在线作图|如何在线画一张精美的和弦图

Q1:什么是和弦图

和弦图(chord Diagram),是一种显示矩阵中数据间相互关系的可视化方法,节点数据沿圆周径向排列,节点之间使用带权重(有宽度)的弧线链接,节点权重决定节点大小,又决定节点位置,同时和弦图的连线使用源权重和目标权重控制线宽,粗细非均匀,而且和弦图的节点宽度为连线宽度之和,节点处的连线平铺不重叠。在微生物研究中,物种与样本关系的和弦图,圆圈一边为物种名,另一边为样品名,各用不同颜色表示。物种丰度以百分比展示。连线表示某样本存在某物种,线段越粗,该物种含量越丰富。

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Q2:如何在线绘制和弦图?

云图图(www.cloudtutu.com),操作步骤如下:
①登录网址:https://www.cloudtutu.com/#/index(推荐使用360或者谷歌浏览器)
②输入用户名和密码(小编已经为大家填好了,如果不显示可添加文末二维码添加小编获取),输入验证码后即可登录,不必注册,直接使用,不必担心隐私泄露,是不是诚意满满~
③登录后在工具一栏(全部分析)里找到和弦图,点击进入;
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作,即可在2分钟内获得一张精美的和弦图。

step 01 上传文件
※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理,但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据,以便机器可以识别)
a)准备一个数据矩阵(形式请参照示例数据,如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵等等);
b)表格需要带表头和列名,每一列为样本名,每一行为各种指标数据名,例如OTU,基因ID、代谢物名称等;
c)请提交txt(制表符分隔)文本文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。

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step 02 参数设置
2.1 绘制数量:显示参与绘图的指标的个数,样品数目不变,可以选择图中指标的个数。
2.2 是否显示定向:选择是后,图中指标内圈中会出现对应的分组颜色
2.3 间距:圆周上各线段之间的空隙。
2.4 筛选样本:按需选择要作图的样本(如无需要可以不填)
2.5 筛选显示种类:按需选择要显示的元素(如无需要可以不填)

step 03 下载文件
点击“运行”开始作图,点击“下载”保存PDF格式的矢量图。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。

step 04 作图后处理
TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。

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