《武藏》主要讲的是，6年前舟岛决战后，逃过一劫的佐佐木小次郎再次找到了宫本武藏，想在宝莲寺一决胜负的故事。
岩流岛，古称小仓岛，是宫本武藏和佐佐木小次郎于庆长十七年（1612年）四月十三日的决斗之地，也是话剧「 武藏 ムサシ」的引子。
红日之下，浪声涛涛，高手相见，一招致命。
不过，不是那个人尽皆知的结局，有人救了小次郎。
两个人，都活了下来。
画面一转，清风坐竹林。
像是风把景吹成了形，宝莲寺的通廊亮相了。
宝莲寺，虽然只有前殿后院和这一条小小的通廊与磬，是山中最小最新的一座寺院，却聚集了泽庵宗彭大师，将军德川家政治顾问柳生宗矩，和鼎鼎大名的宫本武藏。坐在一边的，还有笔屋乙女小姐和木屋麻衣夫人。
年轻的住持正在感谢各位莅临小小的宝莲寺。感谢为宝莲寺日夜付出的武藏，他白天建设寺庙大小处，夜晚还不忘修改建筑图纸，看书练剑；感谢笔屋乙女，捐赠出了自家的竹林一隅；感谢木屋麻衣夫人，捐赠了寺院中所有的木材。
说到此处，忽闻得风吹草动，心思缜密的武藏迅速抽出了藏在各处的暗器，迎接未知的敌人。
全剧最晚出场的主角终于到位，佐佐木小次郎闻声而来，为了追逐这个令他蒙羞的武藏，他养伤一千日，刻苦一千日，而后又追逐两百日，终于在两千两百日后，获悉了武藏的踪迹。
终于，6年后，在宝莲寺中安静度日的武藏，与怒气冲天来寻仇的小次郎，如此相遇了。
之前看话剧名字是「 武藏 ムサシ」，以为多么严肃呢，看到此才发觉原来是喜剧。
相遇之时，两位大家的吐槽非常逗趣，这边吐槽小次郎的爱刀是晾衣杆，那边就说武藏背着光站，还拿了桨一般长的木刀作弊（而且那木刀还插在了海里藏起来一截）。小次郎的宣战书被大伙拿出来诵读，结果吐槽太多洋洋洒洒犹如长布条，惹得众人笑声四起。为了防止武藏再作弊，小次郎竟然提出了一个要求——他也要留宿于宝莲寺中。
佛家开光之际，原本就该劝解杀戮之事，于是约定三天后山顶决战前，刀剑都由寺院看管，大家心平气和住在寺院中参禅。
而后有趣的事就接连不断发生着。
柳生宗矩的柳生新阴流，倡导五人六脚的搞怪行为，以为可以增进彼此的情谊，希望武藏和小次郎能化干戈为玉帛。结果搞得各位都劈叉到累趴，却收效甚微。
同时，笔屋乙女家的父亲，在旅途中突然遭到恶人陷害身亡。乙女和家丁，还有木屋麻衣夫人，莽撞地冲进宝莲寺，抱着必死的信念想学习剑道，为父亲复仇。其中乙女有句台词特别可爱，大意是昨晚还在和麻衣夫人一起唱能乐「章鱼」的乙女显得非常岁月美好，今日却被命运反转了性情。“昨日的我安静如月，今天得知父亲遇害的我，复仇之火无法平息，炽烈如阳！”
特别喜欢铃木杏讲出“安静如月”这词的情景，联系剧情当场看的“笑果”真的很娇羞可爱。
一位好父亲，对孩子有爱，对家丁有恩，对曾是歌舞伎的麻衣夫人有尊重之情，如今却因品茶大赛第一的头衔而遇害。杀死笔屋当家的人，是在品茶大赛上永恒的第二名——没有尝出来自家乡的茶叶味道而再次败北的一位人士（抱歉忘记名字了）。
听到“第二名”这个词的时候，很明显就是隐射武藏和小次郎的关系，当时场下也是纷纷发笑了一阵。
而且乙女一个冲动，还学着小次郎早早就把超级长的宣战书给写好送上了人家的门，而且约的时间还正好也是三日后山顶上，跟武藏小次郎的决斗撞车了。
骑虎难下，不得不上啊。于是小次郎问明了三人的决意，开始教授他们剑道的步伐与招式。这里也是一串非常愉快的剧情，节奏带上后不仅是三人与小次郎在左右练习步伐，刚开始引得柳生宗矩大人也开始默默跟着走步，武藏也莫名其妙被带上了节奏跟着练习起来。武藏还很勉强的解释了下，“以后也是要收徒的，我先准备起来而已嘛！”于是剑道练习场成了探戈的乐园，氛围轻松又好笑。
跳完探戈，冷静下来的武藏嫌弃没有刀，于是上刀练习。武藏还吐槽了小次郎的优秀能力——一天就能从0教到好，太厉害了。小次郎质问武藏还能用什么招数，武藏说只管靠近敌人，出其不意攻其不备，一招出击即可。
这时敌人来到了寺院中打算迎战，说是要抢先机，因为送战书的先机被笔屋抢了。乙女按照武藏说的，靠近后趁机一击，把敌人的一只手臂砍了下来！瞬间吓坏了乙女，也想通了很多道理。乙女觉得冤冤相报何时了，这次复仇的火苗燃烧在了自己身上，杀了这位人士的话，下次就会燃烧到他的后辈身上，世代痛苦。哐当，乙女丢下了太刀，做回了“安静如月”的她。
可惜这样一场事故并没能让武藏和小次郎放下仇恨。
因为在坐禅，木屋麻衣夫人想起了自己的身世，说自己在寺院中做歌舞伎很苦，侍奉了一位大人物后生了一个儿子，却不想让儿子太辛苦，而狠心将儿子抛弃在寺院门前，自己则踏上了流浪歌舞伎之旅。每到一个地方，就换个名字叫，京阿弥，道阿弥的，十几个名字连着换。
说自己与儿子的信物是半块镜子，结果正巧与小次郎带着的半块镜子吻合。麻衣夫人还透露了大人物的身份是皇室，于是小次郎因自己是“皇室第18顺位继承人”这个惊天的好消息而吓坏了神，一蹶不振，浑浑噩噩躺倒了。发现端倪的武藏叫醒小次郎，让他仔细回忆错漏百出的麻衣夫人的故事，想让他清醒点别耽误明早的决斗。不过此刻的小次郎一直沉浸在18顺位的梗里，幻想着美好的未来。
小次郎终于认识到蹊跷的认亲事件的虚伪性后，决心面对战斗。武藏为了全身心战斗，还把碍事的大石碑摔下了山。
岂知，大石碑是个结界！所有一切都是结界内无法升天的魂灵杜撰出来的闹剧，这些魂灵想唤醒无畏丧命的人们珍惜生命，这样他们才能有升天的机会。
“无论是痛苦的一天，
无论是悲伤的一天，
无论是寂寞的一天，
都是活着的一天啊！
只要活着，就能感受到闪闪发光的生命的美好。”
在寺院中的每一件事，原来都事出有因——魂灵们想方设法让武藏和小次郎避免决斗，珍惜生的意义。
“武藏你以后准备干嘛？”
“找个偏僻的地方，种种田，活下去吧！”
结尾处，真正的宝莲寺出现了，住持一如既往的在宣读，“宝莲寺，是山中最小最新的一座寺院……”