2020-10-11 入门小组DAY3-三三

linux的软件安装

豆花寄语：学习Linux一定要抛弃图形界面的思维。Linux命令行中没有图形，没有窗口，没有双击，有的只是代码。

今日内容：

• 简单了解conda--“linux的应用商店”
• 给服务器下载conda（或精华版--miniconda）
• 安装和配置miniconda
• 【重点】使用miniconda：查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（生信需要的）软件（以fastqc为例）
• （选修）不同的生信实战项目，需要定制conda的分身

准备工作（按照教程逐步完成）

• miniconda的下载
  1. 百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站），进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
     会看到linux下面有64-bit（x86_64）、32-bit(x86)两种版本
  2. 接下来，查看服务器是多少位的：输入命令 uname -a
  3. 安装最新版本（latest）
  4. 右键-复制下载链接
• 登陆服务器，进入biosoft目录，没有就新建一个（输入时可以试试自动补全功能：键盘上的Q前面那个Tab键，在home目录下，打出cd b，按Tab就可以自动补齐。cd ~/biosoft）
• 用到wget命令：wget 刚才你复制的下载链接
• 关于linux的复制粘贴：选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴

• 清华镜像

  
  
  清华镜像

conda的使用

conda的使用.png

• 查看当前服务器上安装的所有软件列表：conda list
  
  conda list
• 搜索conda软件（以数据质控软件fastqc为例）：conda search fastqc
• 安装软件：conda install fastqc -y 【-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes】
  
  乱七八糟的安装
• 卸载软件：conda remove fastqc -y

选修部分——定制分身

• 什么叫conda环境

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？办法就是——分身：根据项目需要，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

• 先查看当前conda有哪些环境（前面带*的环境就是当前的默认环境）：conda info --envs
  

  查看conda有哪些环境

• 以处理转录组数据为例：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的)
  

  image.png

• 创建完之后再次查看一下conda环境：conda info --envs
  多了一个rna-seq，但是默认还是base
  

  image.png

• 激活新的conda环境：conda activate rna-seq
  这时，默认的*就会转移到rna-seq前面；另外会发现在用户名root前面出现了(rna-seq) ；接着输入fastqc试试，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了。（了解一下：其实这些是帮助信息，你只输入了一个软件名称，没有给他跟上操作对象，所以他不会执行命令，就给你显示帮助文档让你看看，提供下安全感而已。）
  

  image.png

• 如果要退出当前环境：conda deactivate

conda环境相关的代码【从yikedou同学的作业中复制的！！鞠躬感谢】

#创建环境
conda create -n QC python=3

#创建环境及安装软件一步完成
conda create -n QC python=3 fastqc  -y

#进入环境
conda activate QC

#删除环境
conda remove -n QC --all

#复制环境
conda create -n QC --clone QC_new