HPA数据库更新脑图谱、血液图谱与代谢图谱

HPA数据库全称The human protein atlas，即人类蛋白图谱，里面有关于蛋白研究的许多信息，如蛋白细胞内定位、在人体组织的表达情况，在肿瘤组织的表达情况等，如下图所示：

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原来的HPA数据库主要包含组织图谱、细胞图谱与病理图谱，分别包含内容如下：

组织图谱：某蛋白在机体不同组织脏器中的表达情况。

细胞图谱：某蛋白在细胞内的定位情况，如核内、细胞膜上等。

病理图谱：某蛋白在不同肿瘤中的表达情况。

最近，HPA数据库更新了脑图谱、血液图谱与代谢图谱，让我们一起来看看他们包含了哪些内容吧：

脑图谱

脑内最重要的功能单元就是神经元了，神经元的胞体和树突富含微观结合蛋白2（MAP2），而轴突富含低分子量MAP，即tau蛋白。

我们以MAP2为例：

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可以看到先是相关的介绍，这是一个脑组织富集的蛋白，与我们的背景知识相符合。

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在人类不同脑区的表达量

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在猪不同脑区的表达量

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在小鼠不同脑区的表达量

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人类脑免疫组化染色

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小鼠脑免疫组化染色

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全脑切片的免疫荧光，可放大看到每一个细胞

血液图谱

我们以白细胞标志物CD45为例，现在名为PTPRC

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同样是基本信息，其中在所有血细胞（此处不包括红细胞）均检出与我们的背景知识相符。

可以看到血液图谱目前仅有RNA信息，没有蛋白信息。

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不同数据集中表达情况，可以发现该基因在所有白细胞中均表达。

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其余三类信息待补充。

代谢图谱

代谢图谱主要是手工整理了胞内的代谢通路，确定了各类代谢反应及其胞内定位，具体如下：

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不同代谢通路，如组氨酸代谢和磷酸戊糖途径。

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胞内不同部位，如线粒体、胞浆、内质网、核内等。

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此处展示的是核内的代谢情况，还可转换成3D图：

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似乎信息反而减少了

好了，本次推文就到这里，我们下次再见吧！