Flowjo处理细胞周期

1. 相关知识：

• 通道命名方式:
  以FL(fluorescence)加数字命名，如FL1、FL2、FL3等。以该通道接收的主要荧光素命名，如FITC通道、PE通道、APC通道等。
  For example: FACSCalibur有 488nm和633nm两根激光器，488nm能检测FSC、SSC、FL1(FITC)、FL2(PE)、FL3(Perd635能检测FL 4(APC),代表Calibur有6个通道，最多能同时检测4个荧光，6种参数。
• 般FSC和SSC变异范围较小，故使用线性放大;荧光信号变异范围较大，多使用对数放大。
• SSC方向与激光束和液流形成的平面相垂直，亦称90度散射光，其信号强度反映细胞内部颗粒度和精细结构的变化。FSC信号方向与激光束平行，偏离度- -般在1 -6度范围内,亦称小角度散射光，主要反映被测细胞的体积大小和活力。实验中，常利用FSC和SSC这两种参数的组合，区分不同的细胞群体，去除碎片、死细胞和粘连细胞的干扰。
• 曲线调整原则:粉色的曲线为模型曲线,黑色的为样本曲线，理想状况是粉色和黑色曲线吻合-致为
  最佳。拟和的好坏可以根据右边的RMS值来判断。RMS(root mean square)值越小越好。但是这只是一
  个相对值，只在同样本不同模拟情况下，选取最小值来达到最佳拟和。你可以选中G1期的峰或G2期的
  峰，根据调节按钮调节峰的宽度
• 含义：
  • G1期含义:细胞进行大量物质合成时期，为DNA合成做准备。
  • S期含义:开始至完成DNA的合成以及合成组蛋白。
  • G2/M期的含义: DNA复制结束和开始有丝分裂之间的间隙。
    通常，根据G1期、S期、G2期的百分含量来判断细胞周期的变化。相对于正常的细胞，加药或者照射
    的细胞的周期可能会发生变。- -般根据S+G2期的百分含量判断处理后的细胞是促进增殖还是抑制增殖。
    凋亡细胞由于细胞核发生浓缩以及发生 DNA片段化(DNA fragmentation)导致部分基因组DNA片断在染色过程中丢失，因此凋 亡细胞碘化丙啶染色后呈现明显的弱染，即荧光强度小于1，在流式检测的荧光图上出 现所谓的sub-G1峰，即凋亡细胞峰。

2. 软件操作：

1. 打开flowjo软件，将要分析的fsc文件直接拖入软件中
2. 去除细胞碎片（圈主细胞）：双击其中一个，调节横坐标为“FSC-坐标liner处理” 纵坐标为“SSC-坐标log处理”，并用像“箭头”一样的圈出待分析的细胞群，可将细胞命名或默认为“lymphcytes”
3. 选单细胞（去除粘附细胞，多核细胞等）：横坐标设置“荧光指标-A（A:面积）”，纵坐标设置“荧光指标-H（H:高度）” 【X轴选择FL3-LIN,用来表示PI的线性信号。Y轴选择FL3-PEAK,用来表示PI的峰值信号。本实验数据采集采用的是贝克曼仪器采集的数据。（如果是****BD的仪器采集的数据，X轴选择FL2-W,用来表示PI的宽度信号。Y轴选****择FL2-A,用来表示PI的面积信号），如上图所示多倍体或异倍体细胞不予分析。】
4. “tools” --- "cell cycle"
5. 通常：G2是G1的两倍，也可以将G1的mean设定一个范围