ubuntu 下非root权限安装perl模块

Ubuntu20.04亦可用，检测日期2021-02-27
转载自如何安装perl模块 -

由于生物信息早期最多用的语言是perl，因此不可避免就要用别人的perl脚本或者基于perl的项目来处理数据。

使用perl脚本和使用其他编程语言的脚本没啥不同，毕竟你只要传入参数，它就能给你结果。因此对于我们这些不用perl写脚本，只需要调用的人而言，唯一要学会的事情就是“如何安装perl的模块”。

关于perl模块安装，最古老的方法就是使用perl -MCPAN -e shell或者是cpan（两者等价），这也是我最先接触的方法。这里介绍如何使用local::lib和cpanm实现非root权限安装perl模块。

使用系统自带的perl

安装任何软件最怕遇到的问题就是权限问题，因此我们需要先安装local::lib，使得我们能够将perl模块安装到任何地方，简单的说就是安装到我们的家目录下

第一步，下载源代码进行编译安装

   wget https://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000029.tar.gz 
   tar xf local-lib-2.000029.tar.gz
  cd local-lib-2.000029
  perl Makefile.PL --bootstrap=~/opt
  make test && make install

第二步：设置环境变量，使得perl在安装模块的时候会优先使用我们指定的路径

  echo 'eval "$(perl -I$HOME/opt/lib/perl5 -Mlocal::lib=$HOME/opt)"' >> ~/.bashrc

先用

perl -I$HOME/opt/lib/perl5 -Mlocal::lib=$HOME/opt

表示运行前先添加$HOME/opt/lib/perl5到自己的搜索路径@INC中，然后传入参数$HOME/opt执行模块local::lob，这个模块的执行结果会输出如下内容

  PATH="/home/polya/opt/bin${PATH:+:${PATH}}"; export PATH;
  PERL5LIB="/home/polya/opt/lib/perl5${PERL5LIB:+:${PERL5LIB}}"; export PERL5LIB;
  PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/home/polya/opt${PERL_LOCAL_LIB_ROOT:+:${PERL_LOCAL_LIB_ROOT}}"; export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
  PERL_MB_OPT="--install_base \"/home/polya/opt\""; export PERL_MB_OPT; 
  PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/home/polya/opt"; export PERL_MM_OPT;

这些就作为eval的参数进行执行，也就是说你重启终端后后，PERL5LIB PERL_LOCAL_LIB_ROOT,PERL_MB_OPT,PERL_MM_OPT这几个变量就会重新设置，以此保证你后续安装perl模块时，会优先安装到自己的选择的目录

退出terminal,重新打开

第三步：安装cpanm. 由于之前已经配置了local::lib，因此perl编译的工具都会默认安装到~/opt目录下

  wget https://cpan.metacpan.org/authors/id/M/MI/MIYAGAWA/App-cpanminus-1.7046.tar.gz
  tar xf App-cpanminus-1.7046.tar.gz
  cd App-cpanminus-1.7046
  perl Makefile.PL
  make test && make install

第四步：使用国内镜像提高下载速度，可以通过别名的方式实现

  echo 'alias cpanm="cpanm --mirror http://mirrors.163.com/cpan --mirror-only"' >>~/.bashrc

之后便可以使用cpanm Module::Name安装任意的软件了。
本实验室成员可以直接安装关联软件：

cpanm List::MoreUtils
sudo apt-get install libexpat1-dev 
cpanm XML::Parser 
cpanm XML::Simple
cpanm Time::Local
cpanm DBI
cpanm DBD::mysql

如果以前已经安装过多个Perl版本，要永久更改INC
可以使用如下：

export PERL5LIB=/home/polya/opt/perl5:/home/polya/opt/lib/perl5/x86_64-linux-gnu-thread-multi