基因家族分析（5）绘制基因结构图

本节介绍一款在线绘制基因结构的工具Gene Structure Dispaly Server（GSDS），简单好用功能强大。将基因家族成员 gff3 文件单独提取出来，运用它能够绘制清晰的基因结构图，展示外显子、内含子及UTR的位置。还可以联合其他数据绘制进化树-基因结构图，展现基因结构与系统进化关系。

首先提取基因家族的gff3文件

#这里用到一个perl脚本
perl  ./gff_filter.pl   物种的gff3文件   基因家族id     生成的基因家族gff文件

# 注意检查UTR是否正常提取出, 将5'和3'utr 替换成UTR字段
sed 's/\t\S\+UTR\t/\tUTR\t/i' Ft.SPL.gff3 |awk '$3!="gene"' > name.UTR.gff3

将提取好的gff3文件，上传到GSDS网站，绘制基因结构图。
网站地址：Gene Structure Display Server 2.0 (gao-lab.org)
网站的首页

绘图的输入文件有三种类型的数据可选：

BED :大家可以在基因组GFF文件筛选基因的这些信息，第一列是基因ID，第二列是起始位置，第三列是终止位置，第四列是基因在这个位置是外显子还是UTR，第四列是注释信息，第四列可以不要

GTF/GFF3：基因注释文件（包含基因的结构信息，具体信息可以自行百度，有详细解释），可以在数据库中下载基因组的GFF文件，筛选出你的基因注释信息

Sequence (FASTA)：第一个框里存放基因的CDS序列，第二个框里存放基因的完整序列，可以在NCBI数据库下载，或者在基因组数据中搜索需要ID的序列

数据输入后点击右下角的Submit即可。

如果想保存这张图片，右下角有三种图片保存类型，选择你想要保存的图片格式。

如果颜色不好看，可以自定义这些位点的颜色，例如想修改代表CDS的形状的颜色，点击下方颜色的框，就会弹出一个选颜色的界面，在Solid Color界面选取颜色，点击OK就会又回到结果的界面，Shape后面可以选择形状，还可以选择大小，再点击Redraw,所有代表CDS的形状就会变成你选择的颜色。

下面给大家介绍两个延伸功能：
第一是能将进化树和基因结构结合在一起。
第二添加基因的其他结构信息例如motif或者domain。

导入基因家族的gff3数据，和进化树文件nwk格式（注意：进化树文件中的ID必须要与基因结构数据里的ID一致），点击Submit即可。

image.png

这里出现了id重叠，导出SVG格式后在AI里面删掉一个id即可。

如果你还想在图片里显示基因的其他信息例如motif或者是domain，点开Other Features，输入数据，第一列是ID,第二三列分别是这个位点的起始、结束，第三列是这个位点的名称，例如motif1或者domain的名称，点击Submit即可。（这一部分用的是网页自带的例子）

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