SRA原始数据高速下载

前言:
微博参与话题 #给你四年时间你也学不会生信#

linux环境下：

1. 安装sratoolkit

# 安装curl
xjf@ubuntu:~$ sudo apt install curl
# 下载 SRA toolkit
xjf@ubuntu:~$ curl -O https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit.2.8.2-centos_linux64.tar.gz 
#解压
xjf@ubuntu:~$ tar -zxvf sratoolkit.2.8.2-centos_linux64.tar.gz
# 配置环境变量（将bin目录添加到环境变量）
xjf@ubuntu:~$ vim ~/.bashrc
xjf@ubuntu:~$ export PATH="/home/xjf/tools/sratoolkit.2.9.1-1-ubuntu64/bin:$PATH"
或重定向
echo export PATH="/home/xjf/tools/sratoolkit.2.9.1-1-ubuntu64/bin:$PATH" >> ~/.bashrc 
# 更新配置
xjf@ubuntu:~$ source ~/.bashrc

用法：
prefetch [options] [...]
Download SRA or dbGaP files and their dependencies
prefetch [options] [...]
Check SRA file for missed dependencies and download them
prefetch --list [...]
List the content of a kart file

2. 安装Aspera connect

# 下载 aspera connect
xjf@ubuntu:~$ curl -O http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.6.1/aspera-connect-3.6.1.110647-linux-64.tar.gz
# 解压 
xjf@ubuntu:~$ tar -zxvf aspera-connect-3.6.1.110647-linux-64.tar.gz
（解压后为aspera-connect-3.6.1.110647-linux-64.sh）
# 安装
xjf@ubuntu:~$ sh aspera-connect-3.6.1.110647-linux-64.sh
或者
./aspera-connect-3.6.1.110647-linux-64.sh*
# 添加到环境变量
xjf@ubuntu:~$ export PATH="/home/xjf/tools/aspera-connect-3.6.1.110647-linux-64.sh:$PATH"

3. FTP数据库下载
# sratoolkit的prefetch可直接调用ascpra，而没有安装ascp之前直接用http源下载
xjf@ubuntu:~$ prefetch -v SRR957677 -o file
# 批量执行
cat id | while read id; do nohup prefetch -v -o ./data $id &; done
# 释义
查看id文件内容；读取id文件内容；将读取到的SRR ID号执行prefetch -v -0 ./data ，并放入后台
# -o 输出文件地址
# -v 增加程序状态消息的详细程度，多次使用可获得更多详细程度，否定安静。


若批量下载，先找到GEO数据库连接，并在SRA Run Selector中查看，下载Accession List，文件命名为id
 






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windows环境下：
1. 安装aspera connect
 连接：https://downloads.asperasoft.com/connect2/
 默认即可
2. NCBI数据库
SRR数据库连接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/public/
3. 下载SRA数据
选择相应的SRR资源，点击下载，会自动连接到aspera connect，选择下载路径即可。

注意：部分SRR文件不可下载，例如我选择的 SRR957677,则需要进入linux环境下载。
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