7、科研作图之箱型图详解——ggplot2

一、数据准备

#数据准备
data("ToothGrowth")
ToothGrowth$dose = factor(ToothGrowth$dose)
head(ToothGrowth)

使用R自带的数据库进行测试，数据包括len,supp,dose，其中len作为具体数值y，其他两个分组均作为因素数据进行分析作图。

二、基本语法

1、单组数据

library(ggplot2)

p = ggplot(ToothGrowth, aes(x = dose, y = len))
p + geom_boxplot() #图1

2、多组数据

使用supp作为分组依据，supp包括OJ和VC两类。

p + geom_boxplot(aes(fill = supp), position = position_dodge(1))#图2

图1 图2

三、基础进阶

以下的变化都是在图1（单组数据）的基础上进行的变化，多组数据的变化同理可用。

1、横纵坐标交换

p + geom_boxplot() + coord_flip()

2、哑铃型箱型图

p + geom_boxplot(notch = TRUE)

notch参数为TRUE是哑铃型，FALSE为方箱型。 

横纵坐标交换 哑铃型箱型图

3、添加平均值点

p + geom_boxplot() + stat_summary(fun.y = mean, geom = "point",
             shape = 18, size = 4, color = "red")

 shape为添加点的类型，在散点图详解一文已经有详细介绍。

4、自定义横坐标

p + geom_boxplot() + 
  scale_x_discrete(limits=c("0.5", "2"))

 可见，在规定横坐标时，可以去掉一些不想要的组，如上面我们就去掉了dose=1.5的一组数据。

添加平均值点 自定义横坐标

5、自定义箱体颜色

#不同箱体颜色（内部）基础默认颜色

p + geom_boxplot(aes(fill = dose))

#自定义每个箱体颜色
#填充颜色
p + geom_boxplot(aes(fill = dose)) + 
  scale_fill_manual(values=c("blue", "yellow", "grey"))

#线条颜色
p + geom_boxplot(aes(color = dose)) + 
  scale_color_manual(values=c("blue", "yellow", "grey"))

#多组数据的箱型图
p + geom_boxplot(aes(fill = supp), position = position_dodge(1)) +
  scale_fill_manual(values=c("yellow", "grey"))

 小结论：

在ggplot2作图中，参数fill都是表示内部的填充颜色

参数color都表示线条（边框）的颜色。

不同箱体颜色（内部）基础默认颜色 填充颜色定义 线条颜色定义 多组数据的箱型图颜色定义