GSEA分析

1. 数据准备
   如果使用在线的Gene sets database，则只需要准备Expression dataset文件(.txt)，Expression dataset annotation文件(.cls)，如果使用本地的Gene sets database，则需要提前将database文件(.gmt)下载到本地。
   Expression dataset文件：即基因表达矩阵，主要包括基因名，样本名，表达值
   
   
   Expression dataset annotation文件：即用于标注Expression dataset的样本数量，分组信息等注释信息的文件，主要包含3行，第一行为三列，第一列表示样本数量，第二列为分成多少个组，第三列为一个固定的数值1，第二行为分组标识，以#开头，然后是各个分组的组名，第三列为每个样本所属的组，顺序与Expression dataset文件中的样本的顺序相同
   
   
   Gene sets database文件：即用于进行富集的注释数据库文件，一般是在http://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp网站下载文件，网站对每个数据库文件都有相应的简单解释介绍，用户可以根据自己的需求进行下载
   
   
   用户也可以根据自己的需求自己准备database 文件，该文件主要包含两个信息，第一列为通路的名称，第二列为任意字符，第三列至结束列为该通路所包含的基因(至少为1列，也就是说至少包含一个基因)
   

2. 加载数据
   打开GSEA –> 点击Load data –> 选择需要加载的文件(使用在线的Gene sets database则只需要加载Gene expression文件和注释的cls文件，如果使用本地的database文件，则需要加载本地的gmt文件) –> 打开文件没有错误则加载完成

   
   
   
   
   
   
   
   

3. Run GSEA

   
   
   
   

   在线选择Gene sets database：

   
   
   
   使用本地Gene sets database：
   
   
   

   Run：

   
   
   
   等待计算完成：
   
   
   
   
   输出目录设置：此处可以自行设置结果输出的工作目录
   
   
   设置输出多少张图：
   

4. 查看结果
   打开保存结果的目录，找到index.html文件，打开文件就可以查看自己的GSEA所有结果：

   
   
   
   
   
   
   
   
   
   

   点击Details可以查看每条通路的具体信息，并选择合适自己研究目的条目进行展示：