Windows安装Aspera和sratoolkit

放假返校发现NCBI的SRA数据库不能下载测序数据了，尝试使用EMBL的ENA数据库，但下载太慢。于是考虑使用传说中的传输神器Aspera

1 安装Aspera

1.1 安装谷歌访问助手插件

1.2 安装IBM Aspera connect插件

在谷歌应用商店，安装IBM Aspera connect插件，安装完成后，进入
https://downloads.asperasoft.com/connect2/

Fig1.PNG

1.3 安装IBM Aspera connect

1.4 添加环境变量

右击此电脑，属性，高级系统设置，环境变量，将Aspera的安装路径加入到系统变量中的Path，

Fig2.PNG

Fig3.PNG

1.5 测试

在命令提示符中输入ascp

测试.png

2 安装sratoolkit

2.1 下载sratoolkit

SRA Toolkit
下载windows版本的二进制包并解压。

2.2 添加环境变量

如图2和图3。注意添加环境变量时，bin末尾不能省略\。

2.3 测试

测试.png

编写脚本

cat SraAccList.txt | while read id;
do
prefetch -t ascp -a "C:\Users\admin\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera_Connect\bin\ascp.exe | C:\Users\admin\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera_Connect\etc\asperaweb_id_dsa.openssh" $id -O .\;
done

#######2022年6月26日更新

3 安装最新版的sratoolkit软件

下载

wget -c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.0/sratoolkit.3.0.0-win64.zip

解压，SHIFT+鼠标右键，在此处打开PowerShell窗口，
运行命令

D:\1软件\Windows\sratoolkit.3.0.0-win64\bin\vdb-config --interactive

PowerShell窗口.png

选择MAIN，CACHE，AWS，GCP，NET和TOOLS四个选项标量的字母可以转到对应的选项，
键盘点击“f”，Enter，“x”，Enter
参考：
https://www.jianshu.com/p/33915e2478b2

https://www.jianshu.com/p/e9f6e16e2c8a