conda简单运用(此推送献给我的师弟师妹们）

简介

作为刚入门的生信人来说，在Linux上安装软件时件很头疼的事情，如果你学会利用conda去安装的话，事情将会简单很多！
照例，文章的一开头，肯定是要介绍一下conda是什么。
Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件（摘自百度）。

conda的网址是：https://conda.io/miniconda.html

安装conda（以miniconda为例）

选择一个合适的版本，哦对了，conda分为anaconda和miniconda，我个人比价喜欢精简版的miniconda。

选好以后呢，就可以下载了，上代码：

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

下载完毕

之后赋予可执行权限进行安装即可：

chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #赋予可执行权限
./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #运行它

运行界面

出现这个界面以后按回车
一路回车后，出现下图则输入yes，然后回车

image.png

然后会出现这个页面，同样输入yes，回车

image.png

如果你之前安装过软件，出现这个请选择no，回车，否则conda会污染你的环境

选择no

此时安装成功：

安装成功

使用conda（以anaconda为例）

我们进入conda的bin文件下，我个人喜欢创建虚拟环境，把我某个项目的软件都放到这个环境里面
比方说我要创建一个rmats的虚拟环境

conda create -n rmats python=3.7 #指定python版本

这样的话我们就可以创建好环境了

image.png

我们进入envs里面就可以看到我们这个环境了

image.png

我们随后激活它，并安装相应软件

source activate rmats  #激活环境

conda install -y rMATS #安装rMATS这款软件

image.png

这样就安装好了

关于channel

我们知道conda下载是通过源来完成（可以简单理解为应用商店）
那么我们怎么添加呢？

conda config --add channels conda-forge # Lowest priority
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels r # Optional
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda 
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ # Anocanda清华镜像
conda config --add channels https://nanomirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ # 清华通道, 最高优先级
conda config --set show_channel_urls yes

然后看看添加channel的情况

# 显示已有的通道
conda config --get channels

比方说安装R

# Create a new conda environment called r,并且在里面安装anaconda
conda create -n r anaconda

# Switch to r environment
source activate r

# 在新环境里面安装R Installs R/这一步可以指定版本，详见在下面
conda install -c r r

# Install R kernel for IPython notebook
conda install -c r r-irkernel

# Install ggplot/安装R包示例
conda install -c https://conda.binstar.org/bokeh ggplot

# 最后退出新环境
source deactivate r

当然，我们还可以选择channel下载

conda search r-essentials

r-essentials                 1.0                    r3.2.1_0  r               
                             1.0                   r3.2.1_0a  r               
                             1.1                    r3.2.1_0  r               
                             1.1                    r3.2.2_0  r               
                             1.1                   r3.2.1_0a  r               
                             1.1                   r3.2.2_0a  r               
                             1.1                    r3.2.2_1  r               
                             1.1                   r3.2.2_1a  r               
                             1.4                           0  r               
                             1.4.1                  r3.3.1_0  r               
                             1.4.2                         0  r               
                             1.4.2                  r3.3.1_0  r               
                             1.4.3                  r3.3.1_0  r               
                             1.5.0                         0  r               
                             1.5.1                         0  r               
                             1.5.2                  r3.3.2_0  r               
                             1.5.2                  r3.4.1_0  r               
                             1.6.0                  r3.4.1_0  r               
                             1.0                    r3.2.1_0  defaults        
                             1.0                   r3.2.1_0a  defaults        
                             1.1                    r3.2.1_0  defaults        
                             1.1                    r3.2.2_0  defaults        
                             1.1                   r3.2.1_0a  defaults        
                             1.1                   r3.2.2_0a  defaults        
                             1.1                    r3.2.2_1  defaults        
                             1.1                   r3.2.2_1a  defaults        
                             1.4                           0  defaults        
                             1.4.1                  r3.3.1_0  defaults        
                             1.4.2                         0  defaults        
                             1.4.2                  r3.3.1_0  defaults        
                             1.4.3                  r3.3.1_0  defaults        
                             1.5.0                         0  defaults        
                             1.5.1                         0  defaults        
                             1.5.2                  r3.3.2_0  defaults        
                             1.5.2                  r3.4.1_0  defaults        
                             1.6.0                  r3.4.1_0  defaults        
                             1.5.2                  r3.3.2_0  conda-forge     
                             1.5.2                  r3.3.2_0  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 

安装R（指定版本）

conda install -c r -n r r-essentials=1.6.0

总结

关于conda几个常用命令

conda install  # 安装软件包
conda install numpy=1.7.2 # 安装特定版本的软件包
conda remove  # 移除软件包

参考 ：https://www.jianshu.com/p/a20bb8c0bc5c