Python自动进行卡方检验、校正卡方检验和fisher确切概率法

将高血压患者随机分为2组
一组入组16人，使用A药治疗
二组入组6人，使用B药治疗
总共治疗时间为30天

于第31天评估血压达标率

若第31天的血压＜140/90，则为血压达标

某组的血压达标率定义为第31天的血压＜140/90的人数/该组入组的总人数

试比较两组的血压达标率

方法如下

1、以xlsx格式将数据整理为以下形式，其
中0定义为血压不达标，而1定义为血压达标

   group  result
      A       0
      A       0
      A       0
      A       0
      A       0
      A       0
      A       1
      A       1
      A       1
      A       1
      A       1
      A       1
      A       1
      A       1
      A       1
      A       1
      B       0
      B       0
      B       0
      B       0
      B       1
      B       1

2、根据该数据所在的实际目录位置修改第2行的代码

import pandas as pd
df = pd.read_excel(r"")#######修改

from scipy.stats import chi2_contingency,fisher_exact
from itertools import chain

def chi2_fisher(y,x,df): # chi2_fisher(y和x都是分类变量的列名, df是数据框名)，例如chi2_fisher('group','result', df)   
    print("==============================================================================")
    A = pd.crosstab(df[y], df[x])   
    A_list = A.values.flatten().tolist()
    n = sum(A_list)
    print(f"实际频数（A）表为：n={n}\n{A}\n")
    
    
    chi2, P, f, T = chi2_contingency(A, correction = False) 
    T_list = list(chain(*T))
    print(f"理论频数（T）表为：\n{T}\n")   
    if n>=40 and all(i > 5 for i in T_list): 
        print('普通χ²检验（n≥40 & 所有T>5）：correction= False',
              "\nχ²=", chi2, 
              "\nP=", P, 
              "\n自由度=", f)
    elif (n<40 or any(i < 1 for i in T_list)) and df[y].nunique()==2 and  df[x].nunique()==2: # df必须是2*2！！！
        oddsratio, P = fisher_exact(A)
        print('fisher确切概率必须2*2（n<40 | 有T<1）：',
              "\noddsratio=", oddsratio,
              "\nP=", P)
    else:                
        chi2, P, f, T = chi2_contingency(A, correction = True) 
        print('校正χ²检验（n≥40 但 1≤T<5）：correction= True',
              "\nχ²=", chi2, 
              "\nP=", P, 
              "\n自由度=", f)
        
    str(A.columns)        
    A[f'{A.columns[1]}/({A.columns[0]}+{A.columns[1]})'] = A.apply(lambda x: x[A.columns[1]]/(x[A.columns[0]]+x[A.columns[1]]),axis=1)           
    print(f'\n{A}')
    print("==============================================================================")

chi2_fisher('group','result', df) # 修改

3、随后运行这一程序便可以自动进行χ²检验、校正χ²检验、fisher确切概率法。

这一程序可以自动进行χ²检验、校正χ²检验、fisher确切概率法，成功运行这一程序的注意要点有：
1、原数据必须为清洁格式，即
每一列是一个变量
每一行是一个观测
每个单元格是变量的一个值

2、函数pd.read_excel()的参数取值需与xlsx文件所在的实际目录位置保持一致

3、自定义函数chi2_fisher(y,x)的参数y和x的取值，需与原数据的列名保持一致