clusterProfiler挑选背景集做GO富集

我们一般在利用clusterProfiler做GO富集的时候,往往都是默认用全部基因集去当背景集去做的,由于富集分析的假设检验利用的是fisher检验,传送门:fisher检验

因此,我们利用GO函数:

ego <- enrichGO(
          gene  = gene$entrzID,
          keyType = "ENTREZID", 
          universe = names(geneList), #背景基因集
          OrgDb   = org.Hs.eg.db,
          ont     = "CC",
          pAdjustMethod = "BH",
          pvalueCutoff  = 0.01,
          qvalueCutoff  = 0.05,
          readable      = TRUE)

利用参数universe来指定背景集的基因,如果没加则代表默认采用全部基因作为背景集

参考:https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/12159139.html

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