2021-12-30更新-Linux语言学习（Cell Ranger）

重拾linux语言的学习是因为要学习cell ranger了，悄悄给自己立下flag要看懂cell ranger的源代码。所以话不多说开始吧。

wkd=/home/project/single-cell/MCC(这一步应该就是将文件名进行缩写)

cd $wkd/raw/P2586-4

cat SRR_Acc_List-2586-4.txt |while read i

do

time fastq-dump --gzip --split-3 -A $i ${i}.sra && echo"** ${i}.sra to fastq done **"

done

上述代码是再下载别人的Sra数据后，用fastq-dump将sra格式转化成fastq

---

1.wkd

wkd=/home/project/single-cell/MCC，这一步应该就是将文件位置进行缩写

---

2.cd

cd（英文全拼：change directory）命令用于切换当前工作目录。

/    表示根目录

./   代表当前目录

.    当前目录

..   上级目录

~    当前用户的默认工作目录

cd            进入用户主目录

cd~          进入用户目录

cd-           返回进入此目录之前所在目录

cd.            当前目录

cd..           返回上上一级目录

cd/            进入根目录

cd./           切换到当前目录的某个文件夹

cd../..        返回上两级目录

cd!$          把上个命令的参数作为cd参数使用

cd /home  相当于查看有多少普通用户的家目录

---

3.cat

cat（英文全拼：concatenate）命令用于连接文件并打印到标准输出设备上。(真是非人话，其实就是看文件内容)

功能：

 1.显示文件：cat filename

 2.用键盘创建文件，仅用于创建新文件，不能用于编辑文件： cat > filename

 3.将几个文件合并为一个文件：cat file1 file2 > file

 4.复制文件内容

基本语法：

操作的文件在同一目录中则用：cat [option] [filename]...

不在同一个目录中，则需说明该文件的路径：cat [option] [path/to/file]...

 1.显示文件内容

cat filename 在终端显示文件内容

cat /etc/hostname/filename 显示特定位置的文件内容

cat * 在命令中使用通配符

cat file1 file2 file3 可以在终端中组合并显示多个文件内容

 2.复制文件内容

将一个文件的输出复制到另一文件，如果目标文件不存在，将首先创建它，否则将覆盖目标文件。

cat [源文件] > [目标文件]   cat file1 > file2

将创建file2，并将file1的内容复制到该文件

 3.在文件中显示行号

cat -n file1 显示文件每一行编号，同时空行也会编号

cat -b file2 将不给空行编号

 4.建立文件

cat > file1  输入要储存的文件中的文本，并按Ctrl+D保存退出

 5.结合sort使用，排序输出

cat file1 | sort 以按字母顺序对输出文件进行排序

cat file1 file2 | sort > file3 在有多个文件情况下，可以按照字母顺序输出到一个文件

 6.删除连续空行

cat -s file1 将合并那些连续空行，并将他们显示为一个空行

 7.显示制表符

cat -t file1 显示文件中哪些地方使用了tab制表符，有制表符的地方将显示为^I

---

4.特殊符号 [;] [&&] [&] [|] [||] [-] [--]