时三王久幽，不知所为，湘东王彧主衣会稽阮佃夫、内监吴兴王道隆、学官令临淮李道儿与直阁将军柳光世，及帝左右琅邪淳于文和祖等阴谋弑帝。
当初，废帝杀了很多文武官属，所以，害怕臣属们谋害自己，又因为直将军宗越、谭金、童太一、沈攸之等人武勇有力，就把他们提拔起来做自己的爪牙，赏赐的美女、金帛，塞满他们家宅。宗越等人在朝廷保护废帝已有很长时间，大家都很畏服，他们也为废帝尽心尽力。废帝依仗他们更加无所忌惮、有恃无恐、无所不为，使宫内外人心为之骚动。左右的宿卫将士也都有背叛之心，只是害怕宗越等人，所以没敢发动。此时，三王被幽禁已久，不知道如何是好。湘东王刘彧的主衣会稽人阮佃夫、内监始兴人王道隆、学官令临淮人李道儿，同直将军柳光世以及废帝侍从、琅邪人淳于文祖等一起图谋杀废帝。废帝因为册封皇后的缘故，就调各王府宦官入宫帮忙。刘彧的侍从钱蓝生也在其中，刘彧就暗中命钱蓝生观察废帝的动静。
在这之前，废帝出游华林园竹林堂时，命令宫女赤裸身体相互追逐、戏笑，有一宫女拒不从命，就杀了她。夜里，废帝做梦，梦见自己在竹林堂，有一个女子骂他说：“你悖逆不道，活不到明年小麦成熟的时候。”于是，废帝在宫崐中找到一个和自己梦中所见模样相仿的人杀了。夜里，又梦见了所杀的女子骂他：“我已经向上天控诉你了！”于是，巫师巫婆们都说竹林堂里有鬼。这天中午过后，废帝从华林园出来，建安王刘休仁、山阳王刘休和会稽公主都跟在他左右，湘东王刘彧一人在秘书省里，未被征召，他心里越发担忧恐惧。
废帝一向讨厌寿寂之，一见他便常常恨得咬牙切齿。阮佃夫把密谋告诉了寿寂之和朱幼、姜产之、王敬则、戴明宝等人。他们一听，全都响应。此时，废帝正打算南巡，他的心腹宗越等人也回家准备行装，只有樊僧整驻守在华林阁。柳光世和樊僧整是同乡，所以柳光世就偷偷劝樊僧整参加行动，樊僧整一口答应下来。这天晚上，废帝驱赶所有的侍从、卫士和一群女巫，在竹林堂射鬼。射杀完毕，准备演奏舞乐，寿寂之抽刀来到废帝面前，姜产之跟在寿寂之后面。废帝看见寿寂之突然来到，就开弓箭射向寿寂之，但没射中，宫女们全都向外逃散，废帝也跟着逃，大呼三声“寂寂”。寿寂之追上杀了他，然后就向宿卫宣布："湘东王接受太皇太后的命令，铲除发狂的主上，现在动乱已平定。”殿省内的人，上上下下无不惶恐迷惑，不知该干什么。
刘休仁跑到秘书省看见了湘东王刘彧，一见刘彧就称臣，接着就把刘彧拉到了西堂，登上皇帝座位，立即召见各位大臣。因为这件事来得太突然了，以至于刘彧连鞋都不知丢在哪儿，只好光着脚来到西堂，刘彧的头上还仍然戴着一顶黑帽。等他坐定后，刘休仁立刻喊主衣换一顶白帽给刘彧戴上。刘休仁又下令准备好羽林仪仗队，虽然刘彧还没有登基即位，但所有的事情都用命令方式执行。接着，就开始宣称奉太皇太后令，列举废帝的罪行，命令湘东王刘彧继承帝位。等到天明，宗越等人才进宫。湘东王刘彧对他们好言安抚、极为宽厚。废帝的同母弟弟、司徒、扬州刺史、豫章王刘子尚，顽劣残暴，很有他哥哥的风气。己未（三十日），刘彧又以太皇太后的名义，赐刘子尚和会稽公主刘楚玉自杀。建安王刘休仁等这才得以出宫，回到了自己的家。刘彧又下令把在狱中的谢庄释放。废帝的尸体仍然放在太医阁前。于是，蔡兴宗就对尚书右仆射王说：“此人虽然凶残暴虐，也还是做过天下之主，应该为他举行个简单的葬礼。如果一直这样放着，四海之内肯定会投机者趁机起事。”于是，就将废帝葬在秣陵县南部。
当初，湘东王刘彧的母亲沈婕妤死得早，路太后抚养了刘彧。刘彧对路太崐后也很恭谨小心，所以路太后也很疼爱他。刘彧杀了废帝，打算安慰路太后的心，下令任命路太后的侄儿路休之为黄门侍郎，路茂之为中书侍郎。大事告成后，开始论功行赏，寿寂之等十四个人都分别被封为县侯、县子。
十二月，庚申朔（初一），任命东海王刘祎为中书监、太尉，提升镇军将军、江州刺史、晋安王刘子勋为车骑将军、开府仪同三司。癸亥（初四），任命建安王刘休仁为司徒、尚书令和扬州刺史，山阳王刘休为荆州刺史，任命桂阳王刘休范为南徐州刺史。乙丑（初六），改封安陆王刘子绥为江夏王。
丙寅（初七），湘东王刘彧登基即位，宣布大赦，改年号。废帝制定的一些荒唐的法规和封赏全都废除。
庚午（十一日），刘宋明帝任命右卫将军刘道隆为中护军。刘道隆过去受废帝宠信，曾经奉废帝之命奸淫过建安王刘休仁的母亲。到了这时，建安王刘休仁看见刘道隆又继续升迁，就请求辞职，于是，明帝命刘道隆自杀。
宗越、谭金、童太一等人虽然已被明帝抚慰，可是，他们内心仍是惴惴不安。明帝也不想让他们继续呆在宫里，就大大方方地问他们：“你们遇到这样凶狠残暴的皇帝，辛苦这么久了，应该有个休养的地方。国内实力强盛的大郡，由你们随便选择。”宗越等人已疑心自身难保，听完刘彧的话，几个人都是面面相视、大惊失色，所以，他们就在一块筹划，制造叛乱。然后把他们的计划告诉了沈攸之。沈攸之听后，立刻报告了朝廷。于是，明帝下令逮捕宗越等人，投入狱中处死。而沈攸之却重新被召入任直将军。
江州官员得到明帝下达的命令后，都很高兴，一起去造访邓琬说：“暴君已被铲除，殿下又开黄，这实在是件公私都该庆祝的事。”邓琬却认为，晋安王刘子勋在兄弟排行中是老三，而寻阳起兵，和孝武帝刘骏当初的情形是一样的，肯定大事一定成功。所以，他就拿过刘彧的命令扔在地上说：“殿下应该打开端门，黄阁是我们的事。”众人一听，大吃一惊。邓琬更加积极地和陶亮整治武器铠甲，向四方征兵。
袁顗到了襄阳后，就立刻同谘议参军刘胡一起整治修缮兵器，招兵买马，谎称奉太皇太后的命令，让大家起兵反叛。接着就竖起了大旗，急传文告，向各州郡发出檄文；又表奏刘子勋，劝说他登基称帝。
