基因家族分析7 || 顺式作用元件分析

第六部分暂时发现一点问题，改天补充~

基因家族流程：基因家族分析（一）

基因家族流程：基因家族分析（二）

基因家族流程：基因家族分析（三）

基因家族流程：基因家族分析（四）

基因家族流程：基因家族分析（五）

==================================================================

顺式作用元件分析（Cis-regulatory elements analysis）

1.顺式作用元件：

顺式作用元件(cis-acting element)存在于基因旁侧序列中能影响基因表达的序列。顺式作用元件包括启动子、增强子、调控序列和可诱导元件等，它们的作用是参与基因表达的调控。顺式作用元件本身不编码任何蛋白质，仅仅提供一个作用位点，要与反式作用因子相互作用而起作用。

1.png

2.数据准备：

• 启动子区域：gene或者ATG上游-2000bp序列之内，有人用1000bp。
• 转录起始点（TSS）在5'-UTR上游，实际位置不确定。
• 获取方法：
  1.有些数据库可直接下载（upstream）
  2.TBtools（第4点有详细链接）
  3.bedtools
  选择正负链前后1000bp处作为筛选promoter区域，chr.At为染色体长度文件，genefamily.bed参看之前的内容

bedtools flank -i genefamily.bed -g chr.At -l 1000 -r 0 -s >genefamily.1kb.promoter.bed 

getfasta 提前序列

bedtools getfasta -name -fi At_v1.genome -bed genefamily.1kb.promoter.bed 

3.在线工具：

PlantCARE, a database of plant promoters and their cis-acting regulatory elements：
http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/

使用方法：Search for CARE —sequences—search
邮箱查收，excel整理tab文件

• 注意：有时候N多上传不了，重复几次，一次序列长度2000没问题

4.分析结果可视化：

具体参看CJ大神的文章：植物启动子-顺势作用元件-批量提取-预测-可视化分析

推荐TBtools的Simple BioSequence Viewer功能绘图。

• 结果统计：
  1.统计两条链的顺式元件结果（也有统计单链的，看实际情况统计双链，以下图片仅为基因锁在链结果）
  2.筛选逆境相关元件结果，位置，正负链
  3.画图嘛，有点坑（单链推荐IBS软件，不过也很坑）

  
  
  TBtools结果图.png

转录组数据分析

1.下载ncbi公共数据分析，提取家族基因表达量。
2.家族足够大，GO和KEGG分析。

最后

基因家族分析全部更新完~如果有问题可以联系我。