动物科学育种价值研究趋势：文献计量分析

翻译来自Fatma Yardibi等的最新文章“The trend of breeding value research in animal science: bibliometric analysis”（2023/6/28）

1摘要介绍

文章旨在确定育种价值的趋势和热门话题，以支持研究人员为该领域的未来研究寻找新方向。

参考数据：由 Web of Science 数据库中 7072 篇关于育种价值的学术研究组成（2000年以后的文章）。

方法： 通过 CiteSpace 对引用的参考文献、作者、国家、机构、期刊和关键词进行网络可视化和深入的文献计量分析。

结论：

• VanRaden (2008) 是被引用最多的著作，在该领域占有重要地位（G矩阵提出者，大佬就是大佬，不需要发NCS证明）。 最多产的作家是 Ignacy Miszta（一步法提出者之一，大佬一直还在一线搞研究，教书，和培训）。
• 虽然育种价值研究最多产的国家是美国，但我国目前是一个有影响力的国家，在过去三年中经历了强劲的引用爆发（应该与我国最近大力发展育种有关，但希望能进行实践应用）。
• 国家农业研究所（INRA）和瓦赫宁根大学（最牛农业学校之一）是重要机构，在连接其他机构方面发挥着关键作用。 此外，这两个机构的中心度值最高。
• 当今的热门话题是“全基因组关联分析”、“饲料效率”和“基因组预测（Genomic prediction）”。
• 虽然过去几年进行的研究侧重于经济价值和准确性，但近年来进行的研究开始考虑技术发展和不断变化的世界条件（例如全球变暖和碳排放,CH4又再次出现）。

2 更多有趣的细节

• 动物育种的目的不是改善个体动物的遗传，而是改善动物种群。在动物育种中，建立选择计划的首要条件是了解感兴趣性状的遗传特征（Toghiani，2012）（这也是为什么需要首先查看性状的遗传参数）

• 定义育种目标是育种组织面临的关键挑战之一。虽然育种目标决定了去向，但育种计划描述了如何到达那里（Simianer，2021）。遗传改良计划的关键是育种值 (EBV) 的估计（需要使用合理的算法和模型估计）。

• 动物育种的主要目标是产生遗传进展，育种的目的是朝着期望的积极方向改变种群。因此，动物育种研究的一个重要任务应该是实现遗传进展（所以搞育种的需要知道什么是和计算遗传进展。这样才能衡量育种计划）。

• 表型（不能放弃常规表型记录，即使有GP）和育种值的基因组预测是动物科学中日益重要的领域（Meuwissen 等，2001；VanRaden，2008a）。例如，在过去的二十年中，由于基因组预测的重大进展使奶牛世代间隔缩短了一倍（Hayes et al., 2009; de Koning, 2016）。

• 2000-2021年发表关联育种值的前10个国家和前10个机构。

  
  
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• 表2显示了引文爆发量排名前10的国家和排名前10的机构及其受欢迎程度。红线表示 2000 年至 2021 年之间的活跃引用突发持续时间，而蓝线对应于非活跃持续时间。（最近几年发展中国家持续活跃）

  
  
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• 发文期刊前5名：Journal of Animal Breeding and Genetics with 1124 (15.89 %) academic studies, followed by Archives of Animal Breeding with 920 (13.01 %), Journal of Dairy Science with 713 (10.08 %), Journal of Animal Science with 420 (5.94 %), and Genetics Selection Evolution with 391 (5.53 %). （看育种文章时，是否需要来自这几个期刊呢？）； 被引用的最多期刊： Journal of Animal Science had the maximum co-citation counts (3880); next was the Journal of Dairy Science (3667)（引用的文章主要来自哪些期刊呢？我们需要关注动物领域的主要期刊）.

• 前 10 位活跃且多产的作者及其合着数量指标（是否知道这些搞育种的大佬和看过这些经典文章呢？）。

  
  
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• 前20个研究关键词（最近基因组评估，GWAS， FE，GP， variant, dairy是研究热点；其中FE是一个具体性状，可见研究人员对其最近非常关注）；近年，单步基因组预测成为热点词

  
  
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• 最热门的一些文章
  “Efficient Methods to Compute Genomic Predictions” in 2008 (VanRaden, 2008)
  “Invited Review: Reliability of genomic predictions for North American Holstein bulls” (VanRaden et al., 2009),
  “Invited review: Genomic selection in dairy cattle: Progress and challenges” (Hayes et al., 2009)
  “Positional candidate cloning of a QTL in dairy cattle: identification of a missense mutation in the bovine DGAT1 gene with major effect on milk yield and composition” article by Grisart et al. (2002) . 这篇文章意义首次在包括人类在内的近交物种中成功进行数量性状基因座 (QTL) 的定位克隆。

• 当今的全基因组测序研究强烈需要更快、更可扩展的逻辑回归、基因组距离评估和连锁不平衡估计等基本功能的应用。C. Chang 等人 2015 年的文章“Second-generation PLINK: rising to the challenge of larger and richer dataset”解决了这一需求。

• 与一般发表最有影响力文章的期刊（IF高）相比，发现被引用最多的育种文章发表在以下5个期刊：Journal of Animal Science, Journal of Dairy Science, Genetic Selection Evolution, Journal of Animal Breeding and Genetics, and Livestock Production Science（不知道搞育种的人是否把这些期刊作为目标期刊？）

• 畜牧业的新目标应考虑减少温室气体排放、环境保护和气候变化。