在这以前，废帝曾任命邵陵王刘子元为湘州刺史，中兵参军沈仲玉为道路行事，等他们走到鹊头时，听说寻阳已起兵反叛，就不敢再往前走了。邓琬派几百士卒去劫持，邓琬又让刘子勋在桑尾竖起大旗，把檄文送交到建康，声称：“我立志遵奉传统，罢黜愚昧，拥戴贤明。”又骂明帝“你假传太皇太后命令，害死至亲道德高尚的人，篡夺了皇帝的宝座，违背祖宗，孤立兄弟。我们兄弟虽然弱小，可还有十三个人，祖宗的圣魂有什么过失，而竟要断绝他们的祭享？”
郢州刺史、安陆王刘子绥接到刘子勋第一次发来的文告时，打算进攻废帝。不久，他听说废帝已死，也就下令解除武装，停止招兵买马。不久又听说江州、雍州还要打仗，所以，郢州行事荀卞之大为恐惧，就派遣谘议、领中兵参军郑景玄率领众军迅速赶来，并运送军用粮秣。荆州行事孔道存拥奉刺史、临海王刘子顼，会稽将佐拥奉太守、寻阳王刘子房，全都起兵响应刘子勋。
癸巳（初五），刘宋明帝刘征召会稽太守寻阳王刘子房任抚军将军，命巴陵王刘休若接替刘子房的职位。
甲午（初六），刘宋朝廷内外戒严。任命司徒建安王刘休仁为都督征讨诸军事，命车骑将军、江州刺史王玄谟做他的副手。刘休仁驻军南州，任命沈攸之为寻阳太守，带兵驻扎虎槛。当时，王玄谟大军还没有出发，前锋部队共十路兵马，络绎相继到达前线。每天晚上，各军营用自己的号令，谁也不听谁的。沈攸之对名将领说：“现在各军营的号令不同，如果有农夫、渔夫夜里互相喊叫呵叱，便可能引起军中的惊骇，发生混乱，这是取败之道。我建议以一个军营的号令作为全军的号令。”众将领都同意。
邓琬以上天显示的种种祥瑞为借口，诈称接到路太后的密诏，率领各将领、僚佐等向晋安王刘子勋奉上皇帝尊号。乙未（初七），刘子勋在寻阳登基称帝，改年号为义嘉。任命安陆王刘子绥为司徒、扬州刺史，寻阳王刘子房、临海王刘子顼，都加封为开府仪同三司，还任命邓琬为尚书右仆射，张悦为吏部尚书，加封袁顗为尚书左仆射。其他各将领、僚佐以及各州郡等地方长官，按等级进官加爵。
丙申（初八），明帝任命征虏司马申令孙为徐州刺史。申令孙是申坦的儿子。在义阳建立司州府，提升义阳内史庞孟虬为司州刺史。
徐州刺史薛安都，冀州刺史清河人崔道固，都起兵响应寻阳的刘子勋。明帝向青州刺史沈文秀征兵，沈文秀派遣他的将领刘弥之等率军南下，增援建康。正巧，薛安都派人邀请沈文秀拥护刘子勋，沈文秀于是改命刘弥之中途去薛安都那里待命。济阴太守申阐据守睢陵，效忠建康朝廷。薛安都派遣他的侄儿直将军薛索儿和太原太守清河人傅灵越等攻打申阐。申阐是申令孙的弟弟。薛安都的女婿裴祖隆驻守下邳，刘弥之到达下邳后，带着他的部众，效忠于建康朝廷，袭击裴祖隆。裴祖隆战败，会同征北参军垣崇祖逃到彭城。垣崇祖是垣护之的侄儿。
刘弥之的同族人北海太守刘怀恭、侄儿刘善明都起兵响应刘弥之。薛索儿知道后，放弃对睢陵的攻击，发兵转攻刘弥之。刘弥之战败，逃到北海据守。申令孙进据淮阳，请求薛索儿允许他投降。庞孟虬也背叛了朝廷，起兵响应寻阳刘子勋。
明帝征召寻阳王长史、代理会稽郡事孔觊为太子詹事，另派平西司马庾业接替孔觊的职位，又派都水使者孔璪到东方各郡慰劳。孔璪反而游说孔觊：“建康力量虚弱，不如以所管辖的东方五个郡来响应袁顗、邓琬。”孔觊遂下令起兵，宣布拥护刘子勋。一时间，吴郡太守顾琛、吴兴太守王昙生、义兴太守刘延熙、晋陵太守袁标都占据郡城响应孔觊，拥护寻阳政权。明帝又命庾业接替刘延熙为义兴太守，庾业走至长塘湖，却与刘延熙联合，反叛朝廷。
益州刺史萧惠开，听到晋安王刘子勋起兵，召集将领，对他们说：“湘东王是太祖的儿子，晋安王是世祖的儿子，无论哪一个继承皇位，都没什么不合法的。刘子业虽然昏暴，却是世祖的后嗣，他虽不能继续主持国事，却还有很多弟弟。我受世祖的恩宠，应当遵奉晋安王刘子勋。”于是就派遣巴郡太守费欣寿带领五千人顺江东下。这时，湘州行事何慧文、广州刺史袁昙远、梁州刺史柳元怙、山阳太守程天祚都起兵拥护刘子勋。柳元怙是柳元景的堂兄。
这一年，各地的贡品和报告都送往寻阳。建康朝廷的势力范围，只剩下丹杨、淮南等几个郡，而这几个郡中又有很多县起兵响应刘子勋，东线的反朝廷军队已到达永世。建康朝廷惊恐危急。明帝召集群臣讨论国家的安危。蔡兴宗说：“当今之时，几乎举国一起反叛，我们应该镇静，以诚待人。叛臣的亲戚，很多在宫廷或朝廷任职，如果绳之以法，我们就会立刻土崩瓦解。应该强调父子兄弟之间，犯罪互不株连的大义，民心安定之后，将士才能有斗志。朝廷的六军精练勇猛，武器犀利，用来对付那些没有经过训练的叛乱部队，形势相差很多，请陛下不要忧虑。”明帝认为他的分析有理。
建武司马刘顺劝说豫州刺史殷琰，让他响应寻阳政权。殷琰因家人都在建康，没有答应。右卫将军柳光世从朝廷逃出来，投奔彭城，路过寿阳，他说建康一定保不住。殷琰相信他的判断，而且，殷琰一向没有自己的部队，受到当地的豪族、前任右军参军杜叔宝等人的挟持，不得已归顺刘子勋。殷琰任命杜叔宝为长史，里里外外一切军事要事，都由杜叔宝独断专行。明帝对蔡兴宗说：“各地的叛乱，还没有平息，殷琰又起兵附逆，近日来民心如何？事情能够成功吗？”蔡兴宗说：“谁是叛逆，谁是正统，我不必分辨。现在，交通中断，商旅绝迹。可是粮食积存丰富，米价便宜。四面八方风起云涌，而民心反而更加安定。由此看来，动乱一定可以平息。我所担忧的不是眼前，而是未来，正象羊祜所说的：‘既平之后，方当劳圣虑耳。”上曰：“诚如卿言。”明帝知道殷琰归附寻阳政权，并非本意，于是对殷琰留在建康的家人特别安抚厚待，招引他重新归顺。
汝南、新蔡二郡太守周矜，在悬瓠起兵宣布效忠建康。袁顗引诱周矜的司马、汝南人常珍奇活捉周矜，将其斩首。于是任命常珍奇接任太守。
