基因组组装练习

  • 上Genome Announcements网站(https://mra.asm.org/)找一篇细菌基因组文章;找到文章记载的SRA号;
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  • 从SRA数据库上用prefetch下载该文件


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  • Fastq-dump解压;
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  • Fastqc质控;去接头;


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中途却因Java显示内存不够,采取方法① 截取序列,但是失败了,采取方法②更换更小的序列,依旧失败,求助老师后,将java的内存更改

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运行成功

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  • Spades组装基因组草图;


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  • Quast评价组装的基因组效果


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