WDL语言入门

WDL最初是由Broad Institute为基因组分析管道开发的。语法简单，易于表达，能很好的描述流程 ；且跨平台。GATK首选的pipeline解决方案：WDL + cromwell ****。

目前，Cromwell是唯一支持WDL的全功能执行引擎。cromwell 是一个面向科学工作流程的工作流管理系统，基于BSD 3-Clause license证书的开源软件，支持在三种平台上运行WDL: 本地机器、通过作业调度器(GridEngine，例如PBS , Slurm )访问的本地集群 和 **云平台 **(例如谷歌云或Amazon AWS） 。

cromwell是以美国演员 James Cromwell的名字命名的，他是《宝贝》和《星际迷航:第一次接触》等伟大电影的明星，因此它的吉祥物是“变形猪杰米”。

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使用WDL 可以不用考虑计算环境问题，本地集群和公有云上运行完全相同的脚本。

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WDL 脚本核心结构包括 5 个基本组件：workflow, task, call, command 以及 output。

workflow 即是描述整个流程的框架，其中调用（ call ）了不同的 task 。

task 包含“做某事”所必需的所有信息，这些信息围绕着一个command，该命令带有输入文件和参数的定义，以及output 信息 。

**例如： bwa 比对流程， 使用 WDL编码 **

输入是reference（ 参考序列 ），read1 和 read2 。

output是 bam文件和bam索引文件 。

command 是

bwa mem reference read1 read2 |samtools sort - -o sample.bam

顶层文件是 workflow， 里边call 这个task

弄清楚了流程的内容，我们来一起完成流程的编码

** bwa.wdl task内容**

task bwa_task{

**mapping.workflow.wdl workflow内容 **

import "bwa.wdl"      // 引用task文件

使用womtool 语法校验

java -jar  womtool-48.jar  validate bwa.wdl 

使用womtool 生成 inputs.json ， 将输入文件和字符串补充完整

java -jar  womtool-48.jar  inputs mapping.workflow.wdl 

使用cromwell 运行流程

java -jar cromwell-48.jar  run mapping.workflow.wdl  \

WDL 可以使我们的流程组装更加方便。

*基因组分析*****公众号推出 《50篇文章深入理解NGS》系列文章， 第二篇文章 《五分钟入门WDL语言》，争取每周更新一篇高质量生信干货帖子。

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