明帝派冗从仆射垣荣祖回徐州游说薛安都。薛安都说：“如今，建康势力范围，不到百里地，无论攻城还是野战，我们都可以在拍手大笑中取胜。并且，我不想辜负孝武皇帝。”垣荣祖说：“孝武皇帝的行为，足以为他的后代留下祸殃。现在虽然天下响应，不过是加快灭亡的速度，不可能有什么作为。”薛安都不接受，反而留下垣荣祖任职。垣荣祖是垣崇祖的堂哥。
兖州刺史殷孝祖的外甥任司法参军的葛僧韶，请求明帝征召殷孝祖来京朝见，明帝派葛僧韶前往。当时，薛索儿驻军各渡口和各要道，葛僧韶绕小路北上，才得以到达，游说殷孝祖说：“刘子业凶暴疯狂，自从开天辟地以来，从未有过。朝野面临崩溃，人人生命危在旦夕。主上翦险凶暴，重建天下。国家混乱，朝廷危急，应该拥护年长者为君王。想不到一群糊涂虫互相煽动，无缘无故地制造事端，利用晋安王的年幼无知，各人有各人的打算。假使上天帮助叛逆，这些坏蛋如愿以偿，而主上年幼，时势艰难，权柄不能集中，兵变事变不断发生，天下之大，岂有容身之地！舅父自小就有建功立业的大志，如能率领济水一带的义勇将士，回京保卫朝廷，不但可以扶助君王平定叛乱，而且可以名垂青史。”殷孝祖详细询问了朝廷的情况，葛僧韶随机应变，陈述士卒强壮，武器精良，明帝准备任命他为前锋总领。殷孝祖当天就把妻子儿女留在瑕丘，率文武官员及士卒两千人，随同葛僧韶返回建康。此时，所有的郡县都归附寻阳政权，朝廷所保留的仅丹杨一郡。而永世县令孔景宜，也在这时背叛。义兴叛军将到达延陵，建康内外忧虑惊恐，民心瓦解，大家都想逃走。正在此时，殷孝祖忽然到达，部队浩浩荡荡，而且都是北方及荆州的精壮战士，人心大为安定。甲辰（十六日），明帝提升殷孝祖为抚军将军、持节、都督前锋诸军事。派他进驻虎槛，恩庞赏赐十分优厚。
丙午（十八日），明帝亲自统率全军到中堂驻扎。辛亥（二十三日），任命山阳王刘休为豫州刺史，指挥辅国将军彭城人刘、宁朔将军广陵人崐吕安国等各路人马，向西讨伐殷琰。命令巴陵王刘休若指挥建威将军吴兴人沈怀明、尚书张永、辅国将军萧道成等各路人马，向东讨伐孔觊。当时，建康的许多将领是东方各郡人士，父子兄弟全都投靠了孔觊。明帝因此在送他们出征时，向全军宣布说：“朕正在推行皇家恩德，减轻刑罚，使父子兄弟之间的罪行，互不株连，无论顺从或叛逆者，都以他自己的行为作判断标准。你们要深刻理解朕的用意，不要替亲戚担忧。”军心为此欢欣鼓舞，凡是叛党留在建康的亲属，都让他们像过去那样，保持原来的官职。
孔觊派他的将领孙昙等驻军晋陵九里，军容盛大。建康将领沈怀明抵达奔牛，率领的军队人数既少，战斗力又不强，只好修筑堡垒固守。尚书张永前进到曲阿，不知道前方的沈怀明胜败如何，不敢再进，而民心又惶恐，张永于是便退回延陵，与巴陵王刘休若会师，所有将领都劝刘休若撤退到破冈据守。这天，天气严寒，狂风卷起大雪，很多池塘堤岸崩裂，军心动摇。刘休若下令：“有敢说撤退者，斩首。”军心才稍稍安定，于是开始兴筑营垒，士卒得以解甲休息。不久，接到沈怀明报告，知道敌人仍然停止不前，而带兵将领刘亮又前来增援，兵力转强，人心终于安定。刘亮是刘怀慎的侄孙。
殿中御史吴喜，原来是世祖孝武帝的主书，逐渐升到河东太守之职。到了这时，请求调给他精锐部队三百人，到东战场去效命。明帝暂时任命吴喜为建武将军，在羽林禁卫军中挑选勇士配备给他。有人认为：“吴喜是个拿笔杆子的文官，从来没有当过将领，不可派他作战。”中书舍人巢尚之说：“当年，吴喜曾跟随沈庆之，屡次出征，性情勇敢果决，见惯疆场阵战，如果能起用他，一定会有战绩，大家议论纷纷，都是由于不识人才。”于是命吴喜出发。吴喜过去曾任过朝廷的使节，多次去过东方吴地。他性情宽厚，所到过的地方，人民对他都很怀念，因此，老百姓听到他来，都闻风归顺或者逃散，所以吴喜所到之处，总能战胜，传出捷报。
永世人徐崇之攻打孔景宣，并杀了他，吴喜任命徐崇之代理永世县令。吴喜抵达国山，遇到东战场的叛军，进攻并把敌人打得大败。吴喜于是又从国山推进到吴城驻扎，叛军刘延熙派他的将领杨玄等抵抗，吴喜兵力较弱，杨玄兵力强大，吴喜奋勇攻击，杀了杨玄，进逼义兴。刘延熙立木栅拒马，阻断长桥，自保郡城。吴喜兴筑营垒，同刘延熙对峙。
寻阳政权的庾业，在长塘湖夹湖口两岸修筑城堡，部队有七千人，与刘延熙遥相呼应。建康将领沈怀明、张永与据守晋陵的东战场叛军正面对峙，很长时间不能决出胜负。皇宫外监朱幼推荐司徒参军督护任农夫，说他骁勇胆大，又有臂力。明帝配给他四百人，让他增援东战场。任农夫自延陵出发，攻击长塘湖崐，庾业筑城还没有完工，任农夫率军急行挺进，猛烈攻击，大破庾业军。庾业放弃城堡，逃回义兴。任农夫接收遗留下来的武器、船只，向义兴进军，增援吴喜。二月，己未朔（初一），吴喜渡过荆溪，攻打义兴城池，同时派出军队，分别攻打其他营垒。吴喜站在高处挥动小旗发令，像是指挥很多军队同时进攻的样子。义兴城叛军大为恐惧，各营垒霎时崩溃，刘延熙投河自杀，吴喜于是攻克义兴。
沈怀明、张永、萧道成等驻防九里以西的地方，与东战场叛军相互僵持。叛军听到义兴战败，上下都非常惊恐。明帝派遣积射将军济阳人江方兴、御史王道隆前往晋陵，视察东战场形势。叛军首领孔觊的部将孙昙、程宗修筑五个城堡，互相连接。程宗城堡的泥土还没有凝固的时候，王道隆与各位将领谋划说：“程宗的城堡尚未完成，眼下正是下手的良机，上符皇上的意旨，下振众人士气。”辛酉（初三），王道隆率各将领发动急攻，攻克城堡，杀了程宗。张永等乘胜进攻孙昙等。壬戌（初四），孙昙等大败，与晋陵袁标一起弃城逃跑。于是晋陵被攻克。
吴喜进军到义乡。叛军孔璪驻防吴兴南亭，吴兴太守王昙生到孔璪处商讨事情。孔璪听说建康官军已经逼近，十分恐惧，从床上跌下来，说：“他们悬赏捉拿的就是我，今天再不逃走，无疑将被他们活捉。”于是，与王昙生放弃城池，投奔钱唐。吴喜于是进入吴兴。任农夫率军进攻吴郡，顾琛也弃郡投奔会稽。明帝因四郡都已平定，才命吴喜率领沈怀明等诸将领继续东征，攻打会稽，命张永等北上，攻打彭城；命江方兴等南下，攻打寻阳。
