workflowr基本用法

workflowr简介

我们知道在win或者Linux上将自己的脚本上传到GitHub上我们可以通过Git插件轻松完成，那么在R上我们也可以做到将R脚本或者R markdown上传到GitHub上，并且以网页形式展现。通过R包 workflowr可以完成上传任务
想要达成这一功能的必要条件是：1.Rstudio；2.pandoc；3.Git
然后注册自己的GitHub账号就可以了

workflowr使用说明

1.安装

install.packages("workflowr")

这个包在CRAN上，直接安装即可

2.连接到GitHub

library("workflowr")

#第一次连接
wflow_git_config(user.name = "panl", user.email = "@qq.com")

#更换账号
wflow_git_config(user.name = "panl", user.email = "[email protected]",overwrite = T)

这样就连接成功了

2.创建repository

wflow_start("project")

这样我们就在对应文件夹下创建了project子文件夹

该工作流程特定的配置文件是_workflowr.yml。它将对所有R Markdown文件一致地应用到工作流重复性检查。另外最关键的设置是knit_root_dir，通过修改其设置，能确定将在其中执行文件的目录是analysis/。默认设置是在项目的根目录_workflowr.yml（即"."）中执行代码。要改为从analysis/中执行代码，请将设置更改为knit_root_dir: "analysis"

在可选的目录是data/，code/和output/。这些目录是推荐用来更好的管理整个项目的，但是如果你觉得它们没有用，可以将其删除。

data/：此目录用于存储原始数据文件。
code/：此目录用于可能不适合以R Markdown格式的代码（例如，用于预处理数据或长时间运行的代码）。
output/：此目录用于处理的数据文件以及从代码和数据生成的其他输出。
该目录中的该.Rprofile文件是常规的R脚本，在打开项目时运行一次。它包含调用library("workflowr")，确保每次打开workflowr程序项目时自动加载工作流程序。

3.构建网页

wflow_build()

并且出现界面：

查看站点：

wflow_view()

4.发布网页

(1)查看项目状态

wflow_status()

此时显示出整个项目的状态，一共有3个以Rmd结尾的文件

wflow_publish(c("analysis/index.Rmd", "analysis/about.Rmd", "analysis/license.Rmd"),"Publish the initial files for myproject")

紧接着将这3个文件publish

Summary from wflow_publish

**Step 1: Commit analysis files**

No files to commit


**Step 2: Build HTML files**

Summary from wflow_build

Settings:
 clean_fig_files: TRUE

The following were built externally each in their own fresh R session: 

docs/index.html
docs/about.html
docs/license.html

Log files saved in /tmp/Rtmp8kxQNC/workflowr

**Step 3: Commit HTML files**

Summary from wflow_git_commit

The following was run: 

  $ git add docs/index.html docs/about.html docs/license.html docs/figure/index.Rmd docs/figure/about.Rmd docs/figure/license.Rmd docs/site_libs docs/.nojekyll 
  $ git commit -m "Build site." 

The following file(s) were included in commit 8d38136:
docs/about.html
docs/index.html
docs/license.html
docs/site_libs/bootstrap-3.3.5/
docs/site_libs/highlightjs-9.12.0/
docs/site_libs/jquery-1.11.3/
docs/site_libs/navigation-1.1/

5.部署网站

wflow_use_github("Githubname")
#push到远端
wflow_git_push() 

之后再你的GitHub上部署网站，填写相应的GitHub的用户名，最后push到GitHub上去

参考：https://www.jianshu.com/p/653790f000d0