UniFrac distance

物种多样性的指标：
alpha diversity: 衡量一个集合体或一个环境中物种的多样性。
beta diversity:衡量群落之间的差别，是生态系之间的种的多样性。
gamma diversity: 一个环境中不同生态系的全部多样性的度量。

UniFrac 距离是beta diversity 的群落比较方法，主要是基于系统发生树比较，利用不同样品中OTU代表序列构建进化树，比较特定的进化谱系中是否有显著的微生物群落差异。对于系统发生树所有枝，考查其指向的叶节点是否只存在于同一个群落，那些叶节点只存在于同一群落的枝的枝长和，占整个树的枝长和的比例就是UniFrac距离。

UniFrac.png

weight UniFrac 不仅考虑生物群落的存在与否，还考虑其丰度。

参考文献：
1、UniFrac: a new phylogenetic method for comparing microbial communites.
2、http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101nlze.html