明帝任命吏部尚书蔡兴宗为左仆射，侍中褚渊为吏部尚书。
丁卯（初九），吴喜率军到达钱唐，叛军孔璪、王昙生逃往浙东。吴喜派强弩将军任农夫等，率军进攻黄山浦，叛军沿岸安营扎寨，任农夫等都一一攻克，打败了叛军。吴喜自柳浦渡口进军，攻下西陵，斩庾业。会稽人心恐慌，将领士卒大多逃亡，孔觊不能制止。戊寅（二十日），上虞县令王晏起兵攻击郡城，孔觊逃往嵴山，他的部下车骑从事中郎张绥，查封州府及仓库，等待吴喜。己卯（二十一日），王晏先行入城，杀张绥，在王府别墅中逮捕寻阳王刘子房，然后放纵士兵，大肆抢劫，官府仓库全被抢空。抓获孔璪，斩首。庚辰（二十二日），嵴山村民捆绑住孔觊，送给王晏。王晏对他说：“这次背叛朝廷，都是孔璪一个人策划的，与你并不相干，只要你写一份自首状书，我当替你向上面申诉。”孔觊说：“东战场发号施令，都由我一人作主，把责任推给别人，自己求得活命，那是你这种人才做得出来的。”王晏于是斩孔觊。顾琛、王昙生、袁标等人都向吴喜投降，请求处分，吴喜都予以宽大处理。东战场叛军军官共七十六人，作战阵亡的有十七人，其他的人都得到宽恕。
薛索儿围攻申阐，很久没有攻克。薛索儿派申令孙入城说服申阐，申阐出来投降。薛索儿把申令孙、申阐一并杀掉。山阳王刘休，驻防历阳，辅国将军刘进军小岘。叛军殷琰委任的南汝阴太守裴季之，献出合肥，投降建康朝廷。
邓琬性情昏庸，人品卑劣，贪财而又吝啬。掌握大权之后，父子二人卖官鬻爵，派他家的婢女奴仆到市场上贩卖货物赚钱。畅饮狂歌，下棋赌博，日夜不停地欢乐。傲慢自大，不可一世，宾客上门求见，有达十天之久见不到面的。内部事务全部委托中书舍人褚灵嗣等三人，这一群卑劣小人，横行霸道，作威作福。于是，官员百姓无不忿怨，内外都与他离心。
邓琬命孙冲之任前锋，率龙骧将军薛常宝、陈绍宗、焦度等部队一万人作为前锋，进驻赭圻。孙冲之在行军途中上疏给晋安王刘子勋说：“船只已准备妥当，粮秣武器已配备齐全，三军踊跃，人人争先恐后，以死报效晋安王。现在就要张满篷帆，直取白下。请命陶亮率兵马随后发，接续上来，分别占领新亭、南州，一次攻击即可平定。”刘子勋加授孙冲之为左卫将军，任命陶亮为右卫将军，指挥郢、荆、湘、梁、雍五个州的部队，共计两万人，同时东下。陶亮本无谋略才干，听说建安王刘休仁亲自率军逆江而上，殷孝祖又随后赶到，便不敢前进，驻扎在鹊洲。
殷孝祖自以为天下之大，只有他最忠心，常欺侮羞辱其他将领，建康军中有父子兄弟在寻阳政权辖区的，殷孝祖打算都逮捕审判，于是，军心涣散，将士愤懑，不肯听从他的指挥。宁朔将军沈攸之，对内安抚官兵，对外同其他将领和睦相处，大家对他十分信赖。殷孝祖每次出战，常常携带显示他高贵身分的云盖和战鼓，军中同僚以及士卒都互相说：“殷孝祖可谓‘死将’，他跟敌人作战，却带着豪华的仪仗队，自己暴露自己，敌人如果挑出十个射箭能手，同时射箭，他想不死，怎么可能呢？”三月，庚寅（初三），建康军水陆并进，攻打赭圻。陶亮等率军前来增援，殷孝祖在交战中被流箭射中，阵亡。军主范潜率五百人投降陶亮，军心震惊，人们都说沈攸之应该接替殷孝祖的指挥权。
当时，建安王刘休仁驻军虎槛，派宁朔将军江方兴、龙骧将军襄阳人刘灵遗各率三千人马，前往赭圻。沈攸之认为殷孝祖既已阵亡，叛军陶亮等一定会乘胜进攻，官军第二天如果再不主动发起攻势，就会向敌人暴露出自己力量薄弱。江方兴的名望和地位跟自己相等，绝不可能受自己的指挥，而军事行动不能统一，是导致失败的原因。于是，就率部下各将领拜访江方兴，说：“现在，四面八方都起兵叛乱，朝廷所占据的不过百里之地。朝廷所依赖的也只殷孝祖一人，不想，刚刚兵戈相接，他就陈尸马下，文武官员全都沮丧，朝野人士提心吊胆。朝廷大事能否成功，只看明日一战。如果战而不胜，朝廷就会全盘瓦解。有关明日之战，将领中有人说应该由我指挥，可我自问魄力不够，才能和谋略都不如你。所以我们现在打算推举你为统帅，大家同心协力。”江方兴十分喜悦，满口承诺。沈攸之告辞出来，各将领抱怨他，沈攸之说：“我只希望拯救国家，岂能计较官职高低！而且，我能向他低头，他却一定不肯向我低头，怎么可以自己先内斗起来！”
叛军孙冲之对陶亮说：“殷孝祖是一员悍将，一战就把他杀死，天下大事已经定了，不必再战，现在就应该直接进攻京都。”陶亮不同意。
辛卯（初四），江方兴率领各将领进攻叛军，建安王刘休仁又派军主郭季之、步兵校尉杜幼文、屯骑校尉垣恭祖、龙骧将军京兆人段佛荣等三万人前去增援助战。自凌晨厮杀到中午，大破叛军，向北追击到姥山而回。杜幼文是杜骥的儿子。
叛军孙冲之在巢湖口和白水口修筑两座城池，军主竞陵人张兴世进攻并攻克该地。
壬辰（初五），明帝下诏提升沈攸之为辅国将军、假节，接替殷孝祖的督前锋诸军事。陶亮听到巢湖口、白水口失守的消息，大为恐惧，急令孙冲之撤回鹊尾，而留薛常宝等驻防赭圻。在此之前在姥山及各山冈修建的营垒要塞，也分别解散撤回，士卒各返原来部队，共同保卫浓湖。
当时，战乱四起，朝廷财源不足。于是号召人民捐钱捐粮，依照捐献多少，分别任命他们当荒凉偏远地区的郡守、县令以及五品至三品之间散官不等。军中粮秣缺乏，建安王刘休仁安抚军心，鼓励将士，平均分配物品，哀悼死者，慰问伤员，休戚与共。所以，十万大军，没有离心。
邓琬派遣豫州刺史刘胡率领步兵三万人，精锐骑兵两千人，东行进驻鹊尾，加上原有士卒，共十余万人。刘胡是一员老将，勇敢而有谋略，屡次建立战功，将领、士卒都对他十分敬畏。司徒中兵参军冠军人蔡那的儿子和弟弟都在襄阳。刘胡每次作战，都将蔡那的儿子悬挂城外，蔡那照样猛烈攻击毫无顾忌。吴喜平定三吴之后，又率军队五千人，连同军用物品，向西增援刘休仁，进驻赭圻。
