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【R实战】使用maftools复现SCI文章中的体细胞突变瀑布图

前面小编通过图文和视频给大家讲解了如何从TCGA数据库下载体细胞突变的数据。

☞ 如何从TCGA数据库下载体细胞突变数据（somatic mutation）

☞【视频讲解】下载TCGA数据库中突变数据

基于下载下载下来的数据，我们使用

☞ R代码合并TCGA体细胞突变数据

得到一个矩阵

接着小编给大家简单的介绍了maftools这个R包的使用方法，用这个包自带的数据给大家演示了如何绘制体细胞突变的瀑布图。

☞ maftools包分析突变数据，绘制瀑布图

今天我们来学以致用，将前面讲过的这些内容综合应用到实战中。来复现下面这篇SCI文章中的体细胞突变瀑布图。


这篇文章，大家应该并不陌生了，因为前面讲

☞ 科研新热点——血管生成相关基因的时候就已经提到过这篇文章。小编还跟大家分享了36个血管生成基因。今天我们的实战也会用到这36个基因。我们先来看看文章中呈现的体细胞突变图长什么样的。

这篇文章研究的是胃癌，在TCGA里面对应的数据是TCGA-STAD。大家可以按照我们前面讲过的方法。

1.下载TCGA-STAD这套数据的体细胞突变的数据。

☞ 如何从TCGA数据库下载体细胞突变数据（somatic mutation）

☞【视频讲解】下载TCGA数据库中突变数据

2. 合并maf文件得到一个完整的矩阵

☞ R代码合并TCGA体细胞突变数据

3. 利用maftools包绘制，绘制体细胞突变瀑布图
☞ maftools包分析突变数据，绘制瀑布图

这篇文章中的瀑布图里面展示的并不是top20包含最多体细胞突变的基因，而是36个血管生成基因的体细胞突变情况。并且，在瀑布图的下方还有一个单碱基突变占比的柱形图。

完整的复现这张图的R代码+详细注释☟☟☟

【R实战】使用maftools复现SCI文章中的体细胞突变瀑布图

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