光，心猿也奈何不了。心猿逃出金光后请来毗蓝婆菩萨，后者用昴日星官眼里炼成的神针破了蜈蚣精的金光，让心猿打败蜈蚣精。蜈蚣精的千只眼喻意别人的目光，昴日星官眼里炼成的神针喻意人一心一意追求光明，即是说，人只有此心光明、一心一意做自己的事才能不受别人的目光、意见的影响。
心猿常去请各路神仙帮忙收服妖精，这是比喻虽然人心包含天理，但是它会受蒙蔽，必须下“学、问、思、辨、行”的功夫让心冲破蒙蔽，各路神仙正是比喻“学、问、思、辨、行”的功夫。
有一个心魔化身为国丈，要用假玄奘（心猿所变）的“黑心”做药引，假玄奘用刀划开心胸，取出种种不善之心，却没有一个是黑心。这比喻本心是善的，没有一个恶心与之相对，所谓恶，其实是善变了质，即不善，而不善之心有多种类型。
八戒去打妖精，玄奘总是担心，经常独自去打妖怪的心猿去却没有这个待遇。这喻意人总是担心物质上的满足，而忽略精神上的满足。在玄奘在潜意识中，还是常常担心前路有猛兽妖怪，心猿总是不厌其烦地开导他，某次，玄奘终于悟的“千万经典，也只是修心”这个心学的道理。
取经回国途中，玄奘做了一个恶梦，梦见自己取的只是“无字真经”，其原因是自己没有给管理佛经的和尚小费，佛祖居然还说经不可轻取，无字真经也是好的，只是东土的人智慧低才需要有字经。
首先要看到，给玄奘传经的正是印度禅宗的始祖摩诃迦叶、阿难陀。事实上，佛教在中国发展壮大的是禅宗，这恰好印证了佛祖给玄奘无字真经的前瞻性。适合中国人是无字真经而不是有字的经，东土人不是智慧低，反而是智慧高。
梦的后段，玄奘把紫金盂当小费，才得到真经。这喻意实是残酷的，只有保障基本的欲才能说精神追求。玄奘当作小费的正是代表温饱的紫金盂。
唐太宗得知玄奘回国，在洛阳召见了他，并敦促他将在西域、印度的所见所闻撰写成书，这总算给取经人一个安慰。于是玄奘口述，由现实中的徒弟辩机执笔的《大唐西域记》一书。
“取经”，不是到什么地方取，而是从心里取，“取经人”即修心的人。