MAC M1 安装ViennaRNA Python模块

ViennaRNA安装包下载

快速通道：https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/index.html
可以根据自己的需要在下方选择对应的版本。

安装配置

官方文档：https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/documentation.html

tar -zxvf ViennaRNA-2.5.0.tar.gz
cd ViennaRNA-2.5.0
./configure
make

按照官方手册上的，先执行这些代码，就会发现报错：“Fatal error: ‘EXTERN.h’ file not found” 。
然后去电脑上查找该文件的位置：（注意查找之前应该先看本机的版本以及perl的版本，然后从查找出的文件中选择对应的位置）

#查看本机perl的版本
perl -v | grep version
#查找文件所在位置
sudo find /Library -type f -name EXTERN.h
#选择对应的文件导入
export CPATH=/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.15.sdk/System/Library/Perl/5.18/darwin-thread-multi-2level/CORE
./configure

然后执行以下命令进行设置:(注意，python2.x是–with-python，python3.x是–with-python3)

./configure --disable-openmp
./configure --enable-universal-binary
./configure --enable-sse
./configure --with-python3

最后进行编译安装

make
sudo make install

调用RNA包

将ViennaRNA包中/interfaces/Python3中的RNA包复制到Pycharm环境的site-packages中即可。