先做调包侠吧

基础不好做什么都寸步难行。
今天的目标很简单，只是想使用一下TBtools的一个功能：画能够显示基因差异表达情况的通路图。其中需要query_to_KO号的文件，以及一个query_to_log2fc文件。前面的文件拖延了好多天终于是给做出来了，后面的那个本来想自己写个脚本计算log2foldchange的，千辛万苦把数据整理好之后，发现我计算log2fc并不是想象中的那么简单。对于接近0或者等于0的表达量数据，单纯用一个log2(x/y)的公式是不合理的。等于0的数据，根本就没办法计算，因为0不能作为被除数，而如果被除数无限接近于0，那么得到的倍数变化将会很大，这没有很好地反映客观的现实。
看了一下DESeq是如何处理这种情况的，需要用到广义线性模型、还有一些推断统计，看得我一脸懵逼。
现在是工作了，不允许我一门心思全部去学习基础知识。所以，先做一名优秀的调包侠吧，掌握已有工具的使用方法、感受它们的设计原理，再一步步地深入其算法、统计学基础。