薛索儿率步、骑兵一万多人，自睢陵渡过淮河，进逼青、冀二州刺史张永的营寨。丙申（初九），明帝诏命南徐州刺史桂阳王刘休范统领北讨诸军事，进驻广陵，又命萧道成率兵增援张永。
戊戌（十一日），建康官军将寻阳王刘子房由会稽押解到建康。明帝下令赦免，贬他为松滋侯。明帝派遣宁朔将军刘怀珍率领龙骧将军王敬则等步、骑兵五千人，增援刘勔攻打寿阳，杀了庐江太守刘道蔚。刘怀珍是刘善明的侄儿。
前任奉朝请寿阳人郑黑，在淮河上游起兵，响应建康朝廷，向东有驻扎在寿阳的殷琰，向西有驻扎在悬瓠的常珍奇。
乙巳（十八日），明帝任命郑黑为司州刺史。殷琰派部将刘顺、柳伦、皇甫道烈、庞天生等骑兵、步兵八千人，驻防东面的宛唐。刘勔率各路人马，同时并进，在距刘顺阵营数里处官营扎寨。当时，殷琰所派各方军队统一由刘顺指挥。只是因皇甫道烈原是当地的土豪，柳伦原是建康官军的军官，而刘顺出身卑微，所以不让他统率这两支军队。刘勔刚到，营垒还没有筑成，刘顺打算乘虚突袭，可皇甫道烈、柳伦不同意，刘顺又不能孤军出击，只好作罢。等刘勔筑营完成后，已不能再攻，因而两军互相对峙坚守。
沈攸之率领各路人马包围赭圻。薛常宝等部粮食用尽，向刘胡求救，刘胡用布袋装米，绑在木排和船舱上，然后故意使船翻覆，船底朝天顺流而下，接济薛常宝。沈攸之怀疑这么多翻船中有诈，派人打捞翻船及木排，得了好多袋米。丙辰（二十九日），刘胡率领步兵一万人，趁着黑夜，开山凿道，用布袋装米，运送给赭圻。天将亮时，来到赭圻城下，可是还隔着一条小沟，进不了城。沈攸之率领各军截击，拚死战斗，刘胡大败，丢粮弃甲，沿山逃走，被杀被抓的很多。刘胡受伤，只身回营。薛常宝等惊慌恐惧，夏季，四月，辛酉（初四），开城门突围，逃回刘胡军营。沈攸之攻破了赭圻城，杀了宁朔将军沈怀宝等，接受降军数千人。寻阳政权的领陈绍宗乘一只小船逃走投奔鹊尾。随后，建安王刘休仁从虎槛进驻赭圻。
刘胡的兵力仍然十分强大，明帝为安抚军心，派吏部尚书褚渊前往虎槛，征选提拔有功将士。当时，由于有战功而被封为官的人很多，以至任命版不够用，于是开始用黄纸。
邓琬根据晋安王刘子勋的命令，征召袁顗前来寻阳。袁顗率领雍州所有兵将急行军南下。邓琬任命黄门侍郎刘道宪掌管荆州，任命侍中孔道存掌管雍州。上庸太守柳世隆，乘襄阳空虚，发动攻击，没有攻克。柳世隆是柳元景的侄儿。
散骑侍郎明僧聚众起兵，攻打青州刺史沈文秀，以响应建康朝廷。壬午（二十五日），建康朝廷任命明僧为青州刺史。平原、乐安两郡太守王玄默占据琅邪，清河、广川两郡太守王玄邈占据盘阳城，高阳、勃海两郡太守刘乘民占据临济城，全都起兵响应建康朝廷。王玄邈是王玄谟的堂弟；刘乘民是刘弥之的侄儿。沈文秀派部将解彦士攻击并攻克北海，杀了刘弥之。刘乘民的堂弟刘伯宗，集结地方武装，再夺回北海，接着，又乘势攻打青州州府所在地东阳城。沈文秀迎战，刘伯宗战死。明僧、王玄默、王玄邈、刘乘民合兵攻打东阳城，每次攻击都被沈文秀击败，士兵被打散又重新集结再攻，这样反复十余次，最后还是不能攻克。
豫州长史杜叔宝认为官军驻扎历阳，不能马上向前推进。刘勔等人到达后，历阳部队上下惊恐震动。部将刘顺等开始东下驻防宛唐，只带一个月的粮食，跟刘勔相持不下，粮食很快便吃完了。杜叔宝派运输车一千五百辆，装满米送给刘顺，亲自率五千精兵押送。吕安国得到消息，就对刘勔说：“刘顺拥有精甲八千，我们的兵力不到他的一半。相持的时间一长，强弱的差距将会更大，再托延下去，我们简直不能自存。唯一的希望是对方的粮食将要枯竭，而我们的粮食还有余。若是让杜叔宝的米运到，我们不但难以打胜仗，而且也难以久守。现在只有从小道出发，袭击他们的运米车队，出其不意，如果能摧毁对方，那么他们便会不战而走。”刘勔认为这样很对，于是留下老弱残兵留守军营，选精兵一千人配备给吕安国和龙骧将军黄回，令他们从小路绕到刘顺的背后，在横塘袭击他们。
吕安国出发时，仅带两天熟食。熟食吃光，还不见杜叔宝到来，将士们纷纷要求回军，吕安国说：“你们早上已吃过一顿。依我看，今晚运米车队不会不来，如果不到，我们夜里撤退，也为时不晚。”杜叔宝果然到来，车队呈“函箱阵”，杜叔宝在函箱阵外，游动搜索前进。幢主杨仲怀率五百人在车队前开路。吕安国、黄回等发动袭击，杀了杨仲怀，连同他的部下全部斩尽。杜叔宝赶到时，黄回打算乘胜追击，吕安国说：“他会自己逃掉，用不着再动手。”于是，撤退三十里，停下来住宿。夜里派骑兵前去侦察，杜叔宝果然丢下运米的车队逃跑。吕安国就在夜里返回去，纵火烧毁米车，虏获牛两千余头而还。
五月，丁亥朔（初一），夜晚，刘顺的部队崩溃，向淮西投奔悬瓠的常珍奇。此时刘勔擂鼓前进，向寿阳进军。杜叔宝把城外居民及散兵聚集城内，绕城自守。刘勔与各路部队，分别在城外扎营。
山阳王刘休写信给殷琰，分析利害得失。明帝又派御史王道隆携带诏书，赦免殷琰。刘勔也写信给殷琰，并附上殷琰哥哥殷瑗的儿子殷邈的一封家书。殷琰和杜叔宝都有投降之意，可是，大家意见不一，又继续守城。
弋阳西山蛮族首领田益之起兵，响应建康朝廷。明帝下诏任命田益之为辅国将军，统领弋阳西蛮的事务。壬辰（初六），任命辅国将军沈攸之为雍州刺史。丁未（二十一日），任命尚书左仆射王景文为中军将军。庚戌（二十四日），任命宁朔将军刘乘民为冀州刺史。
张永、萧道成等与薛索儿作战，大破薛索儿军，薛索儿退守石梁，粮尽，大军溃散，薛索儿投奔乐平，被申令孙的儿子申孝叔击杀。薛安都的儿子薛道智逃往合肥，到裴季之处投降。傅灵越逃到淮水之西，被朝廷武卫将军沛郡人王广之活捉，押送给刘勔，刘勔指责他叛逆，傅灵越说：“全国各地纷纷起义，岂只我一人！薛安都不能任用贤才，只信任他的儿子和侄儿，这是他失败的原因。人生在世总归一死，实在没脸求活。”刘勔把他押送到建康，明帝打算赦免他，但傅灵越始终不肯改口，便杀了他。
