在北航校级高算平台安装并使用OpenFOAM-7

应对疫情，更好的发扬 不返校，不停学 精神，北航对在校师生免费开放了新建的校级高算平台。

该平台可以通过Xshell、Putty等软件进行远程控制，Xftp、WinSCP等软件进行文件上传及下载，校外ip可通过学校VPN进行使用。

下面介绍一下，在北航校级高算平台上安装OpenFOAM-7及使用的方法。

安装OpenFOAM-7

1. 使用module命令配置GCC、Intel MPICH环境，注意OpenFOAM-7依赖于GCC version 4.8 及以上版本、Intel ICC version 17.0.4 or above

   $ module load Intel-2018
   $ module load openmpi-1.10.7
   

2. 将OpenFOAM-7和ThirdParty-7解压到某个目录下并进行重命名，如~/OpenFOAM/OpenFOAM-7和~/OpenFOAM/ThirdParty-7，并且配置基本环境

   $ cd OpenFOAM-7
   $ vim etc/bashrc
   

   • 修改文件内容etc/bashrc

   65：export WM_COMPILER=Icc
   89：export WM_MPLIB=SYSTEMOPENMPI
   

   • 加载OpenFOAM-7的环境

   $ source ~/OpenFOAM/OpenFOAM-7/etc/bashrc
   

3. 编译源代码

   $ ./Allwmake
   

   编译过程需要大量时间，可以直接进行并行编译

   $ ./Allwmake -j
   

   上述编译正常完成后，OpenFOAM-7即安装完成

使用OpenFOAM-7

1. 依次加载上述编译过程中的环境

   $ module load Intel-2018
   $ module load openmpi-1.10.7
   $ source ~/OpenFOAM/OpenFOAM-7/etc/bashrc
   

   也可以讲上述内容直接写入~/.bashrc，每次自动登陆账号即可直接自动加载

2. 使用任务提交工具 sbatch 进行算例任务提交，使用dsmcFoam进行单节点20核的并行计算为例

   • 在算例目录下创建任务文件，比如run-dsmcFoam.sh，并添加内容

     #!/bin/sh
     #SBATCH -J nanoNozzle1
     #SBATCH -p normal
     #SBATCH -n 20
     #SBATCH -N 1
     #SBATCH --cpus-per-task=1
     #SBATCH -t 72:00:00
     #SBATCH -o log.dsmc
     #SBATCH -e log.error
     
     srun hostname | sort > machinefile.${SLURM_JOB_ID}
     NP=`cat machinefile.${SLURM_JOB_ID} | wc -l`
     mpirun -np ${NP} --hostfile ./machinefile.${SLURM_JOB_ID}  dsmcFoam –parallel
     

     上述各语句意思参考《北京航空航天大学HPC项目用户手册》

   • 使用 sbatch 命令提交算例

     $ sbatch ./run-dsmcFoam.sh
     

   • 可以使用squeue查看任务状态，需要说明squeue命令会显示所有用户的任务，可以使用grep命令进行本账号下的任务筛选

     $ squeue | grep 账号名称
     

常用Linux命令

一些常用的Linux操作命令

命令	含义
pwd	显示当前目录位置
cd	目录跳转，../为上一级目录，./为当前目录
ls	显示某目录下的文件夹和文件
cp	复制
mv	移动或者重命名
rm	删除
mkdir	创建目录
vim	使用vim对文档进行编辑
chmod	更改文件或者目录权限，比如赋予某文件可执行权限chmod u+x 文件名
head	打印文件，默认显示开头10行
tail	打印文件，一般使用参数-f用来监视日志文件
zip	压缩，多级目录压缩，使用参数-r
unzip	解压缩
tar	另一种格式的压缩或者解压缩
gzip	另一种格式的压缩或者解压缩

本高算平台上的任务管理命令

命令	含义
sinfo	查看系统状态
squeue	查看任务状态，配合grep命令使用，squeue
sbatch	提交任务，配合任务脚本使用
scancel	结束任务，后跟作业号