外部数据导入qiime2软件内部

外部数据导入qiime2软件

    序列、OTU(Feature) Table导入qiime2较为简单，可以按官方推荐方式进行导入。其中，OTU table输入方法如下：

biom convert -i table.txt -o table.from_txt_json.biom --table-type="OTU table" --to-json
qiime tools import \
  --input-path table.from_txt_json.biom \
  --type 'FeatureTable[Frequency]' \
  --input-format BIOMV100Format \
  --output-path table.qza

下面重点介绍taxonomy导入方式：

1. TSV格式

    创建TSV表格，切记不能含有表头（qiime2会自己生成headline），内容按照OTUID和taxonomy两列排列。代码如下：

qiime tools import \
--input-path taxonomy.txt \
--input-format HeaderlessTSVTaxonomyFormat \
--type FeatureData[Taxonomy] \
--output-path taxonomy.qza

2. Biom格式

• 首先创建.txt文件，必须含有表头 Feature ID 和taxon，按照ID和taxonomy两列排列。
• 利用biom将其转换为biom格式文档。

biom convert -i taxonomy.txt -o taxonomy.biom --table-type="OTU table" --to-hdf5

    需要注意的是，这里必须是hdf5格式，不能为json格式。

• 此后，按照如下代码导入：

qiime tools import \
--input-path taxonomy.biom \
--input-format BIOMV210Format \
--type FeatureData[Taxonomy] \
--output-path taxonomy.qza