邓琬因刘胡跟建康官军沈攸之等对阵僵持，很久分不出胜负，于是加授袁顗为督征讨诸军事。六月，甲戌（十八日），袁顗率楼船一千艘，兵士两万人，抵达鹊尾。袁顗本无大将的才略，又性情卑怯。在军营中，他从不穿军服，谈话也不涉及战阵，而只吟诗作赋，谈论义理，对各将领既不安抚鼓励，又不肯接见。刘胡每次讨论军事，袁顗对他的回答和应酬都很简略、怠慢。于是，袁顗大失人心，刘胡对他恨之入骨。刘胡因后方补给未到，士卒缺粮，向袁顗借襄阳的存粮，袁顗拒绝，说：“京师还有两处住宅没有完工，正要用钱料理。”又相信过路人的传言，说：“建康米价飞涨，一斗高达数百钱。”认为用不着进攻，建康将自行崩溃，所以按兵不动，坐等胜利。
田益之率西山蛮族军队一万多人包围义阳。邓琬派司州刺史宠孟虬率精锐部队五千人援救，田益之不敢迎战，所率军队溃散。
安成太守刘袭、始安内史王识之、建安内史赵道生，全部献出城池，投降朝廷。刘袭是刘道怜的孙子。
萧道成的儿子萧赜任南康赣县令，邓琬派人前去逮捕了他。萧赜的门客兰陵人桓康，担着萧赜的妻子裴氏和萧赜的两个儿子萧长懋、萧子良逃到山中。跟萧赜的同族萧欣祖等结集佃客一百余人，袭击郡城，攻破监狱，救出萧赜。南康相沈肃之率将士追赶萧赜，萧赜迎战，活捉了沈肃之。萧赜于是自称宁朔将军，据郡起兵，与安成郡的刘袭等呼应。邓琬任命中护军殷孚为豫章太守，总管赣江上游五个郡，防御刘袭等。
衡阳内史王应之聚众起兵，响应建康朝廷，袭击在长沙的湘州行事何慧文。王应之与何慧文离开兵士单独决斗，王应之砍伤何慧文八处，何慧文砍断了王应之一只脚并杀了他。
始兴人刘嗣祖等占据郡城以响应建康朝廷。广州刺史袁昙远派他的部将李万周等讨伐刘嗣祖。刘嗣祖欺骗李万周说：“寻阳战乱已平”。李万周相信并回军袭击番禺，活捉袁昙远，将其斩首。明帝任命李万周掌管广州事务。
最初，武都王杨元和把王府设在白水，力量薄弱，不能自存。于是抛弃部族投奔北魏。杨元和的堂弟杨僧嗣又自立为武都王，驻扎在葭芦。费欣寿率军东下进抵巴东。巴东人任叔儿占据白帝城，自称为辅国将军，前来迎战，杀费欣寿。随后，任叔儿封锁了三峡。萧惠开第二次派治中程法度带领兵士三千人北上梁州。杨僧嗣率氐族各部落切断了程法度的道路，派人由小路奏报建康朝廷。秋季，七月，丁酉（十二日），明帝任命杨僧嗣为北秦州刺史并封为武都王。
各路官军与袁顗在浓湖对峙，很久不能决出胜负。龙骧将军张兴世建议说：“叛贼盘据上游，兵力强大，地势险要，我们的力量与他们对峙是绰绰崐有余，但不足以剿灭他们。若是派出数千奇兵潜入他们的背后，在险要的地方筑城布阵，伺机发动进攻，就会使他们首尾难顾，进退两难。上游一旦被我们切断，粮食运输一定艰难，这是克制叛贼的奇妙良策。钱溪一带长江两岸最为狭窄，又距大军不远，水道曲折湍急，船只经过必须紧靠岸边，那里又有天然的码头可以停船。千人把守，万人不能通过。其他要害之地，都不能超过此地。”沈攸之、吴喜全都赞成。这时，庞孟虬率兵前来增援殷琰，刘勔派人请求援兵，情况紧急。建安王刘休仁打算派张兴世率军增援刘勔，沈攸之说：“庞孟虬的部队，像一群蚂蚁，一定没什么作为，派遣另一位将领，交给他步、骑兵数千人，足以把庞孟虬制住。张兴世这次攻击，可是安危成败的关键，决不可半途而废。”于是命段佛荣率军增援刘勔，而另外挑选战士七千人，轻快小船二百艘，配给张兴世。
张兴世率二百艘小船，逆流而上，接着又返回，一连数天，都是如此。刘胡听到消息，取笑说：“我还不敢越过他们阵地，夺取扬州，张兴世是什么东西，居然想轻易占领我的上游阵地。”于是，不做防备。一天晚上四更，正好刮起顺风，张兴世的船队，张满风帆，向西鼓浪前进，穿过湖口、白水口，再过鹊尾。刘胡发觉之后，急忙派他的将领胡灵秀领兵在东岸追赶，紧跟张兴世的船队前进。戊戌（十三日），晚上，张兴世停泊于景洪浦，胡灵秀也留在此处。张兴世暗中派遣部将黄道标，率七十条快艇直插钱溪，安营扎寨。己亥（十四日），张兴世率主力西进，直接进驻钱溪新营，胡灵秀无法阻止。庚子（十五日），刘胡亲自率领水陆联合的二十六支军队，前来攻击钱溪，张兴世的将士打算迎战，张兴世不允许，说：“贼寇离我们还远，气势旺盛，打起仗来，箭如雨下。然而气太盛，容易衰弱，箭太多，容易枯竭，不如等待。”命令将士照旧加强工事。不久，刘胡船队接近，进入漩涡，张兴世命寿寂之、任农夫率精壮军士数百人先行攻击，主力部队相继一起前进，刘胡败退，数百人陈亡，刘胡收兵而回。当时，张兴世营寨还不够坚固，建安王刘休仁担心袁顗回军与刘胡合力再攻钱溪，打算分散他们的势力。辛丑（十六日），命沈攸之、吴喜等用皮蒙在船上攻击浓湖，杀数千人。当天，刘胡率步兵两万人，披甲骑兵一千人，打算再攻张兴世，进抵钱溪相距只有数十里时，袁顗因浓湖吃紧，命刘胡回兵增援。钱溪的营寨因此得以建成。刘胡派人散布谣言说：“钱溪已经平定。”官军大为恐惧，沈攸之说：“不对，钱溪如果战败，众人中至少会有一人逃亡回来，必定是他们攻击失利，散布假情报扰乱军心。”下令军中不得妄动。不多时，钱溪捷报传到。沈攸之把钱溪送来刘胡士卒的耳朵、鼻子，送给浓湖守军，袁顗异常惊骇恐惧。沈攸之黄昏时回军。
龙骧将军刘道符，进攻山阳，程天祚向刘道符投降。
庞孟虬前进到弋阳，刘勔派吕安国等在蓼潭迎击，大破庞孟虬军。庞孟虬逃到义阳。王玄谟的儿子王昙善聚众起兵，夺取义阳，归附建康朝廷。庞孟虬逃到蛮族居住的山区，死在那里。刘胡派遣辅国将军薛道标袭击合肥，杀了汝阴太守裴季之。刘勔派辅国将军垣闳反击。垣闳是垣阆的弟弟。薛道标是薛安都的儿子。
