预印 | 猪肠道>25000 MAGs分析揭示了断奶后微生物组组成和代谢的变化

文章信息：

文章：Post-weaning shifts in microbiome composition and metabolism revealed by over 25,000 pig gut metagenome assembled genomes
标题：超25000猪肠道宏基因组组装基因组分析揭示了断奶后微生物组组成和代谢的变化
杂志：BioRxiv
时间：2020

摘要：

利用先前描述的包含270亿reads的宏基因组数据集，我们重建了50,000多个居住在猪肠道微生物的宏基因组组装基因组(MAGs)，其中46.5%基因组被完成度>70%，污染率小于10%，24.4%几乎是完整基因组。我们用time-series样本描述了这些MAGs的产生并分析。在断奶后的几周内，仔猪肠道微生物群落似乎遵循高度结构化的发展计划，这种发展对包括肌肉注射抗生素治疗和两种益生菌治疗在内的治疗都是强劲的。我们获得的高分辨率使我们能够识别出断奶后微生物群发展的特异性分类“特征”。此外，我们还鉴定了猪肠道内微生物的碳水化合物组成，鉴定出294种碳水化合物活性酶。我们跟踪了这些酶的丰度随时间的变化，并确定了在其MAGs中携带这些酶的物种和更高水平的分类群，提高了通过量身定制的碳水化合物底物来修改仔猪微生物组的可能性。

数据：PRJNA526405，921头猪，4513份样品猪肠道宏基因组测序数据

MAG分析流程：

PCA展示形式：