BED 文件格式

BED 文件格式
BED (Browser Extensible Data)格式文件就是通过规定行的内容来展示注释信息.

• BED文件每行至少包括chrom，chromStart，chromEnd三列；另外还可以添加额外的9列，这些列的顺序是固定的。
• 在自定义BED文件时，前面可以有注释行，以“browser”或“track”开头，可以设置一些参数便于浏览器更好展示BED文件信息。但是，下游的一些分析工具，例如bedToBigBed，是不接受有注释的BED文件的。

BED文件必须的3列:

1. chrom - 染色体号; 例如，chr1，chrX，…
2. chromStart - feature在染色体上起始位置. 从0开始算，染色体上第一个碱基位置标记为0.
3. chromEnd - feature在染色体上终止位置。染色体上前100个碱基片段的位置位置标记为：chromStart=0, chromEnd=100。 实际上，第100个碱基不属于当前片段中，当前片段的碱基应该是0-99。所以在BED文件中，起始位置从0开始，终止位置从1开始。

BED文件可选的9列:

4. name - BED行名，在基因组浏览器左边显示；
5. score - 在基因组浏览器中显示的灰度设定，值介于0-1000；
   
6. strand - 正负链标记. Either “.” (=no strand) or “+” or “-”.
7. thickStart - feature起始位置(for example, the start codon in genedisplays)。 When there is no thick part, thickStart and thickEnd are usually set to the chromStart position.
8. thickEnd - feature编码终止位置 (for example the stop codon in gene displays).
9. itemRgb - R,G,B (e.g. 255,0,0)值，当itemRgb 设置为 “On”，BED的行会显示颜色.
10. blockCount - blocks (exons)数目.
11. blockSizes - blocks (exons)大小列表，逗号分隔，对应于blockCount.
12. blockStarts -blocks (exons)起始位置列表，逗号分隔，对应于blockCount.；这个起始位置是与chromStart的一个相对位置。