淮西人郑叔举起兵攻击常珍奇，响应郑黑。辛亥（二十六日），朝廷任命郑叔举为北豫州刺史。崔道固受到当地百姓围攻，关闭城门自守。明帝派人前来安慰招抚，崔道固请求投降。甲寅（二十九日），明帝又任命崔道固为徐州刺史。八月，皇甫道烈等听到庞孟虬战败，开城门出来投降。
张兴世占领钱溪之后，叛军浓湖大营粮食开始缺乏。郑琬打算运送大量军需物资接济，但怕张兴世截击，不敢前进。刘胡率轻装船只四百艘，从鹊头江中内航道前进，打算攻打钱溪，中途对长史王念叔说：“我从小习惯于陆地打仗，不懂水战。步兵作战时，我是在数万人中间，可是水上作战，只能在一条船的上边，船与船单独行进，互相不能照顾，我在一船不过三十人中间，这不是安全之计，我不去干。”于是，推托得了疟疾，停靠鹊头，不敢前进。只派龙骧将军陈庆率三百艘船驶向钱溪，吩咐陈庆不要与敌人接战，说：“张兴世这个人，我非常熟悉他，他会自动逃走的！”陈庆抵达钱溪，驻扎梅根。
刘胡又派部将王起率一百余艘船攻打张兴世，张兴世反击，大败王起军。刘胡率其余的船队撤回浓湖，对袁顗说：“张兴世营寨已经建成，短期内不可能攻破。昨天小小交战，谈不上损失。陈庆已与南陵、大雷各军共同扼住张兴世的上游，我们大营在此，鹊头诸将领又切断了他的下游，他已坠入我们的包围圈中，不必再为此忧虑。”袁顗对刘胡不亲自作战，十分恼怒，对刘胡说：“运粮路线被切断，对此我们应该怎么办？”刘胡说：“他们能越过我们逆流而上，我们这次运粮为什么不能越过他们顺江而下呢？”于是派遣安北府司马沈仲玉带领一千人徒步前往南陵，迎接军粮。
沈仲玉到达南陵，把三十万斛的米装到船上，又装军饷、布匹等共数十船，在船上用木板钉成围墙，打算突围。可是船队行至贵口，不敢前进，派人抄小路报告刘胡，请求增派重兵前来迎接。张兴世命寿寂之、任农夫等率三千人直奔贵口，攻击沈仲玉。沈仲玉丢下辎重，逃回袁顗大营，所有军用物资，全被夺走。刘胡的部队惊恐万状，部将张喜投降朝廷官军。
镇东中兵参军刘亮向前推进，直逼刘胡军营，刘胡抵抗不住，袁顗惊慌地说：“敌人已侵入人的肝脾重地中间，怎么能活命！”刘胡准备暗中逃走，己卯（二十四日），谎报袁顗说：“我打算率步、骑兵两万人，到上游夺回钱溪，并运回积存在大雷的余粮。”要求袁顗挑选马匹全都配备给他。当天，刘胡丢下袁顗，直奔梅根。先命薛常宝征集船只，又命南陵各军全部出发，纵火焚烧大雷各城而逃。当夜，袁顗才得知消息，勃然大怒，骂道：“今年可被这小子害苦了！”呼唤侍从牵来他平日所骑的马，名叫“飞燕”，对他的部属说：“我要亲自追击刘胡！”于是也乘机逃走。
庚辰（二十五日），建安王刘休仁率兵进入袁顗遗弃的大营，接纳十万人投降，同时派沈攸之等追捕袁顗。袁顗逃到鹊头，与镇守那里的主将薛伯珍会合，并带他所属的部队数千人一同向西撤退，打算前往寻阳。夜晚，住宿山间，袁顗杀马慰劳将士，回头对薛伯珍说：“我并不是怕死，只不过想要到寻阳，在主上面前请罪，然后自刎！”慷慨激昂，吆喝左右侍从，取来刘子勋赐给的符节，左右侍从无人理他。等到天亮，薛伯珍请求与他单独谈话，遂砍下袁顗人头，前往钱溪，向军主襄阳人俞湛之投降。俞湛之斩薛伯珍，连同袁顗的人头一起上缴作为自己的功劳。
刘胡率两万人奔回寻阳，谎报晋安王刘子勋说：“袁顗已经投降，全军溃散，只有我率领我的部属，单独逃回。应紧急采取措施，决一死战，我暂时驻防湓城，誓死效忠您。”于是，率船队从江中外航道西上，连夜直奔沔口。
邓琬听到刘胡逃走的消息，惊恐忧虑，无计可施，急忙召集中书舍人褚灵嗣等策划对策，大家都不知如何是好。吏部尚书张悦假装有病，请邓琬到私宅商讨大事，密令左右全副武装，在帐后埋伏，吩咐：“听见我命你们拿酒，便出来动手。”邓琬到后，张悦说：“你当初第一个坚持称帝，今天事已吃紧，你有什么办法？”邓琬说：“应当杀掉晋安王，查封仓库，以此来赎罪。”张悦说：“现在你宁可出卖殿下，也要保全自己活命吗！”于是呼唤拿酒，张悦的儿子张洵，提刀冲出，砍下邓琬人头。中书舍人潘欣之听说邓琬被杀的消息，率兵抵达张悦家门。张悦派人告诉潘欣之说：“邓琬打算谋反，已经斩首。”潘欣之才撤回。张悦逮捕了邓琬的儿子，一并杀掉。张悦于是单乘一只小船提着邓琬的人头东下，向朝廷建安王刘休仁投降。
寻阳大乱，蔡那的儿子蔡道渊原被囚禁在寻阳专门制造兵器的作坊里，这时挣脱枷锁，进入寻阳城，逮捕了刘子勋，投入大牢。不久，沈攸之等大军抵达寻阳，杀掉刘子勋，把人头押送到建康。刘子勋时年十一岁。
废帝在位时，读书人或在职官员为了避免灾祸，都打算离开京师，远到他乡。到今天，流离失所遭受祸难，侥幸生存的，一百人中不见得有一人，大家这才都佩服蔡兴宗的先见之明。
庚子（十六日），司徒刘休仁抵达寻阳，分别派吴喜、张兴世进攻荆州，沈怀明进攻郢州，刘亮及宁朔将军南阳人张敬儿进攻雍州，孙超之进攻湘州，沈思仁、任农夫进攻豫章，平定刘子勋的残余力量。
刘胡逃到石城，被捕并被斩首。郢州行事张沈剃光头发，扮作和尚，暗中逃走，被追缉抓获，斩首。荆州行事刘道宪听说浓湖被平定，便解散部众，派人到官军驻所请求处罚。州治中宗景等率军进城，诛杀刘道宪，逮捕临海王刘子顼后投降。孔道存得知寻阳已经平定，派人到军驻所请求投降。听说柳世隆、刘亮大军不久将要到来，孔道存和三个儿子一起自杀，明帝因何慧文文武全才，特命吴喜传旨赦免，何慧文说：“我既然已陷入叛逆，亲手加害忠义，还有什么脸面见天下人士？ ”于是自杀。安陆王刘子绥、临海王刘子顼，邵陵王刘子元都被明帝赐死。刘顺及其逃到荆州的余党，全部被斩首。明帝下诏，追赠守节而死的官员，并对有功的官员依照等级封赏。
