分子动力学模拟学习2-Gromacs运行分子动力学模拟

1. 把上一步生成的Enzyme.gro和Enzyme.top文件改个名字

cp Enzyme.top topol.top
cp Enzyme.gro complex.gro

2. 能量最小化

首先准备能量最小化mdp文件em_real.mdp，示例如下

; minim.mdp - used as input into grompp to generate real_em.tpr
; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
integrator  = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
emtol       = 1000.0        ; Stop minimization when the maximum force < 1000.0 kJ/mol/nm
emstep      = 0.01          ; Minimization step size
nsteps      = 50000         ; Maximum number of (minimization) steps to perform

; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
nstlist         = 1         ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
cutoff-scheme   = Verlet ; Buffered neighbor searching
ns_type         = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
coulombtype     = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions
rcoulomb        = 1.0       ; Short-range electrostatic cut-off
rvdw            = 1.0       ; Short-range Van der Waals cut-off
pbc             = xyz ; Periodic Boundary Conditions in all 3 dimensions

gmx grompp -f em_real.mdp -c complex.gro -r complex.gro -p topol.top -o em.tpr 
gmx mdrun -v -deffnm em

em_real.mdp文件中的各项参数说明：

（1）integrator:

      =steep:用最陡下降法做能量极小化。

      =cg:用共现桃度法做能量极小化(不支持约束)。

      =l-bigs:用L-BFGS法做能量极小化。

      =nm:做正则振动分析( 必须双精度版)。

（2）emtol: 能量极小化时最大受力小于多少就认为收敛(kJ/mol/nm).默认为10.0。

                    当最大作用力小于此值，认为最小化过程收敛。一般蛋白-配体中是1000、500。

（3）emstep: 最陡下降法最大步长(nm)。默认0.01。

（4）nsteps: 动力学或能量极小化的步数上限,指定最大迭代次数。

之后运行能量最小化

gmx grompp -f em_real.mdp -c complex.gro -r complex.gro -p topol.top -o em.tpr 
gmx mdrun -v -deffnm em

3. NVT平衡

首先准备NVT所需mdp文件nvt.mdp，示例如下：

title                   = NVT
define                  = -DPOSRES ; position restrain the protein

; Run parameters
integrator