明帝已经诛杀晋安王刘子勋等，对世祖的其他儿子仍然和善如故。司徒刘休仁从寻阳返回京师，对明帝说：“松滋侯刘子房的兄弟仍在人间，将来一定会对国家不利，应该及早打算如何处置。”十月，明帝下诏：松滋侯刘子房，永嘉王刘子仁，始安王刘子真，淮南王刘子孟，南平王刘子产，庐陵王刘子舆、刘子趋、刘子期，东平王刘子嗣、刘子悦等全部赐死，镇北诺议参军路休之、司徒从事中郎路茂之、兖州刺史刘祗、中书舍人严龙等人都受株连被杀。孝武帝共有二十八个儿子，至此全部被杀尽。
徐州刺史薛安都、益州刺史萧惠开、梁州刺史柳元怙、兖州刺史毕众敬、豫章太守殷孚、汝南太守常珍奇，都派使节请求归降。明帝认为西南的叛军已经平定，打算向淮河以北的叛军炫耀威力。乙亥（二十一日），下诏命镇军将军张永、中领军沈攸之率大军五万人北上迎接薛安都。尚书左仆射蔡兴宗说：“薛安都归顺朝廷，绝对不假，现在正需派一个人，手拿一封信，前去迎接。现在用重兵迎接他，他一定会惊疑忧虑，甚至可能招引北方的胡虏，灾患势必更深。如果说他身为叛逆，罪恶深重，非诛杀不可，那么从前所赦免的人可太多了。何况薛安都在外，据守的是北战场的一个重要集镇，紧接边界，地势险要，兵力强大，无论包围还是攻击，都难以克制。为了国家的利益，尤其应该使用和平手段安抚。一旦他叛投北魏，那么朝廷就要昼夜辛劳去对付后患了。”明帝不接受他的意见，对征北司马代理南徐州事务的萧道成说：“我正想利用薛安都反抗的机会加以讨伐，你认为如何？”萧道成回答说：“薛安都十分狡猾，今天如果用大军逼他，恐怕对朝廷没有好处。”明帝说：“各路人马都很精锐，哪次出击不能战胜！你不要多说了！”薛安都听到大军北上的消息，果然非常恐惧，派遣使节向北魏投降。常珍奇也向北魏投降，献出郡城悬瓠，二人同时请北魏发兵救援。
薛安都把儿子送到北魏充为人质，北魏派镇东大将军代郡人尉元、镇东将军魏郡人孔伯恭等率骑兵一万人，向东支援彭城，派镇西大将军西河公拓跋石，都督荆、豫、南雍州诸军事张穷奇向西支援悬瓠。任命薛安都为都督徐雍等五州诸军事、镇南大将军、徐州刺史、河东公；任命常珍奇为平南将军、豫州刺史、河内公。
刘勔包围寿阳，自本年初春到冬末，无论进攻还是抵抗，每战都告捷，因心肠宽厚，深得将士的拥护。寻阳政权灭亡后，明帝命中书发出诏书，向守将殷琰招降。蔡兴宗说：“天下已经平定，正是殷琰检讨自己过错的时候，陛下只要亲笔写几行字，安抚宽慰，加以引导，他就可以归降。今天由中书颁发诏书，他一定怀疑不是真的，这不是迅速消灭一方灾难的办法。”明帝不接受。殷琰看到诏书，果然认为是刘勔设下的圈套，不敢投降。杜叔宝严密封锁寻阳政权灭亡的消息，凡是传递这些消息的人，立刻杀掉，城防越发坚固。后来，凡有人出城投降，明帝都让他们到寿阳城下，使他们与城中守军对话，守军知道外面的情况，军心开始动摇。
殷琰打算投降北魏，主簿谯郡人夏侯详劝殷琰说：“我们今天所以拥护寻阳政权，本意是效忠皇家。如果朝廷有人主持，就应该归附朝廷，怎么可以投向北方，穿上左边开襟的衣服！而且现在魏军已接近淮河，建康官军还不知道我们的意向，如果派使节去表示我们的诚心，他们一定会高兴接纳，岂止是免死而已。”殷琰于是派夏侯详出城晋见刘勔，夏侯详劝刘勔说：“现在城中军民，虽然知道陷入困境，但仍然固守的缘故，是害怕将军诛杀，因而大家都打算降魏。希望将军不要再攻击，下令赦免，那么他们自然没有不相继来归降的了。”刘勔答应，让夏侯详到寿阳城下，呼唤城中人，转告刘勔的承诺。丙寅（十三日），殷琰率领他的部将自行反绑双手，出城投降。刘勔全都加以安抚，不杀一个人，进城之后，对军队严格约束，于是，城中百姓的生命财产，没有丝毫损失，寿阳人欢天喜地。北魏的军队已经到达师水，将要救援寿阳，听到殷琰已经投降，于是掳掠义阳数千人而回。后来，殷琰再次做官，担任少府时去世。
春季正月，张永等放弃下城，连夜逃走。正赶上天下大雪，泗水冰封，船只不能移动，张永命部队放弃船只，徒步南奔。士卒冻死的有一大半，手脚折断的有十分之七八。北魏尉元绕到前面堵截，薛安都在后面追杀，在吕梁的东面大败张永军，被杀者数以万计，六十里之遥，尸体重叠，抛弃的军用物资及武器，更无法计数。张永的脚趾也被冻掉，与沈攸之仅仅逃出性命。梁、南秦二州刺史垣恭祖等被北魏俘虏。明帝得到消息，召见尚书左仆射蔡兴宗，把大军战败的报告拿给他看，说：“在你面前，我深感惭愧。”贬张永为左将军，免除沈攸之的官职，命他以贞阳公的名义兼任现职，返回淮阴驻扎。从此，刘宋失去淮河以北四州和豫州的淮西地区。
由于和北魏作战，府库空虚，朝廷内外的各级官员都断了薪水。刘彧生活奢靡过度，需要一件物品，往往制造九十件备用，正御、御次、副又各三十件。宦官宠臣弄权，朝政腐败，天下骚乱，百姓负担沉重，痛苦不堪。他用蜂蜜浸泡鱼肉，一次能吃好几升，吃腊肉常常多到二百片。
由于害怕诸弟夺取太子刘昱的皇位，刘彧接受宠臣王道隆与阮佃夫的建议，诛杀立过大功的弟弟刘休仁、刘休佑、刘休若等，只有刘休范平庸懦弱而幸存。王道隆与阮佃夫掌权后擅用威权，肆意受贿，卖官鬻爵，财富超过国库。刘彧同时杀害可能会不利于太子的重臣，如功臣武将寿寂之、吴喜与高门名士王景文（皇后王贞风之兄、刘彧的大舅子），造成刘昱继位后，中央和地方军镇互相猜忌、互相攻伐的政治乱象，使得武将萧道成崛起，最后篡宋建齐。
472年正月，刘彧病死，时年34岁。遗诏命蔡兴宗、袁粲、褚渊、刘勔、沈攸之五人托孤顾命大臣，分别掌控内外重区，另外命令萧道成为卫尉，参掌机要。太子刘昱继立。 实际上接受刘彧秘密遗命，辅佐新帝刘昱，掌控宫中内外大权的人物，是刘彧最亲信的侧近权幸——王道隆与阮佃夫。五月，刘彧被安葬在临沂县莫府山的高宁陵。